宗教改革和普遍的动乱一度使神圣罗马帝国的教育事业蒙受了严重损失。宗教改革家对天主教教会的攻击，引起人们对直接或者间接受教会管辖的一切学术机构的敌视；福音教诸侯没收天主教财产，侵占支持教会办学的捐赠基金，导致许多乡村学校被迫关闭，拉丁文学校、大教堂和修道院学校学生大批流失，城市德文学校也多半荒废了。就连诸侯向来看重的大学也受到严重打击；与1525年相比，1535年大学在读学生的数量减少了3/4。人文主义者忧心忡忡，抱怨连连，伊拉斯谟甚至惊呼，“凡是马丁路德得势的地方，文学和学术事业就完蛋了”。
然而，混乱倒退的局面很快得到扭转。宗教改革家与邦国行政管理部门通力合作，积极开展教育重建工作，特别是大学的重建工作。宗教改革家因为其阅读圣经主张，敏锐地意识到大众教育的重要性，也迫切希望通过教育，培养有学识、能够布讲“抽象的圣经”、阐述和宣传福音教教义、反抗天主教的精神统治的牧师；世俗政权则需要受过良好教育的专业人才，充当正在扩张的各级政府机构的官员。
到16世纪下半叶，随着局势的稳定，办学热潮再度兴起，各级学校纷纷建立，学校制度、教学内容和形式也得以重新调整，以至于有人提出了“教育革命”之说，认为宗教改革之后，在西方教育史上出现了一个突破和革新阶段，堪与1800年前后教育制度的巨大变革相媲美。
首先是学校数量、规模和类别的增加。按照宗教改革家大众教育理想创办的“国民学校”（Volksschule）在神圣罗马帝国北部城乡大量建立起来，基础教育广为普及。维登贝格大学教授、宗教改革家梅兰希通和附膺梅兰希通教育思想的施特拉斯堡福音教教育家约翰·施图尔姆（Johann Sturm，1507—1589）创办的、号称“学院式文科中学”（Akademischer Gymnasium）的文法中学（Schola Argentoratensis）则为福音教中等教育树立了榜样，在马格德堡（1524）、埃斯勒本（1525）、纽伦贝格（1526）、霍尔恩巴赫（Hornbach，1559）、劳英根（Lauingen，1561）、柏林（1574）、阿尔特多夫（1575）、赫尔博恩（Herborn，1584）、施泰因斯富特（Steinfurt，1591）、施塔特哈根（Stadthagen，1610）、不来梅（1610）等地，福音教较高级学校后来演变成古典色彩甚为浓厚、专门训练王公贵族子弟的文科中学。城市拉丁文学校和修道院学校虽然继续以学习拉丁文为主，但也效仿施特拉斯堡文法中学模式，增设神学和哲学课程，学制三年，其毕业生可以直接升入大学文学院学习。加尔文在1559年创办的日内瓦学院，也是以施图尔姆办学模式为榜样的。
与此同时，以路德教的马尔堡大学（1527年创办，该大学是第一所宗教改革的大学）为开端，在信奉福音教的地区，先后有柯尼斯贝格大学（1544）、耶拿大学（1557—1558）、赫尔姆施泰特（Helmstedt）大学（1576，1809停办）、吉森（Giessen）大学（1607）等新大学创办。施塔特哈根的文科中学在1619—1620年获得大学资格，1621年迁到林特尔恩（Rinteln）。稍后，施特拉斯堡（1621）和阿尔特多夫（1622）的文科中学也获得了拥有颁发学位证书权特权的完全大学资格。霍尔恩巴赫高级学校，虽然没有获得特许，但却类似于大学，并且通过招募有名望的教授和向西欧国家开放的政策而成为一所著名学府。
在天主教地区，耶稣会士同样建立了许多与学院相连接的文科中学，号称“学者学校”（Gelehrtenschulen），某些学校还设有大学班，比如三年制的哲学班，四年制的神学班，毕业生可以继续升入大学深造。而在创办于维也纳（1552）、因戈尔施塔特（1556）、科伦（1556）、慕尼黑（1559）、特里尔（1560）、美因兹（1561）和迪林根（Dillingen，1564）等地的耶稣会学校，每个学校都有500多名学生在读。天主教大学也有了新的发展，除了原有的大学外，至1618年又有迪林根大学（1549）、布拉格大学1556）、奥尔米茨大学（1573或1576）、维尔茨堡大学（1582）、格拉茨大学（1586）、帕德博恩大学（1614或1616）和施特拉斯堡附近的莫尔斯海姆（Molsheim）大学（1618）创办。
上大学的人数急剧增加，到1620年前后增加了两倍多。1550年每年还只有2000名新注册大学生，到1600年增至3700余名，1620年则达4500名。
其次是教育的邦国化。在萨克森选侯邦和符滕姆贝格公国，教育权均从教会转到国家手中；邦国君主不仅大力发展教育事业，而且把持学校管理权，按照各自邦国的需要，进行有计划、有目的的调整。符滕姆贝格在1559年颁布学校和教会条例，把城市学校、地区学校和修道院学校整合到一个统一体系之中，并以图宾根大学为其顶点；该大学按照邦国政府的要求，通过考试录取本邦学生。在图宾根主教辖区，邦国等级会议于1565年确定了奖学金生最低限额，使许多学神学的大学生有了生活保障，图宾根大学因此成为神学家的培养基地。一大批曾在图宾根大学受教育的神学家，不仅积极活跃在神圣罗马帝国西南部，而且也深入到内奥地利和克罗地亚。萨克森选侯也在1580年颁布学校条例，完成了从1543年《邦国条例》开始的教育改革。通过这个学校章程，萨克森选侯邦的许多大学生得到了奖学金的资助。在位于普福塔（Pforta）、格里马和迈森新创办的诸侯学校以及维登贝格大学和莱比锡大学中，大批学生学业有成，成为受过良好教育的知识精英。
最后，教派化也为这一时期的学校教育打上了深刻烙印。《奥格斯堡宗教和约》缔结后，随着教派的形成，学校也成为教派竞争，包括福音教内部加尔文教派和路德教派竞争的一个主要场所。各教派都致力于办学，发展教育，但其目的首先是造就虔诚的学者，其次才是为邦国培养专业人才。这一点虽然有违于世俗君主的意志，但在当时教派斗争激烈，政治与宗教紧密联系的情况下，又是非常适合现实需要的。
福音教和天主教诸教派之间的争斗在大学中表现尤为突出；大学神学系堪称教派斗争的主战场。海德尔贝格自1563年起成为与日内瓦并列的加尔文教学术中心。后来的莱顿（1575）和马尔堡（1605）亦然。路德教派则以马尔堡大学（1527创办）、柯尼斯贝格大学（1544创办）、耶拿大学（1557—1558创办）、赫尔姆施泰特大学（1576创办，1809停办）、吉森大学（1607创办）为主要基地。天主教派的重镇则有迪林根大学（1549创办）、布拉格大学（1556创办）、奥尔米茨大学（1573或1576创办）、维尔茨堡大学（1582创办）、格拉茨大学（1586创办）、帕德博恩大学（1614或1616创办）和施特拉斯堡附近的莫尔斯海姆大学（1618创办）等。特别是在耶稣会创办的迪林根大学、布拉格大学和维尔茨堡大学，反宗教改革斗争异常激烈。由于各教派力图把培养高级人材的事务完全控制在他们自己所掌握的大学之内，中世纪大学的世界性便**然无存，代之以普遍的地区性质，大学原有的社会文化和学术中心地位逐渐丧失殆尽。
尽管如此，大学的教学内容还是发生了一些积极的变化。以文学院为例，从前的文学院几乎完全以亚里士多德的哲学为基础，如今则变成古典人文学科，历史、政治学、哲学、法律等课程的比重得到了加强。各学院的教学盛行来自人文主义的格言“回到原始资料”，三种宗教语言受到推崇，并开始使用新教科书。教学上允许使用德语（以前只能用拉丁语或希腊语），并注意进行学术探讨。此外，大学讲座制也形成了，教学开始专门化。在从前的大学文学院，每位教师须负责教授所有学科或课程，如今，多门课程已设讲座，由不同的教授讲授。开设讲座可获得职务薪金，教授只需讲好他要讲授的课程即可。过去，神职人员不需要也不要求从神学院毕业，现在，神学教育已成为福音教神职人员必不可少的要求，这同福音教教会的性质和重视教义的解释有关。法学的地位也因为世俗政权对法律专业人材的广泛需求而大大提高了。
但从整体看，大学的实际情况仍然不尽如人意。经院哲学、烦琐哲学方式尚没有被完全清除，新的烦琐哲学却又出现了。与早期大学相比，虽然大学的智力水平多少有所提高，但仍赶不上当时一般智力水平发展的速度。医学和自然科学的重要性仍未受到足够的重视，许多具有划时代意义的科学发现都是科学家们在大学之外取得的。凡此种种情况可谓从“前现代”向“真正的现代”过渡时期的常态，虽然不如人意，却也难以避免。
二、梅兰希通、施图尔姆和耶稣会士的办学活动
对于这一时期的教育事业，菲利普·梅兰希通和约翰·施图尔姆以及耶稣会士都做出了重要贡献。
（一）梅兰希通
梅兰希通是人文主义学者、希腊文教授，也是宗教改革时期著名的宗教改革家和教育家，生前就被誉为“日耳曼教师”（Praeceptor Germaniae）。他于1511年6月10日在海德尔贝格大学获得文学学士学位，1514年1月25日在图宾根大学获得硕士学位。1518年被聘任为维登贝格大学希腊文教授，同年陪同路德参加莱比锡辩论，与路德建立了深厚友情，成为宗教改革的最重要的支持者，也是福音教会的主要干将。他从路德那里熟悉了福音，也通过路德的影响在1519年9月19日获得了圣经学士学位和在神学系举办讲座的资格，协助路德翻译圣经。他写作的《教义要点》是路德派第一部系统的神学著作。
梅兰希通长年任教于维登贝格大学，讲授过多门课程，如希腊语法、古典作家解读、圣经各卷书解说等，言辞精准，举例丰富，结构清晰，经常有近400名听众。他还创办了一所私立学校，编写了多种教科书，内容包括希腊文法、拉丁文法、辩论术、心理学、伦理学、物理学、历史学和地理学等诸多学科。他编的拉丁文语法，再版近50次，作为标准的语法书，沿用100多年之久。
梅兰希通也协助马格德堡（1524）、埃斯勒本（1525）、纽伦贝格（1526）等城市创办学校，制定学校章程。他参与创办的纽伦贝格圣埃吉典高级学校（Obere Schule St.Egidien）是一种新型学校，德意志文科中学的雏形，为很多福音教学校树立了楷模。
对于旧大学的改革，梅兰希通也给予了莫大的支持和帮助。1557年他应邀对海德尔贝格大学的体制改革方案进行了最后的审订，将人文主义和基督教福音教义有机地揉合在一起，使大学面貌焕然一新。除了讲课、实习、辩论之外，还引入了学术报告的教学方式。在福音教大学的创建过程中，梅兰希通也发挥了重大作用，维登贝格大学自不必说，马尔堡大学、柯尼斯贝格大学、耶拿大学等的筹建也有梅兰希通的一份功劳。就连赫尔姆施泰特等地后来建立的大学，也明显受到梅兰希通教育思想的影响。梅兰希通力图将人文学科和神学熔于一炉，不知疲倦地宣传“教义必须与科学相结合”。
宗教改革运动兴起之初，激进派宗教改革家如卡尔施塔特等人，大肆鼓吹教育无用论，声称宗教热情可以使人不须学习就能明了一切真理。对此，梅兰希通极力抗争。他认为，不学无术不能保持福音教教义的继续生存，更谈不上使之发扬光大。
梅兰希通花40多年时间，将福音教神学系统化，并按照福音教的教义重建各种学校的教育制度，他在不同时期拟订的学校条例，成了为数众多的其他学校的蓝本，他的方法也通过曾是他的学生的数以千计的教师们，流传甚广。
在将福音教教育思想贯彻到德意志普通学校和大学的过程中，梅兰希通居功至伟。然而他强调学习希腊、罗马伟大著作的重要性，忽视了使用民族语言教学的必要性，也过于看重宗教虔诚，甚至把古典文学中很多违背这一原则的内容处理掉了。他也坚持使用一切启迪思想的做法，使得文学研究重伦理而轻美学，大大贬低了经典著作的固有价值。此外，梅兰希通还有不关心内容的形式主义倾向，把对语言形式的研究当成了目的，把对古典文学的学习当成了修辞学和文体的源泉，实际上造成了昆体良的雄辩术胜过虔诚和智慧、语言研究与现实生活脱节的现象，西塞罗主义又一次在各种学校和大学里占了支配地位，德意志民众教育裹足不前。
（二）施图尔姆
约翰·施图尔姆是曼德尔沙伊德伯爵的一位账房管事的儿子，1521—1524年就读于列日共同生活兄弟会创办的希罗尼穆学校，随后又进入鲁汶大学深造，对伊拉斯谟的著作进行过深入研究。他还与一位希腊文教师合作创建了一个印刷所，以翻印出版希腊文古典著作为主。1529年应聘到巴黎王家学院担任古典语言和逻辑学教授。
施图尔姆支持宗教改革，但不固守教会教条；他也附膺梅兰希通的教育思想，力图将其付诸实践。1537年，施图尔姆应信奉福音教的市长、施图尔姆艾克（Sturmeck）的雅克布·施图尔姆（Jakob Sturm，1489—1553）和宗教改革家马丁·布塞尔之邀前往施特拉斯堡，第二年就在该市创办了一个图书馆，并在现成的神学院旁边建立了一所福音教文法中学（Schola Argentoratensis，或Strassburger Gymnasium）。该学校在班级划分和教学大纲方面为福音教的教育改革指明了道路，其宗旨是通过互相衔接的各级教育，把青年从基础开始一直培养到具备担任教会和政府职务所要求的文化程度。该学校在1566年被皇帝马克西米连二世升格为研究院（Semiuniversitas），可以颁授博士学位；1621年又被皇帝费迪南二世升格为大学。
施图尔姆在施特拉斯堡的办学实践为许多福音教邦国和城市树立了榜样。霍尔恩巴赫、劳英根、柏林、阿尔特多夫、施泰因斯富特、马尔堡、施塔特哈根和不来梅等地的中学都按照施特拉斯堡文科中学的模式进行专业设置。加尔文也曾亲自前往施特拉斯堡考察，对约翰·施图尔姆创办和领导的文科中学进行详细研究，并根据该学校的建制，在1559年制定了《日内瓦学校条例》，创办了日内瓦学院。
（三）耶稣会士
同热心教育事业的宗教改革家一样，耶稣会士也一直准备成为“教授军团”，对办学事业投注了极大精力与热情，建立了许多高效率的和富有吸引力的中学和大学，并且取得了十分显赫的成果。特别是他们精心组织教学工作，努力实践机会平等，提倡道德—伦理上的自我控制等做法，受到了普遍好评，就连与之敌对的福音教徒也不得不承认耶稣会士是教育艺术大师。
耶稣会创办的中学称作“学者学校”，或者说耶稣会文科中学，分班级（Klassen），严格挑选师资力量，重视教师的知识水平和教学能力，对教师教学的全过程实施监督和指导并定期进行考核。设立语文、亚里士多德逻辑学、讲授科学和世俗基础知识的“博学课”以及天主教神学等课程。在语文教学中，不重视希腊文，但却把拉丁文看作重中之重，要求学生熟练掌握拉丁文知识。神学课则以阿奎那的托马斯著《反异教大全》和《神学总论》为基础，把学术和信仰结合在一起，培养学生对天主教的忠诚。某些学校还设有大学班，比如三年制的哲学班和四年制的神学班。除此之外，耶稣会还十分重视培养学生的“雄辩”和社交能力，激发学生的责任心和工作热情，强调效率和吸引力、记忆训练和锻炼身体。
耶稣会1586年出版，1599年修订再版《学院课程编制》（Ratio Studiorum）作为世界通用的学习条例，将迄今为止耶稣会文科中学的教学实践和教学原则系统化和规范化。该条例一经颁布，就产生了巨大影响，甚至成为许多福音教学院的教学大纲，并且一直使用到1832年才做了较大的修改。
除了文科中学，耶稣会还创办了多所大学，大批耶稣会士更是天主教大学的主要师资力量，到1616年，天主教国家的高等教育机构几乎完全被耶稣会控制。
耶稣会士办学的基本目的是培养虔诚的基督教信徒和教士，使学生绝对服从天主教会、为教皇效忠。为此，耶稣会学校非常重视培养服从、顺从、守纪律等品质，严格要求学生绝对服从教师和学校当局。与此相应，耶稣会学校十分注重对学生的监管，也制定了严格的教学制度。
在监管学生方面，耶稣会学校设立学籍记录，把学生的学习成绩、在校表现等各种情况都加以详细记录；还实行一种名为“侦察制度”的措施，鼓励学生相互监视，规定每个学生均有义务把其他同学的各种过失、隐私向校方检举。学校对告密的学生，予以奖励。犯有过失的学生，若能检举他人的过失，则可将功补过，免受处罚。在注重对学生严格管理的同时，耶稣会学校也强调温和的纪律和融洽的师生关系。在一般情况下，绝少采用体罚。这在当时是极为罕见的。
耶稣会学校在教学方法方面主要采用讲解的方法，具体做法如下：教师逐句、逐节地讲明课文大意；详细说明课文的结构或语法、句法；引用其他诗人、史学家或哲学家的类似著作，比较其思想和文辞；借用历史掌故、地理、民俗、风情和轶闻趣事，帮助学生领会课文；仔细分析课文修辞、比喻、字句配合和押韵的技巧；结合课文中有关道德的内容，进行道德教育。运用这种教学方法，对教师来说，需要在课前做详细、缜密的准备。对学生来说，则需要课后认真复习，乃至全部熟记。而为了保持学生的学习兴趣，提高学习成绩，耶稣会学校实行竞争制度，例如，每一名学生找另一名学生，成为“对手”，彼此竞赛、互相促进。此外，还举行公开的辩论，让学生就已经学过的功课进行讨论，互相挑出对方的错误。辩论由教师裁决，获胜者可得到十字架等奖品和半天休假。耶稣会学校还注意到了因材施教的问题。学校为入校新生安排考试，根据考试所反映的学生的学习情况、学习能力和水平，将不同的学生编入不同的班级，以便更有针对性地进行教育。
由于组织严密、设备精良、教师水平高，因此，在相当长的一段时期内，耶稣会学校一直是欧洲质量最高、最有效率的学校。其办学的经验一直为其他教派学校和世俗学校所重视，并逐步扩散到美洲、亚洲等世界许多地区，对欧洲以至世界许多国家教育的发展，做出了不容忽视的贡献。
然而，耶稣会强调皈依戒律，否定个人情感，要求会士为上帝和教会的荣誉绝对自我献身，不能鼓励创新，怀疑，甚至敌视新科学和新哲学，这就使得该修会逐渐脱离了时代并丧失活力。到18世纪启蒙运动兴起后，耶稣会的冷酷无情，抱残守旧受到社会各界的普遍批评。