16世纪中叶至17世纪初，神圣罗马帝国疆域再次发生变动。1552年，帝国诸侯为了对抗皇帝，不惜割让位于洛林的梅茨、图尔和凡尔登三个帝国主教区给法国，以争取法国国王亨利二世的支持。亨利二世遂乘机入侵，并在协助诸侯反叛打败皇帝后，牢牢地掌握了这三个地区的管辖权。在1559年《卡托—康布雷齐和约》签订后，法国虽然放弃了对意大利的领土要求，但继续占领着梅茨、图尔和凡尔登以及都灵、萨卢佐和皮涅罗尔等要塞。

更大的疆域变动则是尼德兰与帝国的分离以及荷兰的独立。

尼德兰位于神圣罗马帝国西北部，其德文名称Niederlande的意思是“低洼之地”，泛指莱茵河、缪司河（La Meuse）、些耳德河（Escaut）下游及北海沿岸一带地区。这一地区原属东法兰克王国版图，神圣罗马帝国建立后又成为帝国领土的一部分。自14世纪下半叶，勃艮第公爵接管了尼德兰。1506年，马克西米连一世的孙子卡尔，即后来的神圣罗马帝国皇帝卡尔五世，继任尼德兰大公，马克西米连一世的女儿玛格丽特担任摄政，尼德兰成为哈布斯堡家族的世袭领地。宗教改革时期，尼德兰，特别是以阿姆斯特丹为首的北部地区接受加尔文教，并成为欧洲各地受迫害的宗教改革者的聚集地。

卡尔五世推行反宗教改革政策，残酷镇压尼德兰的福音运动，早已激起尼德兰人民的强烈不满和坚决反抗。1556年，卡尔五世的儿子、西班牙国王腓力二世接管尼德兰，尼德兰成为哈布斯堡家族西班牙支系的世袭领地，与神圣罗马帝国基本断绝了关系。1559年，腓力二世整顿尼德兰教会组织，不仅任命了一批效忠国王的天主教神职人员担任主教，还委任卡尔五世的私生女、狂热的天主教徒帕尔玛的玛格丽特（Margarethe von Parma，1522—1586）为总督，变本加厉地剥削尼德兰人，迫害福音教徒。

1566年4月，出身于奥兰治（Oranje）家族的大贵族威廉·范·奥兰治（Willem van Oranje，1533—1584）、厄格蒙特（Egmond）伯爵拉莫拉尔（Lamoral，1522—1568）和荷恩（Hoorn）伯爵腓力二世（Philippe II.，1518和1526之间—1568）等人代表尼德兰的“贵族同盟”，向尼德兰总督玛格丽特请愿，要求废除迫害福音教徒的法令，召开三级会议，撤退西班牙驻军。玛格丽特不仅拒绝了这些要求，还大骂请愿者为“乞丐”，下令将他们赶出了总督府。愤怒的群众冲入天主教堂和修道院，将神龛里的圣母像掀倒在地，捣毁教堂内部的装饰物，掀起了大规模的破坏圣像运动，参加者达数万人之多。起义迅速扩大为宗教战争和争取民族独立的政治斗争。迫于压力，玛格丽特宣布停止宗教裁判所的活动，赦免了贵族同盟的成员。西班牙国王腓力二世却暗中调兵遣将，派阿尔发（Alba）公爵费兰多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多（Fern and oálvarez de Toledo，1507—1582）为尼德兰新任总督，伺机镇压革命。

1567年8月，阿尔发公爵率领兵力多达1.8万人的西班牙军队进抵尼德兰，成立“除暴委员会”，以血腥手段镇压革命，被处死的起义者达8000多人，厄格蒙特伯爵拉莫拉尔和荷恩伯爵菲利普等反叛贵族均被处死。奥兰治逃到拿骚，继续策划反西班牙斗争；也曾在神圣罗马帝国福音教诸侯和法国胡格诺教徒的援助下，多次组织军队进攻尼德兰。尼德兰民众则组织“海上乞丐”（Seegeusen）和“森林乞丐”游击队，机动灵活地在海上和陆上打击西班牙统治者。1573年底，北方各省宣布独立，并推举奥兰治为总督，开始筹建独立国家。

腓力二世召回阿尔发公爵，改派米兰总督列揆生（Requesens，1528—1576）为尼德兰总督，继续镇压革命。1574年5月，列揆生率大军包围了北方荷兰省的海滨城市莱顿，守城战士坚持抵抗了三个月，最后放闸水淹西班牙军队，大获全胜。莱顿战役的胜利，巩固了北方革命的胜利，也推动了南方各省的斗争。1576年9月4日，布鲁塞尔爆发起义，起义者占领了总督府，推翻了西班牙在尼德兰的统治。同年10月，全尼德兰三级会议在根特城召开，签订《根特协定》，宣布废除阿尔发公爵颁布的一切法令，重申各城市原有的权利，南北联合抗击西班牙。

1579年，南方的天主教徒破坏《根特协定》，组成“阿拉斯联盟”（Union von Arras），承认腓力二世为国君，企图联合西班牙军向北方进攻。信奉加尔文教的荷兰、泽兰（Zeeland）、乌特勒支（Utrecht）、高兰登、上爱瑟、菲士兰和格罗宁根（Grningen）等北方七省遂成立“乌特勒支同盟”（Utrechter Union），宣布宗教自由，承认人人都有选择宗教的自由，没有人会因其宗教的选择而被起诉。1580年，腓力二世宣布奥兰治亲王为罪犯；乌特勒支同盟针锋相对，宣布废黜腓力二世，成立“尼德兰联省共和国”（Republikder Vereinigten Niederl and e，简称联合邦，Generalstaaten），推举奥兰治为总督。联省共和国各省中，荷兰地域最大，经济也最发达，是共和国的政治中心，所以联省共和国又称荷兰共和国（De Republiek der Zeven Verenigde Nederl and en）。从此，尼德兰分裂为两部分，北部形成独立的国家，南部仍然处在西班牙统治之下。此后，西班牙虽然多次发动征服战争，但均未成功。1609年，西班牙新位的腓力三世（Felipe III.，1578—1621）与荷兰共和国签订《十二年休战协定》，事实上承认了共和国的独立。三十年战争之后，荷兰的独立最终由《威斯特法伦和约》所确认。

二、人口增长

16世纪中叶至17世纪初，神圣罗马帝国的人口继续增长，但增长速度减缓。到1618年，其总数大约为1700万人。按照史学家克里斯托夫·普菲斯特尔（Christoph Pfister）比较保守的估计，1550年为1260万，1600年为1620万。农村人口大量涌入城市，但还说不上城市人口过多和城市化程度大幅度提高。皇帝官邸城市维也纳和布拉格、帝国城市科伦、纽伦贝格和奥格斯堡、汉萨城市汉堡等以其多达5万人的居民数量依然位居顶端，但与人口超过10万人的欧洲大都市巴黎、伦敦、拿不勒斯、威尼斯、米兰和塞维利亚相比，仍相形见绌。许多城市还受到诸侯的控制和压迫，依然处于依附或半依附状态。另外，相对于农村，城市居民还深受物价—工资—剪刀差之苦；农产品价格的上涨远快于工资和工业产品价格的上涨。农产品价格上涨只对一部分为市场生产的大农有利，自耕农的生活并没有改观，反而深受赋税之累。城市中的穷人日益增多，乞丐和流浪汉到处可见。收入的减少也导致工匠和伙计之间的分配斗争日趋激烈。

1560年以后帝国人口增长减缓与瘟疫的流行和农业危机有密切关系。在1563—1565年、1575—1577年、1580—1585年、1590年前后、1596—1603年、1605—1607年、1609—1613年诸阶段，瘟疫从一个地区到另一个地区不停歇地四处蔓延。天花、痢疾、伤寒、斑疹伤寒和疟疾肆虐横行。在1570—1575年、1585—1587年、1597—1601年、1607—1617年诸阶段，极端天气造成农作物和经济作物减产。粮食歉收又引起粮食价格飞涨、食品奇缺、饥荒严重等恶果。饥饿者很容易患病。患病的饥民乞食于城市，又势必加速瘟疫的传播，扩大瘟疫传播的范围，造成更大的死亡率和人口损失。