1530年奥格斯堡帝国等级会议闭幕之后，路德年事已高，身体欠佳，不再参加任何重大活动，也不能直接决定宗教改革进程了。尽管如此，他继续在维登贝格举办讲座，主持福音教徒的婚姻，调解家庭纠纷。他也笔耕不辍，努力通过书信和著作，发表时政评论，指导福音教牧师和布道士的工作。
路德晚年的作品主要有：《施马尔卡尔登信条》（1537年）、《就反对受安息日者致好友书》和《论犹太人及其谎言》（1538年）、《论大公会议和教会》（1539年）、《论不可说的名》（1543年）、《论基督的家族》（1544年）以及《反对由魔鬼创立的罗马教皇统治》（1545年）等。在这些著述中，路德再一次总结了他的教义和神学主张，并对犹太人、宗教会议和罗马教皇制度等问题进行了比较全面的讨论。
路德继续反对教皇，拥戴世俗统治者。他要求严惩“罗马暴君”，把他的教令烧个一干二净，希望皇帝主持宗教会议，解决宗教争端。特别是在1545年发表的最后一篇论战性文章《反对由魔鬼创立的罗马教皇统治》（Wider das Papsttum zu Rom，vom Teufelgestiftet）中，路德把罗马教皇和红衣主教们骂得狗血喷头，其用语之恶毒达到了无以复加的程度。教皇有时被称为“老魔头”，有时被称为“罗马阴阳人”，有时被称为“老屁精”。而红衣主教则是“魔鬼的遗孽……无知的笨驴……世人应该咒骂他们，让他们被雷打，被火烧，害瘟疫，害梅毒，害癫痫，害坏血病，害麻风病，害痈疔，害种种无法医治的恶疮毒症”。路德还向神圣罗马帝国的“皇帝、君主、诸侯、领主及一切有权采取行动的人”大声疾呼，要他们兼并教皇领土，“夺取教皇、红衣主教及所有跟从他们一群狗男女的一切”。路德写道：“动手吧，皇帝、君主、诸侯、领主及一切有权采取行动的人。动手吧，上帝为你的行动会赐福于你。首先当从罗马教皇手里，将罗马涅（Romagna）、乌尔比诺（Urbino）、波伦纳以及他所有的一切抢过来。因为，他之拥有这些，全系出之撒谎及运用一切卑劣手段。这些本来属于皇帝的东西。由于他运用偶像及其他不正当的方法偷了来，所以大家不知道。自从这些东西落在他手里，他便据以自大，用以作恶……现在，由于他具有了这些东西，已有数不清的人受他的引诱坠入地狱之火……因此，先夺去他——教皇、红衣主教及所有跟从他们一群狗男女的一切，然后，从颈后拔出他们的舌头，把他们一起牵上绞刑台。这样做，可说是千该万该的。”路德对罗马教皇和天主教会的仇恨由此可见一斑，在这种仇恨中，宗教因素和经济、政治因素兼而有之。
路德在晚年还一改早年反对动用暴力镇压犹太人和争取犹太人皈依“正确的信仰”的主张（参见1523年的《耶稣生为犹太人》），对犹太人大加诋毁，成为了一个著名的“反犹人士”。他以新约中的“反犹”言论为依据，指责犹太人是基督教“最可恶的敌人”，提出对付犹太人的七点纲要：第一，点燃他们的犹太教堂和学校，所有无法烧的东西都埋到地里；第二，破坏和摧毁他们的住房，把他们象吉普赛人一样圈在一个大厅或畜栏里；第三，没收所有他们的书和经书，因为在这些书里他们传播偶像崇拜、谎言、诅咒和对神的诽谤；第四，禁止他们的拉比教书；第五，不向犹太人提供保护，不许他们使用街道；第六，禁止他们放高利贷，没收他们的钱币和金银；第七，给年轻和健壮的犹太人镰刀、斧头、铲子、纺织机，让他们用自己的汗水赚他们的面包。路德反对犹太人的陈词滥调与天主教传统没有什么两样，实际上他也是继承了这个传统的。只是当他把这些言论与他的关于律法和福音的学说联系起来的时候，他才赋予这些言论某种神学意义，把犹太人说成是遭谴责的、为上帝所愤怒的一群人。路德没有从生物学上将犹太人视为劣等种族，他谴责犹太人的主要理由是：信奉犹太教教义即犹太教信仰有罪。他强烈反对犹太教，是因为他们现在仍拒绝承认基督是他们的救主。当代有些学者把路德的“反犹主义”与希特勒纳粹党的反犹主义等量齐观，视之为一脉相传的，此种观点是很不恰当的。
1546年1月，为了裁决曼斯菲尔德伯爵们的一项争议，路德不顾自己的身体不适，经过哈勒前往埃斯勒本。在处理完争端后于2月18日去世，终年63岁。
路德死了，对于他的生平事迹和思想观念可以盖棺定论了。
路德用霹雳手段彻底粉碎了旧的权威和传统，从根本上拒绝了天主教会的教义权威，打破了圣职人员的独身制度，为经由修道院之禁欲主义所扭曲的宗教和世俗生活注入了活力。他试图在基督教教会内部进行改革，使教会回归到其原初的、“真正的”宗教职责上，摆脱世俗事务的纠缠。他也以个人对记载在圣经中的上帝的话的信仰和个人的良知作为行为准则，打破了罗马天主教会的教会法和圣事体系，创立了路德教邦国教会，给世俗统治者带来了在各自领地内排他的立法权、行政权和裁判权。路德承认国家权力是唯一合法的世俗政治权力，认为国家及其意志、规则、惩罚乃由上帝设立，而且，除世俗功用外，它们还有第二种甚至更为重要的“神学”或“属灵”功用。国家官员应当承担选拔神职人员，调解婚姻家庭关系，惩治道德宗教犯罪，管理教产，发展教育、济贫、医疗事业等职责，充分发挥保护宗教信仰、维护道德、保障社会福祉（“共善”）的作用。君主应当依照上帝的公义施行统治，臣民有义务服从合法权威，但也有义务不服从违背良心的法律。虽然将行使教会当权者原有职能的基本责任分派给了国家统治者，但其对个人良知的固守，也为近代宗教信仰自由开辟了道路。
不能否认，路德的思想具有较大的褊狭性，他对天主教在中世纪欧洲广泛传播的历史和意义缺乏认识，他对人类心灵需要多方面慰藉的事实缺乏理解；他把他的信徒从教皇无谬论中解放了出来，但又将他们引入了《圣经》无谬论；他抛弃了优美的宗教艺术和神话，制定了一系列冷酷无情的教条，虽然有助于培养人的虔诚，却不能使人获得快乐。路德也仍有中世纪的观念，一邦之内只能容许一种公认的宗教和礼拜仪式，不准许其他宗教和礼拜仪式存在。他对其他宗教，天主教、犹太教和同属福音教的茨温利教、加尔文教等的排斥，达到了无以复加的程度。他达到了良心的自由，但没有达到那最高的目标，完全的信教自由。他比宗教法庭更不宽容，说的比做的更刻薄。他赞成强迫劳动，要求人人固守上帝所指派给他的工作和行业，认为诸侯向农民抽重税完全理所当然。他性情暴躁，骂人不留余地，写谩骂文章更是前无古人，在日耳曼神学上撒下了仇恨的种子。他的两个王国理论，对后世的德意志国家学说产生了深刻影响。
美国作家威尔·杜兰非常恰当地称路德是一位“天生的战士”，是时代需要而又应运而生的战士，他一生都在战斗，与罪恶感斗，与魔鬼斗，与教皇斗，与皇帝斗，与茨温利斗，甚至与那些希望他将剧烈改革为温和抗议的战友们斗，而在当时的时代，若无这种大无畏的战斗精神，任何改革都不可期望其最后的成功。路德近于盲目的果决，为他开创的宗教改革事业提供了坚实保障。当然，宗教改革的最后胜利，福音教合法地位的最终取得，决非路德一人之功，除了一大批宗教改革家的不懈努力外，福音教诸侯也发挥了重要作用，并且也是依靠战争的手段，才取得胜利的。