1939年之后，东北抗联南满与吉东游击区进入了十分艰难的阶段，而北满抗联的平原游击战却开展得有声有色。
原因之一，是东北抗联第一路军、第二路军西征的相继失败，致使部队主力损失惨重，总体上仍被日伪围困于原有游击区范围之内；而北满抗联的西征虽然损失惨重，却取得成功，保存了抗联骨干与实力。原因之二，是突出了敌人包围圈，避免陷入被敌聚歼的险境。原因之三，是赵尚志卓有远见地远征黑嫩平原所建立的游击区与密营起了作用。原因之四，是黑嫩平原为日伪统治相对薄弱区，“集团部落”尚未完全铺开。
为了更有效地打击敌人，1939年初，北满抗联成立了西北临时指挥部，由李兆麟、李熙山分别担任政治、军事负责人，将第三、六、九、十一军统一编成第一、二、三、四支队和第一、二独立师。指挥部对各部队活动区域进行了划分：第一、二、三支队为龙北部队，主要活动于海伦、讷河、嫩江、克山、德都、通北、北安等地；第四支队与第一、二独立师为龙南部队，主要活动于绥棱、绥化、庆城、铁力、巴彦、木兰、东兴等地。
为加强党对嫩海地区抗日武装的领导，中共北满临时省委成立嫩海地区代表团，直接对省委负责，代表团由李兆麟担任负责人。代表团的成立，使抗联部队有了统一领导指挥机关。
这期间，中共北满省委及龙北指挥部为下一步广泛开展平原游击战做了充分准备，除了部队编制更适应游击之外，还采取了3项十分有利并对后来产生重要作用和影响的举措：第一项举措，是通过多种途径，提高军政干部的素质，为此专门办了干部训练班，这在敌情紧急的情况下实为难得。
第二项举措，为在内外两条战线打击敌人，使抗联在黑嫩平原扎下根去，经过精心挑选培训，一些富有地方与地下工作经验的得力干部被派往一些重点区域。其中，六军二师政治部主任尹子魁（尹洪元）被派往讷河，组建中共讷河中心县委并担任书记。中共龙北工委书记张文廉派往肇州，组建中共肇州县委并担任书记。此外，还有原下江特委组织部长方冰玉、三军被服厂厂长陈静山（女陈）等多人深入敌占区。
第三项举措，是中共北满省委在认真总结反“ 讨伐”作战与远征经验教训基础上，提出了适合平原游击战的诸多战术，即利用敌之弱点“以小制多”，采取破坏、袭击、扰乱、埋伏多种手段并用，迅速、及时地“化整为零”“聚零为整”，采用“分开突进”“逐步伸长”“轻兵奇入”……1939年5月30日，第三路军总指挥部正式成立，李兆麟为总指挥，许亨植为总参谋长（1年后，冯仲云任政委）。三路军总指挥部的成立，标志北满抗联部队在组织指挥系统上达成了统一。
效果很快显现出来。
1939年初，第二支队在支队长冯治纲与政治部主任赵敬夫率领下，以灵活机动的战术，击溃了一支4倍于己的“讨伐队”，击毙日本人警尉目黑俊一，活捉了德都县伪警务科长刘日升等25人，缴获步枪30余支。
几乎在同时，第二、第三支队混合编队，趁敌人外出进攻二支队后方基地、后方空虚之际，迅速攻破额木尔站，缴获枪支39支，弹药若干。两次小胜，扭转了惨烈西征一度不振的状态，士气大涨。
耿殿君，1903年出生于山东掖县，是一个彪形大汉，其作战风格与其形体一样勇猛，曾任六军留守团长。北满部队西征途中，他在第三梯队，自告奋勇率领30余战士作为先锋，可谓“逢山开路，遇水搭桥”。西征部队整编，耿殿君任第六军第十二团团长。
1939年8月，耿殿君率部偷渡讷漠尔河，以“不想活了”般拼命的凶猛，突袭日本开拓团，缴获马匹百余。有了马匹，耿殿君遂将部队由步兵改为骑兵，而后“顺手牵羊”，又袭击了讷河县九井村伪警察分署，扬长回返。
不料，在返回途中，部队在三马架屯与伪军龙江教导队遭遇。伪警伪军战斗力虽不及日军守备队，但其教导队当是伪军警中的精英，猛烈向耿殿君部攻击。可这次教导队遇到的是耿殿君这样的劲敌，被打得丢盔弃甲，狼狈逃窜。耿殿君缴获枪支14支，其中有轻机枪1挺。
似乎还未过瘾。8月下旬，耿殿君又率部攻破克山县北兴镇，顺利解除了伪警署与伪自卫团的武装。部队除缴获50余支步枪及大量弹药外，还缴获了部队急需的布匹、衣物。［27］勇敢善战的指挥员是一支部队的灵魂，是部队是否有战斗力的主要因素。攻打有工事的城镇，按一般规律与战术规程要求，攻方与守方的兵力比例，前者起码要为后者的一倍。但耿殿君攻打北兴镇时双方的兵力比例，正好调了过儿，他是以1倍的兵力战胜了2倍的敌人。
因为一部电视剧《十三省》，烈士耿殿君的英名家喻户晓。真实的历史虽然没有电视剧那样曲折吸引人，却远比电视剧让人揪心。
耿殿君出身穷苦，每次打扫战场，别人认为没有用的东西，他都捡回来，大家都叫他“耿破烂”。尽管时刻面临着牺牲的危险，但抗联战士却不乏革命乐观主义精神与抗战必胜的信念。
六军被服厂有一台留声机，就是耿殿君为女兵们搞来的。五音不全的耿殿君每次联欢会都会很自信地唱着调儿不知跑出多少里地的歌。耿殿君脾气暴躁，好顶撞领导，1938年曾受到第六军党委“留党察看3个月”的处分。处分理由是反对上级指示，谩骂上级党的机关，工作方法带有军阀色彩，群众关系恶劣，等等。但他对士兵挺好，怕敌人来抢夺追击女兵时，女兵跑不快，特意给每个女兵都买了一双轻便小靰鞡。
真实的耿殿君并没有如电视剧中一样，被敌人俘虏，受尽酷刑，宁死不屈，成功越狱，又被抓回，最终送到日本七三一部队细菌工厂杀害。他是牺牲在战场上。
1939年11月，耿殿君率十二团将日军30余骑兵分割为两部分，予以全部歼灭，而后与抗联三军八团会合。见八团装备较差，他便将枪支、弹药、衣服、马匹补充给八团一部分，以后两个团便一齐行动。
12月下旬，驻在张信屯的八团遭敌包围，耿殿君指挥十二团从两里外的察家屯前去解围。八团被围在一个场院里，耿殿君指挥部队打退敌人，夺回场院。此时八团团长姜福荣已中弹牺牲。耿殿君为让八团突围，便大声呼喊：“八团往出撤！”“八团往出撤！”喊声引起敌人注意，一排子弹打过来，耿殿君倒在血泊中。十二团政治部主任王钧指挥十二团，继续拼死掩护，终于使八团突出重围。
耿殿君、姜福荣等牺牲后，被当地群众掩埋。克山日军“讨伐队”听说牺牲中有抗联的团长，又派人到现场将抗联牺牲人员遗体挖出来，逐个拍照，而后残忍地割去了3个人头，其中就有耿殿军和姜福荣。［28］八团与十二团相比，无论人数与装备都有较大差距，全团仅有50余人。这是两个团选择一起行动的重要原因。为了营救战友部队，十二团拼死相搏，牺牲了最高军事指挥官耿殿君团长，可见抗联部队之间、战友之间的友情是用鲜血凝聚而成的。
回顾抗联历史，从党领导抗联的历史中吸取政治营养，需要艺术虚构的文艺作品，同样也需要真实的历史回放。
堡垒最容易从内部攻破，对敌对我皆然。这是敌我双方极力向对方渗透、潜入，展开秘密战的主要原因。同抗联比起来，虽然敌人很强大，但若底细被摸透了，强弱局势立马颠倒过来。
如同孙悟空钻进铁扇公主肚子里，约半年前潜入讷河县城的尹子魁、陈静山等人，已建立起中共县委。在讷河三马架、倭都台、南阳岗等七八处地方，建立起了抗日救国会组织，组成了一支拥有34人的抗日武装——讷河人民抗日先锋队。
为扶持这支队伍尽快成长壮大，冯治纲与耿殿君将北兴镇战斗中缴获的几十支枪都交给了讷河人民抗日先锋队。之后，耿殿君的十二团便常常与先锋队在一起打击日伪军。
这一时期，抗联第三路军各部队十分注意依靠发动群众，第三路军总指挥李兆麟深入村屯，带头给村民挑水、劈柴、 扫院子、干农活。老百姓最有良心，东北多土匪，为害乡里，哪见过这样好的军队？李兆麟牺牲后，讷河老区李兆麟为乡亲们干过农活的哈里屯，改名为兆麟屯。
同时，抗联各部队与社会各界广交朋友，讷河人民抗日先锋队长刘景阳是讷河有钱有地的大户，他哥哥刘耀庭曾是东北军军官，在抗联的感召下，毅然加入抗联第六军，担任了第六军的副官，与十二团政治部主任王钧一起开展游击战斗，带头冲锋陷阵，在讷河唐火犁战斗中，不幸中弹牺牲。
刘耀庭是讷嫩一带有影响的抗日志士，由于他积极参加抗联并身先士卒参加战斗，带动了许多青年踊跃加入抗联队伍。
得知刘耀庭不幸牺牲，李兆麟十分悲痛，签署了《抗联第六军军部关于召开刘耀庭烈士追悼会的通令》，通令要求：“军直属教导队、先锋队，全体指战员一律追悼开会，佩戴青背章一月，表示衷心不忘，愿为烈士复仇的决心。”
应当看到，以特殊方式悼念刘耀庭，在抗联部队中并不多见，既表明了李兆麟对心怀民族大业与日寇奋勇战斗义士、烈士的真心敬重，也表明了北满抗联上层领导，坚持爱国统一战线，力图恢复被“集团部落”所割断的与人民群众鱼水关系的决心与魄力。
1939年9月18日，是九一八事变国耻日八周年。冯治纲指挥三路军第二支队270余人与讷河人民抗日先锋队于当夜11时，突然向讷河县城发起攻击。
各路突击部队分别攻击了伪县公署、警务科、警训所，打进了伪警备队驻地北大营，击毙日本副县长本多颜次、日本指导官阪根满郎、训练教官森川直道等14人，俘虏伪军警100余人，其中包括伪军团长孙秉义和伪县警务股长、特务科长、警察署长，可谓将讷河日伪执政当局一网打尽。同时，部队打开监狱释放牢中“犯人”300余人，砸开弹药库、粮食库、物品库，缴获了大批军需物品。［29］讷河是黑龙江省中心的县城。此战共缴获步枪130支、匣子枪100支、子弹3万发。［30］攻克讷河县城是抗联第三路军成立后一次重要战斗，是抗联进入艰难时期的一次重大胜利。这一胜利轰动了北满各地，讷河、嫩江一带人民看到了抗战的前途，在当地的商户、富户和伪满军队中都起了强烈的反日正面影响。
战斗次日清晨，部队召开群众大会进行抗日宣传，老百姓高兴了：“伪满洲国快到头了。”当时便有数十名爱国青年参加抗联队伍。
1940年春，抗联第三路军在总指挥李兆麟、政治委员冯仲云主持下，在南北河三路军总指挥部驻地召开会议，史称“南北河会议”。
会议决定将活动在嫩江、松花江、黑龙江之间的第三、六、九、十一军部队，按活动区域，重新编为第三、六、九、十二支队。后来，据当年参加会议仍健在的抗联老战士王明贵回忆，这次会议印象最为深刻的是，学习冯仲云从苏联带回来的毛泽东《论持久战》的小册子。
学习《论持久战》，较好地打消了一些干部的急躁情绪，解决了希望速胜、对抗战长期性思想准备不足的问题，更坚定了抗战到底的必胜信念。面对日伪当局不断军事“讨伐”、政治诱降、经济封锁的严重压力，中共北满省委以大无畏的斗争精神和机动灵活的游击战术，在各部队开展了杀敌竞赛活动。应当说，杀敌竞赛的革命豪情实在是难能可贵。