在15世纪末、16世纪初，帝国经济曾经十分繁荣，一度处于欧洲的首位，但自16世纪中叶起，欧洲经济中心从地中海转移到了大西洋，意大利与中欧和北欧的贸易大幅减少，帝国失去了原先具有的、在这一贸易中发挥中介作用的经济地位，加上英国、俄国、丹麦、瑞典（吕贝克在1563—1570年与瑞典之间的长期战争中惨遭摧毁）、波兰、荷兰等国竞争的加剧，矿产资源的枯竭和王室对债务的拖欠等因素，神圣罗马帝国经济迅速地从繁荣转向萧条，帝国南北部各城市的经济地位每况愈下，汉萨同盟风光不再（1593年安特卫普商站关闭，汉萨同盟在佛兰德活动宣告终结），许多大公司和大企业破产倒闭，大量商人沦为西欧较发达国家商业资本家的业务代办。
商路转移对于帝国经济产生了许多不利影响，但在过去这种不利影响被夸大了。大城市的经济数据依然呈现虽然有些减弱但仍进一步上升的发展趋势。帝国南部施瓦本城市位于从上意大利到尼德兰、从法国南部到哈布斯堡东南部这一巨大商业贸易地区的切点。人口的增加、经济的集约化和工商业生产的扩大开启了新的机遇和赢利的可能。其基础是纺织品生产和香料、番红花和奢侈品贸易。货币像以往一样流行。禁止利率超过5%的命令到处被规避着。基督徒比从前的犹太人更贪恋金钱。所有人都想用投机的方法，例如兑换金钱和签订巧取豪夺的契约等，发财致富。
尼德兰因为战争和动乱，经济发展陷于停滞。帝国城市科伦的商业贸易却乘机活跃了起来。弗拉芒（Flamen）、瓦龙（Wallonen）、意大利和葡萄牙商人的大量涌入，极大地促进了该市的经济生活，并使它取代尼德兰，成为在东北欧、伊比利亚半岛和意大利三地之间进行远程贸易的基地和中转站。莱比锡和美因河畔法兰克福也保持着旧日的繁荣，其博览会仍然是欧洲最吸引游人的活动。
在1600年前后，欧洲地中海贸易与其他海外贸易的整体规模大体相当，很难说新航路的开辟导致了一种使帝国处于经济边缘地位的转变。相反，商道的转移却使帝国北部地区的贸易大获裨益。因为宗教和种族原因而受到迫害的法国、西班牙、葡萄牙难民和犹太人的大量涌入，也为帝国北部经济发展提供了新的推动力。虽然汉萨同盟的成员从1557年的63个减少到17世纪初的14个，但汉萨同盟的衰落并不等于汉萨城市经济的萧条。不来梅扩大了纺织品的进口，牲畜和生皮的出口。汉堡不仅在谷物、布匹、铜和盐的贸易方面大有发展，而且还上升为帝国主要的货币市场。埃姆登（Emden）、吕贝克和汉堡的商船运货量仍然大幅度增加。1570年，埃姆登的商船运货量为2.8万公吨，吕贝克为1.6万公吨，汉堡为1.35万公吨。
在农业方面，因为土地开垦达到了自然允许的极限，部分邦国颁布了禁止垦荒的法令（符滕姆贝格，1536；萨克森，1556），但是农耕技术和农业经营方式进一步改善，农产品销售市场进一步扩大，谷物贸易大规模发展，从东欧一直扩张到西欧。帝国北部和东部的贵族想方设法提高庄园的粮食产量，并将粮食输入到市场，就连一些诸侯也有兴趣将剩余产品投放到市场。在东普鲁士、波莫瑞、勃兰登堡、西里西亚等地区，不仅出现了“农奴制再版”，也逐渐形成了独具特色的“农场领主制”。为了扩大谷物生产，贵族庄园主大量霸占农民的份地，以农奴的劳役经营商品生产性的大庄园经济。农民被越来越严格地束缚在贵族的大地产上，隶属或从属于他人而不能自由地支配自身，其自治权力被剥夺一空。
在手工业和工业方面，纺织业大规模萎缩（16世纪初，奥格斯堡计有手工业织工6000多人，至17世纪初，仅有织工500多人了。其他城市的手工业织布产量亦减少了90%左右），但是铜和黄铜滚轧机以及水力磨坊的出现标志着以机械化和应用水力为发展方向的新手工业生产方法兴起，改良车床、绞盘和比较便宜的木制机器也在1560年以后逐渐出现并得到了使用。
神圣罗马帝国也依然是印刷业和眼镜制造业等新兴产业的重镇。奥格斯堡、巴塞尔、施特拉斯堡、纽伦贝格、科伦、美因河畔、法兰克福、莱比锡、吕贝克和马格德堡的印刷业继续兴旺发达。法兰克福和莱比锡的印刷业位居帝国乃至欧洲的前茅，而在1550年以后汉堡和布雷斯劳的印刷业异军突起，纽伦贝格、菲尔特（Fürth）、雷根斯堡和奥格斯堡则成了眼镜制造的中心。在武器制造方面，火枪、砍击和刺杀兵器的批量生产成为常规，并且有利可图。磨坊建造者、圆规锻造者、指南针制造者、圆钟制作者、眼镜制作者、枪炮瞄准器制作者、铸字工人、印刷工人、铜板雕刻工人、绘画工人等工具制作者和技术工人大量涌现。
分发承包制日益发展。委托商让没有能力进行大批量廉价商品生产的行会为自己服务，为农村的小工匠提供半成品，为城市小手工业者提供廉价商品，并借助于为跨区域市场生产的承包业务确保其生存。从事长途贸易的商人基本上将纺织业组织了起来，1550年以后也将从事纺织业的手工业者组织了起来；原先独立经营的手工业者，现在成了承包商的打工者，通过为跨地区的远方市场生产来维持自己的生计。
由于矿藏的耗竭以及生产和市场条件的不利（例如需要花费很多钱购买设备开采更深矿层的矿藏，也需要花费很多钱购买木炭和水力资源），采矿业急剧倒退，铜和银的开采量大幅度下降。1500年前后，黑森林周围的铜矿储存量尚允许每年开采750吨，到1560年就只允许开采330吨了，进入17世纪更下降到不足60吨。银的生产也下降了，其年产量从1560年的大约50吨减少到1620年的20吨。即使有色金属，特别是萨克森的锡和钴的开采有所增加，也不能弥补铜矿和银矿的损失。
与此同时，西班牙美洲殖民地的含银量很高的银矿，特别是1546年玻利维亚（Bolivia）波托西省（Potosi）银矿的发现和开采，进一步打击了神圣罗马帝国的采矿业，矿场主的利润和矿工的工资都明显减少了。富格尔、韦尔泽和霍希施泰特尔等家族经营的事业接二连三地破产，众多投资于其中，梦想得到高额回报的市民和工人也血本无归。1560—1620年，殖民地白银输入量从大约120吨上升到250吨。大量白银的出现，一方面带来了财富的增加，另一方面导致了货币贬值和通货膨胀。结果广大民众的购买力急剧下降，物质生活水平不断恶化。
铁矿开采仍维持在较高水平上。在帝国中东部的上普法尔茨、埃尔茨山脉、西里西亚、图林根，帝国中西部的萨尔（Saar）地区、西格尔兰，奥地利的阿尔卑斯山区和内莱奥本（Leoben）附近的施泰尔马克以及波希米亚和摩拉维亚，铁矿石储量丰富。1550年以后，尽管政治局势非常不利，其开采量也没有明显减少。蒂罗尔的冶炼工和锻工技术精湛，克恩滕的熔炉自16世纪末起开始利用水力和硬煤。制铁业的景气为帝国铁制品的自给提供了保障。萨克森和波希米亚开采的锡也获得了相似的发展。
随着人口的增多，食盐需求量不断提高，与之相应的则是在吕内堡的萨林恩（Salinen）、哈勒、施瓦本—哈尔（Schwaben-Hall）、贝希特斯加登（Berchtesgaden）、赖兴哈尔（Reichenhall）、萨尔茨堡的哈莱恩（Hallein）和蒂罗尔的哈尔（Hall）盐业生产的旺盛。一般说来，诸侯早已垄断了盐的买卖，他们也从这一垄断经营中大获其利。1600年前后，巴伐利亚公爵掌握了在自己的管辖区出售哈莱恩和赖兴哈尔盐的业务。恰恰借助于出自销售食盐的赢利，巴伐利亚公爵马克西米连一世（Maximilian I.，1573—1651）才掌握了比较充足的资金，可采取比较积极主动的政治和军事政策，招募大量雇佣兵参与波希米亚战争。
另一方面，几乎所有诸侯都用降低货币成色的手段诈欺人民，还有一些诸侯干脆做起了制造伪币和偷盗银两的勾当。铸币质量的低劣致使1600年前后神圣罗马帝国的货币陷入一种十分可耻的混乱。勃兰登堡选侯约阿希姆二世是“铸币大师”（Münzmeister），他在柏林尼克莱区邮政大街4号开办铸币厂，肆无忌惮地没收私币和制造劣币。
哈布斯堡家族的君主们动辄便向大商人和银行家借款，后者为了获得开矿权和其他特权也乐于巴结国王和皇帝。然而，借款人并不按时支付利息和清偿债务，这就使得大笔资金有去无还，不少大商号因此毁于一旦。韦尔泽家族败落于1614年，负债达58.6万基尔特。
二、社会危机
宗教改革之前，教士等级在神圣罗马帝国的社会结构中占有一席重要地位。宗教改革虽然没有彻底消灭教士等级，但却使其身份地位发生了巨大变化。在福音教邦国中，诸侯成了教会首脑，各级神职人员成了国家工作人员，牧师家庭则为普通教徒树立了生活典范。在天主教邦国中，高级教士依然掌握宗教大权，但大都摆脱了对罗马教皇的依附关系，成为各自所辖教区的宗教首脑。只有个别主教如奥格斯堡主教奥托·特鲁赫泽斯·冯·瓦尔德堡忠于罗马。低级教士依然出身寒门，但经过耶稣会士的整顿，其学识和风纪大有改进，精神风貌也焕然一新。
宗教改革也在一定程度上加深了贵族等级的两极分化。大贵族通过没收教会财产和干预宗教事务，进一步增加了自己的财富和权势。小贵族则在各种各样的反叛斗争失败之后，受到了更加严厉的监控。诸侯专权和经济衰落同样加剧了小贵族的危机，但也有不少小贵族逐渐适应了邦国国家化的发展趋势，通过为诸侯服务，跻身于官厅贵族行列。
16和17世纪是一个重视教育和流动的世纪。大约有20%—50%的贵族家庭将他们的儿子送入大学和骑士学院接受教育。而在1570至1620年间，贵族子弟上大学的比率翻了两番。许多受过教育的贵族子弟进入诸侯宫廷和邦国政府机关，心甘情愿地担任宫廷总管、膳食官或者掌酒官等职务，官厅贵族阶层由此产生，他们与来自市民家庭的官员因为共同为君主服务而克服了旧的等级差别。
普通人革命失败后，除萨克森、巴伐利亚两地外，其他地方的农民几乎全都沦落为了农奴。波莫瑞、勃兰登堡、石勒苏益格、赫尔施泰因和梅克伦堡诸地更于1616年或稍后以法律的形式将农奴制度确定为合法的经济制度。农民旧日的权利被剥夺一空，使用公地、牧场和森林的权力化为乌有，需要承担的劳役和税费却多如牛毛。不少农民迁移到矿区，但矿脉的枯竭也阻断了这一生计。走投无路的农民只好铤而走险，与地主进行各种各样的斗争，包括拒绝缴纳捐税和服劳役、举家举村地迁移他乡，甚或举行武装起义。虽然像1524—1526年那样的大规模普通人革命未再出现，但小股农民的武装斗争连绵不断。
农民起义主要发生在帝国西南部和上、下奥地利。自1576年起，过于沉重的劳役和捐税负担在博登湖以北的中莱茵、黑森林和阿尔郜地区引发了一系列骚乱，其影响所致波及索伦（Zollern）、雷希贝格（Rechberg）、蒙特福特（Montfort）、柯尼希斯艾克（Knigseck）和祖尔茨等伯爵家族统治地区，也波及奥格斯堡主教堂议事会、圣布拉西（St.Blasien）和前奥地利瓦尔德基尔希（Waldkirch）官署的所在地。1612—1614年，新设的酒税在中莱茵引发了“生丁战争”（Rappenkrieg），哈布斯堡家族的臣民最终拿起了武器，并且包围了瓦尔茨胡特。在上、下奥地利，被转加到普通人身上的土耳其战争税也引发了“社会的持久震**”。1573年，恩斯河畔施泰尔（Steyr）的农民举行起义。1582年，赖兴施泰因（Reichenstein）的农民举行起义。而在温迪施伽尔施滕（Windischgarsten）和“西尔宁事件”（Sierninger Handel）中发生的反对重新天主教化的暴力斗争最终汇集成为1594—1597年的上奥地利的农民起义。起义开始于米尔地区（Mühlviertel），后来扩展到南部和东部直至下奥地利地区，遭到高特哈德·冯·施塔海姆贝格（Gotthards von Starhemberg）贵族军队的镇压，后果十分惨烈。
一方面，在帝国北部波莫瑞、勃兰登堡马克和西里西亚（特别是1604—1615年的格洛高（Glogau）侯爵领地）等地，农民的行动受到了严密监控。在帝国南部巴伐利亚、帕骚、萨尔茨堡或者蒂罗尔等地，情况类似。另一方面，诸侯邦国的国家化建设虽然加重了农民的负担，但也提高了农民的法律地位，向反抗者指出了非暴力斗争的道路，使他们可以通过法律途径提出申诉，并在一定程度上获得较为公正的对待。不少村社也把最贫穷的人吸纳了进来，使之成为共同体既享有权利又承担责任和义务的正式成员。
新的城市史研究修正了原先在学术界普遍流行的关于1550年以后城市和市民没落的观点，转而强调一种“质量上别样的坐标系”和一种“重点推移”。1555年以后，虽然诸侯普遍加强了对城市的控制，但也有一些城市扩建了自己的行政管理机构，市政会的寡头—官僚政治趋势愈来愈明显，其成员也大都成为终身制的了；新成员是以合作者的身份而不是通过选举产生的。市政管理当局摆脱了市民群体的影响，开始强调其官厅功能了。与之平行，城市精英也与下层居民划清了界限。服装条例、教会和公共管理部门中的级别规定等都表明了城市社会中的等级制。市政会成员、商人和工商业主的地位远远高于手工业者和普通市民。受过法学教育者大量增加，行政管理的专业化日益突出。不断强化的官僚政治化和由此产生的法制化对于身份地位提出了越来越高的要求。谁要承担某个官职，谁就必须拥有相应的财产和相应的工作能力。他们以一种遵循特定模式的任职履历（Cursus honorum）的方式应聘担任市政参事。
在邦国城市中，宗教信仰由诸侯决定，而在帝国城市和独立的自由城市中，宗教信仰由市政当局决定。然而，宗教改革加强了市民的自我意识和权力要求，法学家约翰内斯·阿尔图西乌斯（Johannes Althusius，1557—1638）的“共生体契约法设想”普遍流行，市民就像邦国等级反对诸侯专权那样反对城市寡头政治。按照共生体契约法设想，城市自由是建立在市民责任和义务平等以及所有人都可参与政治决策等城市共同体原则的基础之上的。
而在1600年前后的经济危机和生存危机的背景下，城市中的社会矛盾不断加剧，城市“人民运动”波澜壮阔，冲突大规模发生。
在埃尔福特（1579）、亚琛（1580—1617）、奥格斯堡（1583—1591）、莱比锡（1592—1593）、但泽（1593）、埃姆登（1595—1603）、维斯马（Wismar，1595—1600）、吕贝克（1598—1605）、帕德博恩（1600—1604）、霍克斯特（Hoexter，1600—1604）、施韦比施哈尔（1601—1604）、不伦瑞克（1601—1604、1604）、施特拉尔松（1602、1612、1613—1615）、汉堡（1602—1607）、格赖夫斯瓦尔德（1603—1618）、多瑙韦尔特（Donauwrth，1607）、科伦（1608—1610）、莱姆戈（Lemgo，1612—1616）、美因河畔法兰克福（1612—1616）、沃姆斯（1613—1616）、韦茨拉尔（Wetzlar，1613—1614）和斯德丁（1616）等城市，暴乱、革命、长时间的或短时间即得到平息的冲突此起彼伏，连绵不断。在一些较小的邦国城市中，冲突也屡有发生。
在社会动**不安之际，犹太人又成了替罪羊。不少城市发生了迫害犹太人事件，其中1612—1616年在美因河畔法兰克福发生的“费特米尔奇起义”（Fettmilch-Aufstand）最为著名。姜饼烘烤师文岑茨·费特米尔奇（Vinzenz Fettmilch，1565至1570—1616）把城市的种种问题都归咎于犹太人的大量涌入，率领民众举行大规模抗议。犹太人被赶出城市，他们的住所被抢劫一空，个别人连性命都没有保住。原为帝国最大的犹太人聚居地，现在成了“无犹太人区”。直到市政当局处死费特米尔奇、镇压群众性暴乱并颁布了保障犹太人人身安全的法令后，一些犹太人才陆续返回定居。