加尔文（Jean Cauvin，1509—1564）的宗教改革也被称作“第二次宗教改革”。这一概念是由德国当代福音教神学家于尔根·莫尔特曼（Jürgen Moltmann）在1958年提出的，现在已得到越来越广泛的使用。按照莫尔特曼的见解，“第二次宗教改革”有以下两个突出特点：一是通过官厅加以贯彻或者是建立长老制的社团教会，二是把福音教的礼拜仪式和教会纪律与“生活改革”紧密联系起来，将宗教改革从比较单纯的宗教—教会领域，扩展到政治—社会领域。第二次宗教改革并非仅指加尔文的宗教改革，但是加尔文教的兴起，意味着宗教改革进入了一个全新阶段。实际上，加尔文宗教改革具有典型的城市宗教改革特征，但因加尔文教的创立，这一改革又超越了一般城市宗教改革范畴，获得了创立教派的意义。加尔文教也为神圣罗马帝国部分诸侯所接受，成为他们推行宗教改革的宗教标的，而其合法地位则是通过相当长时间的宗教—政治斗争获得的。

1509年7月10日，加尔文出生在法国北方皮卡迪的努瓦荣（Noyon），他的父亲杰拉德·加尔文（Gerard Cauvin）是当地主教的财政秘书；母亲珍妮·勒·弗兰克（Jeanne Le Franc）是一位旅店主的女儿。在读完家乡的拉丁文学校之后，加尔文于1523年进入巴黎拉马什学院，学习“七艺”，未过多久又转到索邦（Sorbonne）蒙泰居学院。1528年获文科硕士学位。紧接着，加尔文遵从父亲的劝告，放弃学神学的初衷，到奥尔良研习罗马法，但在希腊文教师和路德教信徒梅尔希奥·弗尔马尔（Melchior Volmar，1497—1560）的指导下，他对人文主义和德语也产生了浓厚兴趣，在成为法学硕士后，便不想继续深造，而是完全投身于人文主义研究了。

1531年5月，父亲去世，加尔文在职业选择方面获得了自由。在基督教人文主义思潮的影响下，他重返巴黎，进入法国国王弗朗索瓦一世在1530年建立的“三语学院”（Collège destroislangues）学习古典语言，1532年出版了一部关于塞涅卡（Lucius Annaeus Seneca，约公元前4—65）的评论，只是未引起多大注意。在经历了一种“心灵变化”之后，加尔文改信路德教，参加了由其房东秘密组织的福音教徒团体。1533年，加尔文同他的朋友、新任大学校长尼克劳斯·科普（Nikolaus Kop）一起公开批判经院哲学，赞扬路德神学，宣传“福音”，遭到巴黎法院的通缉，被迫离开巴黎。

流亡期间，加尔文曾在法王弗朗索瓦一世的姐姐、纳瓦拉王后、倾向福音教的玛加丽特（Marguerite de Navarre，1492—1549）位于内拉克（Nérac）的小宫廷待过一段时间。经过研究、谈话和深入思考，他更加坚定了支持宗教改革的立场，也开始对他的思想进行系统化整理，酝酿写作《基督教要义》（Institutio Christianae Religionis）一书。

科普事件平息后，加尔文返回巴黎，在克罗泰勒斯（Crotelles）第一次举行圣餐，并且是以教徒饼酒同领的新形式举行的。此时，路德福音教在法国流传甚广，1534年10月8日在巴黎出现了反对天主教、支持路德的宣传牌。法国国王弗朗索瓦一世震怒，发布迫害福音教徒的敕令，许多人被活活烧死，加尔文不得不再次离开巴黎，化名“马提阿努斯·卢西阿努斯”（Martianus Lucianus），隐居巴塞尔，埋头写作《基督教要义》；1535年8月23日完成初稿，次年3月，由巴塞尔图书印刷商托马斯·普拉特尔（Thomas Platter，1499—1582）印刷出版。这是第一部全面阐述福音义理的大作，初为四卷，分别以圣父、圣子、圣灵和教会命名，正文设有六章，附加写给法王弗朗索瓦一世的“信仰告白”书。后来，在经过1539年、1543年、1550年和1559年的多次重新修订后，加尔文著《基督教要义》最终扩大为80章。

1536年初，加尔文到巴黎处理家庭事务，归途为弗朗索瓦一世和卡尔五世已经布好阵式准备交战的军队所阻，只好绕道而行，路过日内瓦。当地的宗教改革家纪尧姆·法莱尔（Guillaume Farel，1489—1565）盛请加尔文担任大教堂的读经师。这一偶然事件竟成了加尔文宗教改革事业的开端。

日内瓦地处帝国西南部，属于瑞士联邦。福音教早在1532年就传入该城，但却未被市民普遍接受。加尔文先是在该城的保罗派教堂讲解《圣经》，1537年1月又向日内瓦市政会提出了一个新的改组教会计划，要求整顿教会风纪和公众道德，强迫日内瓦自由市民逐个宣誓，公开接受他所拟定的教义，遵守“福音教十戒”；拒绝宣誓者，将被驱逐出城。加尔文还力图使市政会成为只执行他的命令和法令的机构，把一个民主的共和国转变成为神权的专政。日内瓦市政会不愿意接受新的“福音教教权主义”，日内瓦市民也拒绝宣誓，但加尔文坚持己见，不予妥协，并以拒绝举行圣餐进行对抗。第二年，日内瓦举行市政会大选，一些敌视加尔文的人当选。在这些人的操纵下，市政会颁布命令，采用伯尔尼的教会仪式，不再采用当地的仪式制度。加尔文称此届市政会为“魔鬼的委员会”，并和法莱尔一起反对市政会干涉宗教事务，结果在4月23日双双遭到放逐。

加尔文流亡施特拉斯堡，出任圣经教授，附带照料着一个法国流亡者社团，在圣尼科劳斯教堂、圣马格达莱纳（St.Magdalena）教堂和多明我会士教堂布道和举行圣礼。通过与当地宗教改革家马丁·布塞尔的交流，加尔文的神学思想得到了极大的丰富，对预定论、圣餐教义和圣经里规定的牧师、教师、长老、执事四种神职说等有了更深刻的认识。布塞尔拥有卓越的教会管理才能，强**会纪律，认为上帝拯救的教义是教会的心脏和灵魂，纪律则是教会的经络。布塞尔对教会纪律的强调在加尔文的心灵中引起了共鸣，布塞尔在施特拉斯堡设立的礼拜仪式也被加尔文视为值得借鉴的样板。加尔文还在1540年与在施特拉斯堡避难，且已生育了两个孩子的寡妇伊德蕾特·德·布尔（Idelette de Bure）结婚，建立了一个十分和谐的福音牧师家庭。

在此期间，日内瓦的宗教改革陷于停滞，市民们在信仰方面茫然不知所措。伯尔尼企图把日内瓦置于自己控制之下，已遭唾弃的天主教又有卷土重来之势。面对这种混乱局面，越来越多的人开始认识到加尔文的主张的正确性，期望重新召回加尔文，由他来主持该城的宗教改革，稳定教会和政治秩序。在与加尔文进行长时间谈判的过程中，市政委员们宣誓接受“忏悔”，同意按照加尔文的意志制定必要的“教规”。日内瓦的教会也接受了市政会的安排。

1541年，加尔文返回日内瓦。他雷厉风行地在11月20日颁布《日内瓦教会条例》（Ordonnances Ecclessiastiques，又译为《教会宪章》）；次年又发表了《日内瓦教义问答》。据此，他废除天主教的主教制，建立了一种具有共和主义特色的政教合一政权：教会由神职人员（牧师）组成的数名执事和由俗人组成的数名长老共同管理，长老由教徒直接选举产生，牧师则由长老聘任；设立长老会议，由各教区民主选举的12名代表组成，归市政会直辖，市政会则由长老、牧师和上层市民组成，是最高的行政机构，拥有司法权；设立宗教法庭，由长老会议成员和6名牧师组成，由该城4个地方行政官之一做主席。由长老、牧师和行政官员组成的宗教法庭成为教会中最有权力的部门，可以行使一般的道德监督，可以颁布纪律，可以经过地方行政官的同意，开除教徒教籍。宗教法庭的法官同时又是市政会委员，一旦开除出教仍然不足以惩罚罪行的话，就可以通过城市行政部门对已被开除出教的人予以进一步的惩罚。市政会仍牢固控制着任命教师、管理婚姻和审理公民犯罪的权力。除此之外，加尔文还将日内瓦划分为数个教区，建立市和地方教区两级牧师团体。市级牧师团体由各教区首脑组成，负责统辖各教区牧师团体。从1542年至逝世前，加尔文一直是这个团体的主席。虽然作为法国国民，加尔文无权担任任何政治职务，但他经常出席各类委员会会议，参与政治决策，在实际上掌握了宗教政治大权。宗教法庭每星期四举行例会，称“星期四晨会”。加尔文经常出席这一例会，是宗教法庭的实际负责人。

加尔文还宣布《圣经》是信仰的唯一依据，废除弥撒，只举行在《圣经》有明确记载的、为耶稣亲自设立的洗礼和圣餐礼这两种礼拜仪式。在举行礼拜时，以布道为中心。加尔文曾经建议每个星期天举行一次圣餐，每周举行一次教徒集会，但这一建议未得到贯彻。取而代之，日内瓦每年举行四次圣餐，每季度举行一次教徒集会，由布道士进行“兄弟般的忠告”。大小礼拜堂内以洁净为要，去除一切的异端和拜偶像的记号，只剩讲台、座椅。除此之外，加尔文还以福音为生活准则，整顿公共道德和教堂纪律。政府和教会制订严格的规章制度，按照上帝之道，对市民生活进行严厉管理和监督，不参加宗教崇拜将会受到惩罚，但也严禁一切浮华享乐的行为，即使是唱世俗的歌曲、跳舞和打牌，也将受到惩罚。在所有人生乐趣中，只有家庭生活得到了肯定和鼓励。经商致富，蓄有私产，贷钱取利，以及做官执政，则被说成是受命于上帝。

在一个接一个的布告中，加尔文试图借助于严格的教会管制，密切监视人们的思想和行动，力图使“堕落的”民众养成良好的道德习惯，把日内瓦创建成为一个新型宗教社团的典范。这些措施触及到生活的每一方面，管制措施则根据情节的严重程度从警告到驱逐甚至处以绞刑不等。执行时无论地位高低皆不得幸免，而被管制者不应当把它看作惩罚，而是应当看作帮助。每逢礼拜四，12个长老和6名牧师，聚会一次，在加尔文的指导下审理各种案件。凡被人控告，其言语、行为对于上帝和基督教的《信经》有失敬之处的教徒，一律都召来加以斥责；对加尔文揭示的任何基督教教理表示怀疑者，一经发现即行驱逐甚或处死。对异端教派和洗礼派更不宽容，经常动用火刑加以处死。这种管制是如此严厉，以至于许多人纷纷逃离日内瓦。如果不是胡格诺教徒的大量涌入，日内瓦恐怕早就人去室空了。加尔文热情接纳这些来自法国的福音教流亡者，让他们成为日内瓦市民和他的最得力的社会基础。

加尔文的目标是将人类各种社会生活全部基督教化，即使官厅也要受到教会监控，而教会自身是民主的，不受国家制约。在加尔文的影响下，日内瓦一度成了一个组织严密的“基督教共和国”和福音教大本营。然而，“加尔文的日内瓦”的说法并不准确。加尔文决非大独裁者，他甚至连日内瓦市民都不是，并不掌握法定的权力。作为一位牧师，他也没有力量左右政局。事实上，那些掌权者到最后仍然保留将加尔文免职的权力，只是他们没有运用这一权力而已。作为宗教法庭的成员，加尔文自然可以代表牧师向地方官员提出温和的抗议，然而这抗议却经常受到忽视。1553年，日内瓦市政当局逮捕了因否定三位一体教义而受到天主教会通辑的西班牙医生米贵尔·塞尔维特（Miguel Servet，1509或1511—1553），并判处以焚刑。加尔文要求将火刑改为“较温和的”绞刑，但未被市政会接受，塞维图斯最终还是被捆绑在干柴堆上烧死了。加尔文对日内瓦的影响力，不是基于正式的法律地位，而是基于他作为传道者与牧者相当大的个人权威。

1539年至1541年，加尔文和天主教神学家们一道举行会议，他与他们一道分享而他本人从未停止抱这样一个大胆的希望：建立一个也许能把所有分裂的教会联合起来的自由的、基督教徒的议会。只是在特伦托大公会议对宗教改革采取了坚决反对态度之后，加尔文才放弃与天主教会和解的幻想，只考虑把各地福音教会统一起来的目标了。