学校的扩建导致书籍印刷出版的大规模发展和识字率的普遍提高。根据书展目录，图书出版数量从1564年的256本，上升到1618年的1757本。自1530年起，读书识字的人的数量成倍增长，到1600年至少占总人口的10%了。城市居民读书识字率自然高于农村居民；在城市里，人们也比较容易获得价格昂贵的图书。帝国城市是图书印刷出版的中心，在上德意志地区有奥格斯堡、巴塞尔、施特拉斯堡和纽伦贝格，在下德意志地区有科伦、吕贝克和马格德堡。1550年以后，新增汉堡和布雷斯劳。特别是美因河畔法兰克福和莱比锡，它们的印刷业不仅在神圣罗马帝国，在整个欧洲都居领先地位。海德尔贝格的巴拉丁那图书馆（Bibliotheca Palatina）在1584年把由普法尔茨选侯奥特海因里希（Ottheinrich，1502—1559）扩增的基础收藏与奥格斯堡富商乌尔利希·富格尔（Ulrich Fugger，1490—1525）的收藏合并成为“日耳曼学者宝库”（optimusliteratae Germaniae the saurus）。偶尔得以印刷出版的“新报纸”（报道新闻的单页印刷品）在1566年以后通过重复出现的系列报纸（带有标题和号码）已具备了期刊性质。

在16世纪80—90年代，法兰克福的《博览会通报》（Messlationen）曾经每隔半年就把各种新闻汇集起来，内容包括政治事件、饥荒、战役和天象等。1597年，后来被称作《罗沙赫尔月报》（Rorschacher Monatsschrift）的印刷品得以出版，它也是德意志西南部的第一份月报；1605年，又有第一份，也被多方面加以模仿的周报（Aviso）出版发行了。

越来越受到欢迎的是教派论战、道德讽喻和关于奇迹、魔法和魔鬼的文学作品，在这些作品中，社会的动**和教派的对立受到了激烈抨击，出自民间的文学作品《浮士德》（Faust）自1587年起开始广泛传播开来。拉丁文被视为诗歌创作语言，直到1624年马丁·奥皮茨（Martin Opitz，1597—1639）才在其著作《论德意志诗歌》（Buch von der deutschen Poeterey）纲领性地提出这样的要求，即用德语进行诗歌创作，并且要在风格和形式上达到彼得拉克（Petrarca）或龙沙（Ronsard）的水准。

德意志基督教人文主义者试图依据真正原始资料，恢复基督教的正确教义，而在历史编纂领域，人文主义者倡导的史料批判规则开始得到了具体实践。信奉路德教的法学家和外交家约翰内斯·施莱达努斯（Johannes Sleidanus，1506—1556）坚持以同时代的档案资料为基础写作历史，并以《皇帝卡尔五世统治下的宗教和国家状况》（De statureligionis etrei publicae Carolo V.Caesare commentari ），1555）和《关于四个世界君主国》（De quattuar summisimperis，1556）等著作为新教历史编纂拟定了解说模式。施莱达努斯虽然属于路德教派，但并无多少教派褊狭，与之不同，《马格德堡世纪》（Magdeburger Centurien，1559—1574）一书的发起人（但不是作者）马蒂亚斯·弗拉西乌斯（Matthias Flacius，1520—1575）和主要撰稿人约翰内斯·魏甘德（Johannes Wigand，1523—1587）却有立场鲜明的党派立场。他们两人都是马格德堡的福音教布道士，也都试图从宗教改革角度编纂教会史，说明路德教是真信仰和原始教会的复活，教皇制度和教会组织是伪造的谎言。作者使用了史料批判方法，揭露了许多天主教文献为伪造的，这就为反天主教宣传提供了坚实基础。但对涉及的福音教神话，他们却有意识地加以回避。10多年后，天主教方面才以枢机主教凯萨尔·巴罗尼（Caesare Baronie，1538—1607）主持编撰的《教会编年史》（Annales ecclesiastici，1588—1607）与之对抗，它同样辩护式地运用史料来捍卫旧教会的传统。在教派化的过程中，原先的普世史观发生了分裂，民族共性受到干扰和破坏。与在法国和英国的情形不同，帝国中的历史学家决不再描绘“关于本民族的过去的统一图画了”。人文主义曾经唤醒的祖国历史的意识逐渐淡漠，教派思想和邦国观念开始突出出来。

在政治学领域，中世纪亚里士多德的伦理观在各教派学者当中继续传承，无论是路德教正统还是反宗教改革的天主教辩护士都奉之为圭臬。对于意大利人文主义政治家尼科洛·马基雅维里（Nicolo Machiavelli，1469—1527）所主张的政治独立说，许多神学家都从宗教角度加以批判；罗马教廷甚至在1559年将马基雅维利的作品列入禁书目录。然而，随着诸侯邦国国家的形成和邦国君主专制的开始，为国家理性进行辩护的尝试也逐渐出现了。不来梅路德教徒、阿尔特多夫大学教授阿诺尔德·克拉普玛利乌斯（Arnold Clapmarius，1574—1604）写作《国家的秘密》（De arcanis rerum publicarum，1605），广泛传播“国家艺术”，即使表面上采用了与马基雅维利学说保持距离的“公共安全”（Saluspublica）概念。因戈尔施塔特大学教授克里斯托弗·贝索尔德（Christoph Besold，1577—1638）原为福音教徒，后来重新皈依了天主教，他仿效克拉普玛利乌斯，形式上拥护亚里士多德主义者，实际上却把教会置于国家之下，极力为教派专制主义进行辩护。另一位回归天主教者、上普法尔茨人卡斯帕·绍珀（Kaspar Schoppe，1576—1649）常年旅居意大利和西班牙，一方面信奉斯多葛学派哲学，另一方面又积极要求罗马教廷为马基雅维利翻案。

尤斯图斯·利普西乌斯（Justus Lipsius，1547—1606）可谓当时邦国君主专制统治的最重要拥护者。他曾就读于耶稣会学校，也在耶拿、科伦、莱比锡和鲁汶等地的大学教过书，至少三次改换宗教信仰和教派，著有《论坚定的意志》（De Constantia，1584）和《公民政治学说》（Depoliticorum sive civilis doctrinae，1589）等书。利普西乌斯虽然自称反马基雅维利者，但其学说具有明显的马基雅维利主义特征。在他看来，国家政权是约束人的**的工具，人们只有习惯于服从，才能避免国内战争。诸侯在道德允许的范围内可以有较大活动空间，必要时甚至可以撒谎。诸侯的准则是自律和合法的统治，普通民众却毫无自律可言。利普西乌斯还极力为教派化进行辩护，主张每个国家只允许有一种宗教信仰存在。但在利普西乌斯这里，教派化主要是一种统治工具，并非出于某种宗教狂热。

日益发展壮大的经验科学在研究自然现象时越来越注重经验方法，并且试图利用可感受到的现实来检验和扩充源自古典时代的知识。这一点在帝国的植物学、绘图学和天文学当中取得了令人印象深刻的进步。尼德兰人卡洛鲁斯·克卢西乌斯（Carolus Clusius，1526—1609）编制了现今可知的最早一批系统分类表，虽然不是出于利用植物的目的。宇宙研究者格哈德·梅卡特（Gerhard Mercator，1512—1594）根据塞巴斯蒂安·明斯特（Sebastian Münster，1488—1552）著名的《宇宙志》（Cosmograophia，1544），制作了一幅欧洲地图（1554）和一幅世界地图（1569），并且提出了以他的名字命名的“梅卡特设计”（Mercator -Projektion）概念。梅卡特编辑的《地图集》（Atlas，1585—1595年）汇集了107幅地图，为地理学研究奠定了基础。在天文学研究方面，约翰内斯·开普勒揭示了行星运动三大定律。

开普勒是当时神圣罗马帝国最重要的天文学家，曾对哥白尼的学说进行了认真研究，1594年供职于信奉福音教的施泰尔马克邦国等级，担任格拉茨文科中学数学教师。1600年前往布拉格，成为皇帝鲁道夫二世的御用数学家和宫廷占星术士（Hofastrologe）。鲁道夫二世去世后，开普勒又辗转成为费迪南二世的数学家和宫廷天文学家（Hofastronom）。1628年还曾前往撒干（Sagan），为皇帝的军队元帅瓦伦斯坦（Wallenstein）占卜星象。1630年，在向皇帝索要报酬无果后，开普勒气死在雷根斯堡帝国等级会议上。

开普勒在教派问题上持非教条态度，试图用数学和物理学方法来探讨宇宙的奥秘。宇宙的合乎规律性使他感叹不已，也导致他诉诸上帝。世界万物的完美和谐展示了上帝创造的交响乐，在世界万物中，上帝站在中心位置，而世界万物自身则像一种音乐一样顺序奏响。

在当时，对经验和方法的追求尚未完全脱离巫术、炼金术和占星术，这些东西仍被看作是探讨自然和世界的秘密的有效方法。追寻玄妙的和魔幻的知识的行为既表达了人们对于人的理性的不自信，也表达了人们对于自1570年起经常发生的瘟疫、饥荒和灾难的恐惧。人们普遍认为，仅用理性是无法理解世界和人类的，天灾人祸更是防不胜防。与此同时，新柏拉图的关于世界的内在和谐的玄想广泛流行。1614—1616年，有大量玫瑰十字架著作（Rosenkreuzer-Schriften）出版发行，并在社会上引起了巨大反响。许多人希望通过直观—冥思方法认识和控制自然界，减轻现实生活中的困苦，改善整个世界。玫瑰十字架著作者们甚至宣称，有一个“玫瑰十字架弟兄会”（Rosenkreuzer-Bruderschaft）组织秘密存在，它致力于改革世界，使人以合乎道德规范的方式生活，摆脱恐惧和痛疼。也有不少人对符滕姆贝格神学家约翰·瓦伦汀·安德里亚（Johann Valentin Andreae，1586—1654）等人的文学虚构信以为真，努力践行。关于玫瑰十字架弟兄会，有600多种印刷品问世。