在“桐工作”谈判期间，日军实施了第101号作战协定，再次对重庆进行3000架次轰炸，企图给中国抗战中枢造成更大恐慌，以配合“桐工作”进展。
残暴的轰炸心理，如英籍华裔女作家韩素音描述的那样：“日本人，对重庆似乎有一种执迷，仿佛生命在两江之间大岩岭上继续存在，是对其力量的侮辱。”
苏联航空志愿队有50架战机配合实力薄弱的中国空军作战。在101号作战中，日方被击落击伤的战机达400架之多，［12］但他们仍然歇斯底里不惜一切地轰炸。
蒋介石无可奈何地压抑着他的愠怒。美国作家汉娜·帕库拉描述道，在防空洞中，“他脸上的表情是压制的……两眼直视，不动如山”。
日军的大轰炸似乎发生了作用。
1940年7月22日，重庆方面与日本方面达成会谈备忘录，蒋介石与板垣在长沙会面。前提是：日本首相要给蒋委员长写一封亲笔信，明确废除此前日方不以国民政府为对手的声明。于是，蒋介石接到了日本首相近卫文麿一封亲笔信：蒋介石阁下：
闻悉过去半年多来，阁下委派的代表与板垣中将的代表于香港就日、华两国间的问题交换意见的结果，近期阁下将与板垣中将会见。
余深信此次会谈，定可奠定调整两国邦交之基础。
近卫文麿
昭和十五年八月二十二日［13］
就在此刻，在四川成都，蒋介石麾下的军统和中统联合行动，突然逮捕了数十名共产党人，罪名是煽动民众抢米，之后又以“共产党策划暴动”为由，逮捕了第十八集团军驻成都办事处主任罗世文等30多位共产党人。
也就在此刻，蒋介石接到了一个令他万分吃惊的消息，共产党抗日武装在华北敌后战场向日军发动了规模空前的作战。比蒋介石更吃惊的是日本方面。战后，日本人所著的《中国事变陆军作战史》记载道：在昭和十五年六月中旬，“日中两国最接近的一刹那……中共察觉到日中进行和平谈判的危机，突然发动了‘百团大战’。”
“日中两国最接近的一刹那”，显然指重庆方面与日本方面的媾和只有一步之遥了。在这危亡的“一刹那”，自1940年8月20日始，中国共产党领导的抗日武装晋察冀军区、八路军一二九师、一二〇师，合力发动了以破袭正太路为主要目标的大规模战役。战役发起的第三天，参战部队达105个团，史称“百团大战”。
百团大战是共产党抗日武装在艰难环境下不得已展开的，是一场旨在展示中国人民的抗战决心与意志的战役，打碎了国民党对日妥协媾和的幻想。
参加百团大战的八路军官兵以赴死的精神展开对日军猛烈攻击。因为华北共计有27万日军和14万伪军，而且机动性很强。敌我双方均伤亡惨重。
百团大战历时4个月。日军战史记载：“昭和十五年度（1940年），华北方面军的伤亡总数为，战死5456名，负伤12386名。”［14］单纯从军事角度看，彭德怀认为，如果再熬上半年，或者等敌人进攻长沙、衡阳、桂林，兵力更加分散以后，我军再举行这次大规模的破袭战，其战果可能要大得多。
但战争从来都不单纯是军事问题，而是政治的突出反映。日军的“桐工作”已进入“一刹那”当口，半年后将会出现什么黑暗的前景？谁也不敢保证。毛泽东十分满意：“百团大战真是令人兴奋，像这样的战斗是否还可以组织一两次。”
蒋介石向朱德、彭德怀发出嘉勉电的同时，也给各战区将领发出训令，要求他们效法八路军的战法。可以想见，得知八路军百团大战的战报后，蒋介石有多么惊愕。百团大战尚在进行时，重庆方面与日本方面的“桐工作”谈判戛然而止。
1940年9月17日，中方代表正式告知日方代表，不应马上召开长沙会谈（蒋介石与板垣），理由是：“中国的抗战力量还很强，今天没有必要谋求屈服性的和平。”日方代表态度也很强硬：“中方若有抗战能力，愿意打就打吧。”
在蒋介石“溶共”“限共”“剿共”等一系列反共方针下，整个抗战期间，国共两党两军的摩擦始终存在。尤其是顽固投降派，他们以反共为投靠蒋介石与日军的投名状，连续不断制造摩擦，在国民党与日本方面获取双份好处。
百团大战毫无保留地暴露了八路军的编制规模、装备实力、战斗轨迹等情况。共产党的武装发展如此之快，成了蒋介石心头之患。大敌当前，国共内耗损伤的是抗战力量，只能有利于日本人。毛泽东以十分谨慎的态度处理国共关系，在策略上做出一系列维护国共合作抗日局面措施，如：在《反投降提纲》中提出，在“友党友军中停止发展党并撤退党的组织”。在给彭德怀、贺龙、刘伯承等各地将领的电报中，明确要求：“不要乘机向国民党地区扩展，使蒋、桂各军放心对敌。对韩（德勤）、沈（鸿烈）、于（学忠）、高（树勋）各部亦暂时停止攻击。”
百团大战后，原本重视国民党而不太重视八路军的日军，倾尽全力对付八路军及其根据地，把血腥的“三光”政策推向了极致。偏偏蒋介石也不可思议地趁机对付八路军，调动包围共产党中枢陕甘宁地区的兵力高达40万以上。
面对剑拔弩张、一触即发的局面，为了国家民族，为了抗战大局，毛泽东主张在抗战的原则下忍耐，“我之任务在于极力缓和之，避免一切刺激某方之言论行动。我军则谨守防线，深沟高垒，以备不虞，对其军事挑衅极力忍耐，不还一枪……非得中央同意，不得发生军事冲突。”［15］
毛泽东还对摩擦可能发生的意外情况，提出预案性质的要求，一旦国民党军“迫于某方命令向我进攻时，我应在不妨害自己根本利益条件下，先让一步，表示仁至义尽，并求得中途妥协，言为于好……只有中间派转变成了坚决的不可变化的顽固派，如同鹿钟麟、石友三之类，才采取完全决裂政策，坚决、彻底、干净、全部消灭之。”［16］毛泽东是骨头最硬、从不向强横低头的人。笔者之所以照录上述极为刺目的“忍耐”“缓和”“妥协”，还要加上“极力”的两段指示，就是想证明，如果毛泽东不是为了在日本铁蹄下备受**的四万万普通老百姓，不是为了残破的祖国山河，以他那强悍的性格，会向不可理喻的国民党低头妥协吗？
资本的贪婪与权欲的膨胀，使蒋介石终于下定了向共产党开刀的决心。1940年12月9日，蒋介石下达了最后通牒式的命令：“长江以南之新四军，全部限于本年十二月三十一日前开到长江以北地区。明年一月三十日以前开到黄河以北地区作战……”［17］在蒋介石发出最后通牒式命令的同时，顾祝同调集了7个师8万人的兵力，对新四军9100余人实施了包围。尽管不断有不好的消息飞来，但新四军官兵仍不相信蒋介石会下达让抗日军队自相残杀的命令，他们高唱着一首《国共合作进行曲》，陷入了包围圈。
身在重庆的周恩来，受中共中央委托，向蒋介石提出严正交涉，让其“立即撤围”。蒋介石答应将下令查处攻击新四军的将领，但同时私下命令顾祝同将新四军一网打尽。
经过八昼夜的顽强抵抗，曾经高唱《国共合作进行曲》的新四军弹尽粮绝，政治部主任袁国平战死，副军长项英和副参谋长周子昆被叛徒杀害，军长叶挺前去谈判被扣，除2000余人突围外，剩余7000余人中，少量被俘，大部阵亡。这就是抗战史上震惊中外的“皖南事变”。
皖南事变后，蒋介石扯下假合作的面皮，宣布新四军为“叛军”，撤销新四军番号，将军长叶挺送交军事法庭。
1941年1月20日，中共中央针锋相对，发布《重新组建新四军军部的命令》。同日，毛泽东亲自以中国共产党中央革命军事委员会发言人身份发表谈话，严正指出：“我们还是希望那班玩火的人，不要过于冲昏头脑。我们正式警告他们说：放谨慎一点儿吧，这种火是不好玩的，仔细你们自己的脑袋……”
皖南事变让新四军损失惨重，毛泽东焦虑万分，一度考虑以牙还牙，与蒋介石大打一场。最终，毛泽东没有这样做。危机爆发，他反而冷静下来，提出了在政治上采取猛烈攻势，在军事上暂时取守势的策略；因为，他看到了蒋介石在军事上胜了一次，却犯了严重的政治错误。
铺天盖地的谴责指向了蒋介石，这些谴责不仅来自共产党，还来自民族资本家、国民党左派，同时包括英、美、苏等给予国民政府援助的国家。蒋介石在政治上陷入极度被动，为了美援苏援，他不得不到处解释、演讲，最后终于被逼出了“决不忍再见所谓‘剿共’的军事，更不忍以后再闻有此种‘剿共’之不祥名词留于中国历史之中”的话。［18］须知，“剿共”这个词，自1927年以来，就一直未离开过国民党的辞典，并成为其日常政治生活中出现频率最高的用语。
为了中华民族抗战救亡的事业，共产党人以海纳百川的胸怀与气度，暂时忍让了国民党这一次本不该饶恕的罪恶，但毛泽东在谈话中把话说得很明白：“我们的让步是有限度的，我们让步的阶段已经完结了。他们已经杀了第一刀，这个伤痕是很深重的。他们如果还为前途着想，他们就应该自己出来医治这个伤痕……如若他们怙恶不悛，继续胡闹，那时，全国人民忍无可忍，把他们抛到茅厕里去，那就悔之无及了。”
在中国这个民族关系、阶级关系交织在一起的错综复杂的国度中，在整个抗战进程中，同国民党做盟友，搞合作，委实不是一件容易的事情。
对于皖南事变，面对全党的群情激愤，毛泽东需要对大家做出解释。毛泽东告诉全党，不仅要敢于斗争，还要善于斗争，要讲究斗争策略，对于国民党：“我们一方面是尖锐的批评，另一方面还要留有余地。这样就可以谈判、合作，希望他们改变政策。我们说过打倒委员长没有呢？没有。在我的报告里，就连一个委员长也没有提……关于这一条，委员长也看出来了，他有几次要挑动我们去犯这样的错误，挑动我们的军队打出去，向西安打，挑动我们提出推翻国民党。同志们！我们要注意这些东西，注意这些挑动……”［19］针对国民党与蒋介石的两面性，毛泽东为全党规定的斗争方针是“有理、有利、有节”“不打第一枪”“不为天下先”，针锋相对，斗而不破。毛泽东形象地将其比喻为“洗脸政策”，对于蒋介石是“请他洗脸，不割他的头”。毛泽东总结说：“抗战八年以来，我们的政策就是使蒋介石既不能投降又不能‘剿共’。”［20］