16世纪中叶至17世纪初，神圣罗马帝国疆域再次发生变动，洛林的梅茨、图尔和凡尔登三个帝国主教区为法国所控制，尼德兰则被西班牙占有，后来又有荷兰共和国的独立。帝国人口持续增长，但其速度已经开始减缓。随着欧洲经济中心从地中海转移到了大西洋，神圣罗马帝国失去了原先具有的、在南北欧贸易中发挥中介作用的经济地位，加上英国、俄国、丹麦、瑞典、波兰、荷兰等国竞争的加剧，矿产资源的枯竭和王室对债务的拖欠等因素，帝国经济逐渐从繁荣转向萧条，汉萨同盟风光不再，不少公司和企业破产，许多商人沦为西欧更发达国家的资本家的业务代办。教士等级垄断宗教救赎权的局面不复存在，其社会地位和威望也大打折扣。大主教和主教等高级教士大都摆脱了对罗马教皇的依附地位，成为独霸一方的诸侯，低级教士则基本沦为诸侯的臣属。世俗贵族同样向两极分化，大诸侯通过对邦国教会的控制，势力愈加壮大，中小贵族则不断丧失独立地位，顺应时代潮流者尚可在新兴君主国中获得一官半职，抱残守缺者只能苟延残喘。城市市民则深受市政官员寡头政治和诸侯干预之苦，幸运者可以通过教育获得升迁，破产商人和手工业者则面临沦为平民的危险。占人口绝大多数的农民并未从农业景气中获得实惠，相反，“再版农奴制”和经常发生的天灾人祸却加剧了他们的苦难。
这一时期，神圣罗马帝国仍拥有相对完整的主权，皇帝、帝国等级会议、帝国最高法院、帝国行政区等权力机构依然凌驾于各邦国之上，可在和平环境中，把大大小小、部分业已具备主权国家性质的邦国整合在一起。尽管争斗不断，在涉及宗教和解及国内和平等重大问题上，皇帝与帝国等级还能勉强保持一致，只是皇帝的权力受到极大限制，帝国等级以“勤王”为由，要求更多的自由和特权。皇帝变成了一个宪法意义上的君主，只能在选侯们同意的条件下发号施令，既不能在帝国境内建立君主专制和统一民族国家，也不能彻底消除宗教“异端”，有效抵御外来侵略。各邦君主却在自己的辖区内开始了更大规模的国家建设，建立和完善行政、司法机构，招揽朝臣，排斥等级，加强对城市控制。特别是通过邦国教会的建立，邦国君主进一步扩大了自己的权力范围，增强了自己的经济和政治力量。
从社会文化角度来说，国民学校和文科中学广泛兴建，识字率大幅度提升，书籍印刷出版大规模发展，报刊新闻也开始兴起。在文学、史学领域，教派论战虽然占据主导地位，但批判的方法也得到了锤炼。政治理论开始张扬“国家艺术”和专制主义，科学研究也越来越注重经验方法，植物学、绘图学和天文学取得了显著进步。
在宗教政治方面，《奥格斯堡宗教和约》结束了剧烈的冲突，却未完全终止宗教改革运动。原属天主教的世俗邦国和教会邦国纷纷改宗福音教，神圣罗马帝国大有全盘“福音教化”之势。以耶稣会为先锋的“反宗教改革”势力不甘示弱，“重新天主教化”运动在帝国西北部取得了明显成果，在其他地方却进一步加剧了宗教分裂和宗教仇恨。天主教派与福音教派截然对立，水火不融。而在福音教内部，教会教义和礼拜形式极不统一：路德教的“正统派”与“菲利普派”针锋相对，争论激烈；路德派、加尔文派和洗礼派也相互排斥，难以共处。通过制订信仰认证书，信义宗、归正宗（或改革宗）和天主教三大教派逐渐成型，而在这一“教派化”进程中，不仅宗教—教会得以重组，“社会驯化”也进一步加强，邦国的国家建设开始向纵深发展。