洗礼派运动在苏黎世兴起后，迅速向外扩展，神圣罗马帝国各地无处不受其影响，神秘主义作家、编年史家和洗礼派领袖之一塞巴斯蒂安·弗兰克甚至将它看作与路德和茨温利宗教改革派并列的“第三种宗教改革”。参加这一运动的主要是社会下层民众：在城市是无产业、无权利的破产手工业者和帮工，在农村则是起义失败后情绪沮丧的农民。贵族、名门望族和行会市民较少参加，但也不是完全没有。
1527年2月24日，在米夏埃尔·萨特勒（Michael Sattler，大约1490—1527）的领导下，一部分洗礼派教徒在沙夫豪森州附近的施莱特海姆（Schlei the im）举行“洗礼派宗教会议”，结成“基督教联合会”，并制订了洗礼派第一个表述完备的纲领性信条《上帝之儿女关于七条信纲之兄弟联合声明》，简称《施莱特海姆信纲》（Schlei the imer Artikeln或Schlei the imer Bekenntnis）。在这一信纲中，洗礼派的最重要原则被归纳为七条：（1）拒绝婴儿洗礼，采用信仰洗礼。（2）实行教会管教，以开除教籍惩罚失误。（3）以分食面饼圣餐礼作为社团的标志。圣餐只应由已经受洗者领食，圣餐主要具有纪念性质。（4）远离现实世界。（5）自由选举教牧。（6）拒服兵役。（7）拒绝宣誓。该信纲一方面要为分散在各地的各个洗礼派团体规定统一的信条，另一方面也要与主流教会或“大教会”划清界限，而其主要宗旨是建立和平的、严格遵守圣经规定的与世隔离的社团。这样一来，与宗教改革家倡建“邦国教会”的同时，“自由教会”也开始形成了。
《施莱特海姆信纲》出台后，传播非常迅速，在施特拉斯堡、施瓦本的格明德、埃斯林根（Esslingen）、梅明根、奥格斯堡、慕尼黑、纽伦贝格、埃尔朗根（Erlangen）和雷根斯堡等地，洗礼派社团纷纷建立。施特拉斯堡甚至成了洗礼派分子的周转站；1530年时，该城接纳的洗礼派分子多达2000余人。
洗礼派社团也出现在蒂罗尔的茵河河谷、下奥地利和上奥地利。在黑森邦的佐尔伽（Sorga）甚至出现了一种洗礼主义奋兴运动，其影响一直蔓延到路德派宗教改革的核心地区。1526年4月，巴尔塔萨·胡布迈尔与茨温利决裂。之后，他离开苏黎世，经过康斯坦茨和奥格斯堡到达摩拉维亚，并在这里为2000多位追随者举行了洗礼。
然而迫害仍未停止。1527年5月20日，萨特勒被官府绞杀。另一位洗礼派领袖汉斯·胡特（Hans Hut，1490—1527）预言基督将在1528年的圣灵降临节回到地上，并打算召集14.4万名被拣选的圣徒，以十字符号在他们前额上施洗，以此作为“封印”。1527年8月，他前往奥格斯堡，参加在这里举行的洗礼派宗教大会，但却被官府逮捕，与其他许多洗礼派分子一样惨遭屠戮，此次宗教大会因此也被称作“奥格斯堡殉道者教务会议”（Augsburger Mrtyrersynode）。年底，当洗礼派在蒂罗尔落下脚的时候，帝国总督、奥地利大公费迪南立即命令当地官府坚决扑灭这些“已经燃烧起来的火苗”。刚刚从摩拉维亚到达这里的胡布迈尔被捕入狱。他拒绝收回自己观点，在1528年3月10日被处以火刑。
1529年的施佩耶尔帝国等级会议也针对洗礼派运动恢复了查士丁尼法典，重新规定“所有根据基督教法令受过一次洗的人都不能再受洗或第二次受洗，一个人也不能为想重洗的人施洗，这些都是帝国法律所禁止的，如此做的人将被判死刑”，这就从帝国法律上肯定了处死洗礼派分子的刑罚，并将这一法律的执行权授予帝国各地官厅。此后，无论天主教政府当局还是路德教或加尔文教政府当局，大都将洗礼派视为危险分子，不分青红皂白地一律严厉镇压。在一些邦国，洗礼派分子可在留下其财产的情况下离开，而在另一些诸侯国，他们却惨遭监禁和刑讯，在极端的情况下甚至会被当作异端而烧死或溺死。只有黑森伯爵菲利普的行动要温和一些，他希望洗礼派分子放弃谬误，重新回归正宗教会。
日益增加的外部压力和内部混乱迫使部分洗礼派领袖进行自我反省，有些人如汉斯·邓克等重新回到了官方教会的立场观点，也有一些人走上了“与世隔绝”之路，还有人继续坚持末世论观点，力图采取行动，迎接基督再次降临人世。
施瓦本毛皮加工匠梅尔希奥·霍夫曼（Melchior Hofmann，1495—1543）原为路德派信使，曾在波罗的海沿岸、斯堪的纳维亚半岛、尼德兰和石勒苏益格—荷尔施泰因地区活动。加入洗礼派后，他积极宣扬圣经约翰启示录的末世论说教，赢得了大批信徒，被称为“梅尔希奥派”（Melchioriten）。依然忠于罗马的教会和世俗政权当局，动用火刑加以镇压，但霍夫曼不仅没有被吓到，反而更加相信世界末日即将到来。他宣布施特拉斯堡已被上帝挑选为“新耶路撒冷”；真正的福音和真正的洗礼将由14.4万个义人从这儿传遍整个世界；1533年将是一个新纪元的开始；信徒们无需动用暴力手段，只要静待“新耶路撒冷”的出现即可。但到1533年时，这一预言并没有兑现。由于相信他是以利亚，就是耶稣说的要为他的再临铺平道路的那位先知，霍夫曼回到施特拉斯堡，自动投入监狱，要在那里等待“基督的第二次降临”（Parousia）。但是直到生命终结，他的预言也未兑现。
霍夫曼的失败并未熄灭已经被煽动起来的宗教狂热的火焰。在尼德兰，霍夫曼德门徒、哈勒姆的面包师扬·马蒂斯（Jan Matthys，大约1500—1534）取代霍夫曼掌握了洗礼派运动的领导权。他自称是一位新“以诺”，即《圣经·启示录》第11章预言的两位世界末日见证人中的第二位，阿姆斯特丹是新耶路撒冷，上帝之国将由此诞生。他还一反霍夫曼的和平主义观点，积极号召以暴抗暴，同样赢得了大批信徒的支持。数以千计遭到官府迫害、饱受折磨的洗礼派教徒决定前往明斯特避难。
与其他由主教管辖的城市一样，明斯特也在为争取城市自由而斗争。在福音布道士伯恩德·罗特曼（Bernd Rothmann，1495—1535以后）和激烈反对天主教教权主义的布匹商伯恩德·克尼佩多灵（Bernd Knipperdolling，大约1495—1536）的领导下，许多行会成员接受了福音教。市政会犹豫彷徨，福音教徒却通过绑架人质等手段，迫使主教在1533年2月14日签订了《迪尔门条约》（Vertrag von Dülmen），在保留天主教和主教权力的前提下，允许福音教在明斯特传播。
自1533年夏天起，福音布道士伯恩德·罗特曼逐渐背离路德的路线，越来越多地宣讲反对婴儿受洗的主张，致使明斯特城内的洗礼派运动不断高涨。1534年1月，马蒂斯派遣他的追随者裁缝扬·博克尔松（Jan Bockelson或Beuckelszoon，1509—1536）以“使徒”身份前往明斯特，并在这里建立了一个洗礼派社团。不久，大批洗礼派教徒蜂拥而入。
1534年2月23日，明斯特举行市政会选举，克尼佩多灵当选市长，洗礼派的声势明显壮大。24日，马蒂斯入城，他以先知自居，把明斯特说成是新耶路撒冷。新市政会控制不住洗礼派的行动，圣像破坏运动遂在市内大规模开展起来：几乎所有的教堂和修道院都被拆除，《圣经》之外的所有书籍也惨遭焚烧。马蒂斯还要求明斯特的民众都接受他的洗礼，所有拒绝者都将被驱逐出城。
被驱逐出城的明斯特主教弗兰茨·冯·瓦尔戴克（Franz von Waldeck，大约1491—1553）借助于黑森邦国伯爵菲利普一世的邦国雇佣军于2月28日对明斯特城实施了包围。4月5日（复活节），马蒂斯在市场广场举行布道，宣布自己为新“基甸”（Gideon），即《旧约圣经·士师记》记载的大能的勇士，当日便是世界的末日。紧接着，他未带任何武器就率领数位亲信冲到城外，结果被围城的雇佣军大卸八块。博克尔松凭借其杰出的演讲才能成了新先知，并且创立了一个由他本人以新大卫身份领导的作为最后王国的预备阶段的“锡安王国”，但当围城军队日益增多，形势岌岌可危之际，这位新“锡安”失去了常态，开始采取毫无节制的恐怖统治。他解散市政会，宣布自己为国王约翰一世（Johann I.），招募了12位“使徒”，任命克尼佩多灵为他的总督和大法官，另一位洗礼派激进分子海因里希·克莱希廷（Heinrich Krechting，1501—1580）为他的首相，并颁布了一系列镇压反对者的血腥政策，所有违背十戒者都被处以死刑。为了迅速增加“圣徒”数量，他还援引旧约圣经，建议实行男子多妻制。他本人就娶了17个老婆，其中包括马蒂斯的遗孀。
围城军队截断了所有外来援助。1535年6月25日，洗礼派弹尽粮绝，诸侯军队杀入城内，洗礼派王国灭亡，反叛者受到了严厉惩罚。1536年1月22日，博克尔松、克尼佩多灵以及其他数人被炽热的钳子折磨致死，他们的头颅被挂在教区教堂的塔楼上示众。尽管黑森邦国伯爵并不主张恢复天主教信仰，但民意难违，福音教的名誉因为博克尔松等人的丑行而遭到严重玷污。
对于洗礼派运动来说，明斯特事件无疑是一场灾难的源头。此后，洗礼派大都被视为无可救药的反叛者，到处都受到无情的镇压。无数洗礼派分子为其信仰献出了生命。更多的人则被剥夺财产，驱逐出国，甚至被当作奴隶加以出卖。瑞士洗礼派分子所遭受的迫害尤其长久。鉴于殉道者的众多，洗礼派研究专家沃尔夫冈·克劳斯（Wolfgang Krauss）提出了与“种族屠杀”并行的“教会屠杀”（Ekklesiozid）之说。
但洗礼派以宁死不屈的信仰勇气和忍受痛苦的决心经受了种种迫害。他们在门诺·西蒙斯、大卫·约里斯和海因里希·尼可拉斯等人的领导下，追随耶稣基督，沿着十字架之路跋涉，决不退缩。他们对基督勇敢、坚定、真诚的信仰，他们“兄弟般的友爱”，他们对穷人的同情以及他们自觉自愿的殉教不断给他们带来新的信奉者；他们的歌曲属于当时宗教诗中最激动人心的作品。对于大多数洗礼派分子来说，“跟随基督”才是基督徒生活的关键所在。真正的基督徒无法逃避十字架，不产生跟随的信心实际上是贫乏而虚假的。他们逐字逐句地仿效基督，实行成人的、信徒的洗礼，拒绝发誓和从军，接待可怜之人，甘愿受苦和殉道。而他们所能指望的无非是贫困和痛苦，即使夜间在森林里和偏僻地区的秘密集会也很难躲过暗探和捕快。只是后来其社会抗议成分大大减少，宗教因素越来越突出。久而久之，洗礼派运动也从大众教会运动蜕变为少数派自由教会运动了，虽然分散地、秘密地继续到以后相当长的时间，但已不再对当局构成严重的威胁。