从16世纪中叶起，信义宗、归正宗（改革宗）和天主教会都转向于为自己的信仰制定一种书面信条，即“信纲”，完成了阐明各自的宗教教义、定制宗教礼拜仪式、确立教会体制等工作。中世纪普遍存在的教义不稳定性得以克服，教会组织趋于固定。西方基督教界开始分裂和分离成许多在信仰、教规、教义和礼拜仪式诸方面各不相同的“教派”（Konfessionen）。
各教派都坚持自己学说的绝对正确性，也深信自己肩负重大的救世职责。它们划分区域，采用行政强制和治安惩处等手段强使本地区居民信奉本教，疏远和排斥其他教派，但也力图按照自己的意向夺取国土和居民，为自己的教会团体赢得整个基督教世界。传播也好，内部发展也好，都没有局限于狭窄的教会内，而是持续地同世俗的文化和精神生活发生关系，也对各地世俗政权的内政外交产生了重大影响。各教派都呼吁并为自己要求世俗政权的帮助。几乎没有一个教派不曾利用世俗政权的。反过来，世俗政权，国家政权或邦国政权，也愿意利用教派势力干预教会事务，推行强权政治，伸张国家主权；国王或邦君则利用官厅的教会统治权为自己的目的服务：加强君主权力和威望，规定被统治者的宗教信仰，实行社会驯化。
三十年战争（1618—1648年）是发生在17世纪上半叶，以神圣罗马帝国为主战场，有欧洲多个国家参与，长时间和大规模的宗教政治战争。它开始于1618年5月22日波希米亚等级起义和“布拉格掷出窗外事件”（Prager Fenstersturz），结束于1648年10月24日《威斯特法伦和约》的缔结。
战争的爆发与宗教改革和反宗教改革、诸侯争权和王朝争霸有密切联系，交战的一方是神圣罗马帝国福音教邦国等级、诸侯以及与之结盟的丹麦、瑞典和法国，并得到荷兰、英国、俄国的支持；另一方是神圣罗马帝国皇帝、天主教诸侯和西班牙，其支持者主要有教皇和波兰。整个战争包括四次连续进行的重大冲突，它们被历史学家按照神圣罗马帝国皇帝和哈布斯堡君主的敌人的名字命名为波希米亚—普法尔茨战争（derbhmisch-pflzische Krieg，1618—1623）、丹麦—尼德兰战争（derdnisch-niederschsische Krieg，1623—1629）、瑞典战争（derschwedische Krieg，1630—1635）和法兰西—瑞典战争（1635—1648）。这些战争都不仅仅是为了某一所谓神圣原则而进行的战斗，而是具有明确政治目的的宗教战争，或者说是打着宗教旗号的政治战争。