路德虽然反对激进派运动、骑士暴动和普通人革命，但却没有放弃宗教改革主张。即使在普通人革命如火如荼地进行期间，他也继续按照其原则进行宗教改革。然而，路德也认识到，宗教改革家的力量是有限的，要开展更大规模的改革，必须依靠当局的支持。而随着宗教改革的深入进行，组建福音教会越来越成为迫切之事了。
对于福音教会的性质、组织原则、礼拜仪式、教牧制度等等，路德也早有思考和论述。首先是否定罗马教皇对于教会的统治，要求树立基督的权威。路德指出，真正的教会是“世上一切基督信徒的集会”，是无形的，它“包括那些生活在真正信、望、爱里面的人，……是一个在同一信仰里属灵的集会”，其首领也是属灵的。只有在天上的基督才能统治这个属灵的世界。然而，在现实生活中，基督徒不能不有教堂，也要隆重举行对上帝的礼拜，只是这一切须有一个限度。礼拜的设备只宜尚清洁，不宜尚华贵。路德也剥掉了教士等级的神圣外衣，强**士职业的服务性质，认为被授予圣职者不是高于君主、贵族、农民、工匠等一般教徒的特权等级，执行“圣礼”的教会神职人员也不拥有为信徒赦罪的能力。他们只是教会的“仆人”“执事”“管家”，应由全体信徒选举产生并受后者的监督。信徒享有选举和罢免自己的牧师的权力。任何人未经全体教徒同意和选举，不得执行属于大家权力范围以内的事。
福音教会外在的最主要标志是有上帝的话；上帝的话记录在《圣经》之中，由教士传讲于世，由教徒虔诚的信服，公开在世人面前承认。“上帝的道是在一切之先，有道然后有信，有信然后有爱，有爱行出的善事，因爱是不加害于人的，所以爱就完全有了律法。”属基督的圣民是由他们有上帝的道而识别，“何处以上帝的话纯正教导人，何处就有正直真正的教会”。路德并没有发明讲道，但他把讲道提升到了基督教崇拜的一个新高度。讲道的中心必须是耶稣基督，讲道的主要目的是使人以信接受基督。忠实的讲道人应该只讲上帝的道，并只寻求他的荣耀和赞美。同样，听众也应该只相信救世主基督而不是牧师。讲道人必须精通圣经，不应该使用艰深的神学词汇，而应该使用普通大众那种清晰又干脆的语言。最重要的是，讲道必须忠于其适当的内容，即基督。只有这样，讲道才能成为所有圣礼中的主要部分。
路德还强调礼拜的意义是信仰和感恩，不是为功德，乃是为礼拜上帝，不是行善功，乃是承认人的罪过，坚固信心，更深切地体认救赎之道，用祷告诗歌颂赞感谢上帝。圣礼不是向信徒赐予恩典的仪式，而是基督所指定的“蒙恩工具”，是坚定“罪得赦免”的福音，使人得救的不是记号，而是应许和对应许所发的信仰。路德还反对在仪式中讲拉丁语，主张代以全会众都能听懂的本国语，以便会众可自行得到造就。唱德文诗不但可以推翻神甫为人神之间的中保的优越地位，也可以使礼拜成为一大颂扬之歌。
路德攻击中世纪天主教的圣礼体系，认为只有洗礼和圣餐礼两项圣礼是真实的。有一段时间，他还保留了补赎礼，但后来却将其抛弃了，因为补赎礼虽然由基督设立，却没有与之相随的必要的记号。洗礼和圣餐礼是上帝之道的扩展和个例，表明上帝不会违背他的应许。它们都宣布罪被宽恕了，但举行这些仪式并不能使其发挥效力，只有相信了才有效。洗礼和圣餐礼是上帝应许的保证，与接受者的表现完全无关，其有效性在于基督而不在于主持仪式的牧师。教徒必须把圣礼与坚定的信心联系在一起，就像祖先雅各过约旦河时手里拿的杖，它指向基督和他的形象，使信徒在面临死亡、罪恶和地狱时，牢记上帝拯救的应许，内心充满安慰和喜悦。至于神职人员，他们应该与民众接近。为避免引诱和犯罪起见，他们应当有结婚的自由。上帝没有束缚他们，天使和教皇更不能加以阻碍。结婚建立家庭的教士会发出神圣的光辉，使教士之职更具有令人敬畏的力量。
为了“传道，施行圣礼，和牧养教会”，必须建立基督教学校，让那些有天才，有希望成为优秀的师傅、教士和担任其他圣职的学生，在学校里多读几年，甚至终身做研究工作。教育可以培养知识广博的教师，造就“真基督教徒”，人人均须受教育。教会本身就应当负起教育和教化的职责，要恢复小礼拜堂和修道院的教育功用，各城市市长和参议员要负责创办学校，并不惜以政府的权威，实行强迫教育。
路德的改革建议不仅仅限于宗教和教育领域，对于经济和社会，路德也提出了种种主张。他痛恨商业上的诡计，反对唯利是图、抽收重利的手段，建议君主和诸侯以法律限制富人，保护穷人。他也号召民众把经济生活建立在“爱人如己”的原则上，按照基督教的精神，本着良心从事各种各样的世俗工作。路德认为工作是获利的唯一正当方法，而且从工作获利只是为养生，济助别人，而非为致富，决不容忍闲懒不工作的修道士和乞丐。人人都当工作，凡不能工作的，方可由社会提供救助。贷款给人，不可取息，并且不可指望偿还，唯有老弱妇孺，才是例外。营业贷款，利息高低宜以营业的成败而定，但绝对不得有重利盘剥的勾当。金钱是为养生的，是从上帝受托的，决非为积攒的。
而在教士结婚方面，路德不仅大肆鼓吹，而且还身体力行。他曾亲自帮助托尔郜城的几位修女逃离修道院，并把她们介绍给各个家庭，或者当妻子，或者当女仆。他本人则在1525年6月13日与出逃修女波拉的卡塔琳娜（Katharina von Bora，1499—1552）结婚。当时路德已经42岁，波拉只有26岁，虽然年龄有差距，但他们夫妇二人相濡以沫，互敬互爱，过着十分美满的世俗生活，生育了六个活泼可爱的孩子，以实际行动向天主教会宣扬的禁欲主义挑战，并为福音教牧师家庭树立了一个美好的典范。
至于创建新教会，这原本不是路德的初衷。路德是改革者而不是创新者，从来都认为自己是唯一、神圣、大公和使徒性的教会中真正而忠实的一员，只是希望消除该教会现有的弊端，恢复其圣洁的本真。他也未放弃中世纪的主教制原则，只是试图剥夺主教原先所享有的神权，设立福音教主教取代天主教主教。然而，在当时的现任主教当中，没有一位是支持宗教改革的。鉴于主教们顽固不化、抵制革新的情况，路德只好请求世俗官厅出面改革教会。1525年11月30日，路德上书萨克森选侯约翰，建议恢复久已废弛的由主教派遣神职人员定期视察各主教区教会的古法，也建议选侯以“紧急主教”（Notbischfe）的身份，组织人员对其辖区内各处教堂和学校进行一次彻底检查。选侯很重视此事，遂选定两名神学家和两名法学家充当视察员，并在1527年6月16日签署《给视察员下达的指示和命令》，授予视察员以全权，分赴各地考问教士对教理的熟悉程度，检验教士的信仰坚定程度，审察教士履行职务情况，登记教会财产。视察工作由路德的朋友兼助手、维登贝格大学教授菲利普·梅兰希通主持进行。视察员们在两个月内走访了38个教区，发现了大量糟不可言现象：乡村教区神甫愚昧无知，大量的教士几乎是毫无训练，更不适合传教，有的人甚至连主祷文都不知道，但却以赶鬼为能事。平民百姓对于天主教、福音教两种宗教的差异所知甚少，许多礼拜堂全无聚会，学校也无人照料，教育废弛，道德宗教观念普遍低下，酗酒之风却十分盛行。还有一些神职人员对路德的学说持反对态度，或者是从天主教的立场观点出发，或者是从激进派宗教改革的立场观点出发。
对于发现的问题，视察员们进行了严肃处理，凡是不合格的神职人员都被解除职务，凡是反对路德宗教改革观点的神职人员，不论是天主教派还是闵采尔派的人，都被勒令离开萨克森选侯邦。梅兰希通还在1528年根据其经历，写作《对萨克森选侯邦教区牧师的巡视教程》（Unterricht der Visitation an die Pfarrherrn im Kurfuerstentumzu Sachsen），就教会的训诫和圣礼、教徒参谒教堂的方式以及教徒的婚姻、教育和争执等事项作出了详细规定。路德随后为此文题写“前言”，与教程一起公开发行。
路德还通过编写大、小教义问答的方式，进一步论述了福音教有关十诫、信仰告白、主祷文、洗礼和圣餐礼的教义，为牧师布道和一般教徒的日常宗教生活提供指导。
教会视察仅仅是临时采用的一种特殊措施，其本身尚不具备重新组建教会的目的。但是，随着教会管理和组织工作的开展，一种与天主教会大相迥异的新的教会便逐渐成形了。特别是萨克森选侯将教会事务完全纳入了政府管辖范围。他撤销了原有的主教辖区，将萨克森选侯邦重新划分为若干新区，每个区设“督察”1人，总揽宗教事务，直接对选侯负责，但不能干预区长的行政权。萨克森选侯还在本邦的一些城市中设立负责跨地区事务的“督察”，任命维登贝格大学神学家、城市教堂牧师约翰内斯·布根哈根（Johannes Bugenhagen，1485—1558）担任总督察，负责委派教士、监督礼拜等事宜；教会经济事务则由选侯直接处理，选侯甚至有权决定教会教义和礼拜仪式。
对于选侯的任性，路德并没有提出严正抗议。他只是坚持由教会处理婚姻和家庭纠纷事务的主张，也劝告选侯把没收而来的天主教会财产用于创办教育事业上，举办神学院或其他宗教学校（主日学、查经班、学道班等），培养专职教牧人员，并对一般信徒进行宗教教育。后来，在1539—1542年，仿效苏黎世的婚姻法庭，萨克森选侯约翰·弗里德里希一世（Johann Friedrich I.，1503—1554）设立了一个由法学家和神学家组成的专门处理教徒婚姻和家庭纠纷事务的教会监理会（Konsistorium），逐渐地，该监理会也接管了原先由主教管辖的其他事务。
萨克森选侯邦的教会体制后来被若干福音教邦国和城市采纳，黑森（1528）、不伦瑞克（1528）、汉堡（1529）、吕贝克（1531）、勃兰登堡—安斯巴赫（1533）、波莫瑞（1534）、赫尔施泰因（1542）、不伦瑞克—沃尔芬比特尔（1543）和希尔德斯海姆（Hildesheim，1544）等邦国和城市还聘请布根哈根指导福音教会建设工作，布根哈根则为他们制订了《教会条例》，并通过这些条例在帝国北部多个地区行使监督、检查职责。各地的世俗统治者分别接管自己邦国中的教会，建立一种新的宗教—政治—社会秩序，其中，诸侯不仅是一个世俗的统治者，也是一个邦国内最高的宗教的统治者，是邦国中的真正主人。臣民则跟随诸侯改变宗教信仰，按照福音教会的规章制度，参加集会，做礼拜，唱圣诗，圣餐时饼酒同领，家庭和社会生活也一律按照邦国教会的要求进行。路德教会的邦国化迅速发展起来。
二、城市福音教共同体的建立
城市是宗教改革的发祥地，路德、卡尔施塔特、闵采尔、茨温利以及其他宗教改革家最初都是在城市开展活动的；在维登贝格和苏黎世等城市，福音教也较早地成为占居主导地位的宗教。普通人革命爆发后，不少城市也做出了积极回应，诸如罗腾堡、梅明根、海尔布琅、美因河畔法兰克福、米尔豪森、埃尔福特、明纳施塔特（Münnerstadt）和施洛伊辛根（Schleusingen）等城市都发生了市民和平民起义，迫使市政当局推行宗教改革。普通人革命失败后，城市的宗教改革一度受挫，但未过多久又蓬勃兴起。到16世纪30年代，帝国北部的重要城市如马格德堡、施特拉尔松、策勒（Celle）、戈斯拉尔、不伦瑞克、阿尔特维克（Altewiek）、阿尔施泰特、哈根（Hagen）、诺伊施塔特、萨克（Sack）、哥廷根（Gttingen）、汉堡、吕贝克、汉诺威、不来梅、罗斯托克、但泽、多尔帕特（Dorpat）、里加、雷瓦尔等城市都皈依了福音教。在帝国南部城市纽伦贝格、巴塞尔、圣加仑、施特拉斯堡、依斯尼、肯普滕、罗伊特林根、威森堡、温德斯海姆（Weienburg）、林道（Lindau）、梅明根、乌尔姆、奥格斯堡、乌尔姆和康斯坦茨中，福音教也获得了胜利。据不完全统计，至少有51个帝国城市信奉了福音教，或者在城市内建立了合法的福音教社团。在信奉福音教的邦国中，城市也经常在诸侯之前接受福音教，然后再被邦国宗教管理部门纳入统一监管、领导体系。德国当代著名神学教会史家伯恩德·默勒（Bernd Moeller）因此提出了“城市宗教改革”（Stadtreformation）概念，并在学界得到了广泛使用。
城市之所以特别倾向于宗教改革，主要是因为城市共同体自成立以来就自视为“基督身体”（corpus christianum）的一部分，是一个神圣共同体；它们大都选择一位圣徒作为自己的保护者，也力图通过举行共同的宗教仪式强化市民对于上帝的集体责任感，维持城市内部的和平和秩序。城市也是全体市民为实现“公共利益”而结合起来的合作社，全体市民理应承担相同的义务，同时享有平等的权利。作为合作社和基督教救赎共同体，城市得到永恒拯救的前提条件是正确的教会制度和正确的市民共同体。
但在以往，天主教神职人员在城市中享有不纳税、不受城市法律约束、不履行市民轮值工作等特权，严重妨碍着城市共同体的建设。不仅如此，城市中的教会组织还大肆掠夺社会资源，占有众多财富，与市民形成激烈的竞争。它们自己经常从事工商业经营，但在说教中却反对盈利，并以打击非法盈利为借口，干预市民的商务活动，限制商人的资本积累。尤其是教会法庭经常通过罚款和实施禁令等手段，惩治“信仰不正”、违反教规者，但却不能给人以宗教慰藉，不能帮助人获得永恒拯救。凡此种种，市民们早已心怀不满，愤懑至极。市政管理当局也早就想对这个位居城市之上的“神物”加以管束。无论是市政当局还是普通市民都要求摆脱主教的控制，取缔城市教士的特权，甚至要求将教会市民化，将教士改造成为普通市民中的一员。
宗教改革家宣传的新的称义教义和圣经神学否定了天主教会在信徒和上帝之间的中介作用，剥夺了教士特权的合法性。而“平信徒皆为祭祀”“基督教兄弟之爱”等观念与强调“公共利益”和“神圣共同体”的城市共同体思想一经结合，就奠定了市民支持宗教改革运动的基础。除此之外，城市市民，特别是在经济、政治和文化上发挥引领作用的帝国城市的市民，受教育水平较高，对新思想、新观点的理解和接受能力也比较强。不少帝国城市还是帝国等级会议的召开之地，经常接待皇帝、诸侯和其他政要，其市民的政治意识较高，政治嗅觉也比较敏感。因此，宗教改革兴起后，许多市民立即就成为它的最得力的支持者。不少人认为，皈依福音教可让自己获利。任何人，只要披上福音教徒外衣，便可享受许多好处，如不向罗马教廷纳税，不受罗马教廷管辖，分润天主教教会财产等。
但真正推动城市宗教改革的还是城市中的中下层居民。他们不满城市内部的市政寡头，不仅要求得到上帝的道，而且要求更多的政治参与权。“平信徒皆为祭祀”便是他们反对城市寡头政治的最重要思想武器。在城市宗教改革中，宗教动机往往与政治、经济和社会动机相互混杂，福音运动与社会抗议运动相辅相成。
城市宗教改革有多种类型，其中既有帝国城市宗教改革与邦国城市宗教改革的区别，也有城市民众宗教改革与城市官厅宗教改革的不同。帝国城市享有自治权，可自行做出选择和决定，但也可能受到诸侯的干预，甚至被后者纳入自己的控制范围之中。更多的情况则是信奉福音教的诸侯与城市联盟，共同为捍卫新的宗教信仰进行斗争。邦国城市完全受制于诸侯，其宗教取向必须与诸侯保持一致。福音教诸侯也经常采取强制措施，迫使自己治下的邦国城市的居民改信新宗教。
在大多数城市中，特别是在大多数帝国城市中，宗教改革运动都是从福音布道士宣讲福音开始的。宗教改革爆发后，一大批本地的和外来的、正式的布道士和自发的布道士，甚至是一些俗人，在教堂和私人聚会中，积极开展活动，宣讲福音，散发宣传品。他们获得了来自社会各阶层的广泛支持，并且很快就转向改造教会生活方面，不少人还提出了各种各样的政治和社会要求。接受新信仰者组成福音教社团，或者向市政当局提出反天主教教权主义的陈情条款，或者直接冲击和废除旧礼拜仪式，采用新法，如废除弥撒、捣毁圣像、限制列队游行等。在这里，起领导作用的大都是一些新建的市民委员会；在汉堡，此类市民委员会后来成了一个常设机构。如果市政当局意欲镇压，这些福音教徒就会联合起来进行斗争，经常也有行会组织参与领导。他们会在市政会选举时，把大批信奉福音的市民推举为参事。然后再由福音教徒占据多数席位的市政会组织宗教会谈和辩论，作出决议，宣誓皈依福音教，使本市成为福音教城市，并通过制定城市教会章程等措施使宗教改革转入机构化建设轨道，解散修道院，驱逐坚持旧信仰的教士，没收教会财产，组建福音教会，允许教士结婚，举行普通教徒饼酒同领的圣餐礼，创办学校教育机构并把天主教会的财产转用于福音教会和社会公益事业，例如供养牧师、济贫和教育事业等等。
苏黎世运用宗教争论作为论证“官方措施”的合法性的工具，这一做法也经常为其他城市所效仿。即使决定早已在幕后做出，上帝福音的说服力还是可以通过会谈得以展示。在纽伦贝格，市政会在1525年宗教会谈结束后立即取消了弥撒，并确立了城市的教会主权。1533年，纽伦贝格市政当局同勃兰登堡—安斯巴赫马克伯爵邦一起，颁布了一个新的教会条例，进一步巩固了城市的教会主权。施特拉斯堡在1529年禁止弥撒，在1534年教务会议（Synode）结束后同样颁布了一个新教会条例。乌尔姆在1530年通过市民表决转向了福音教；奥格斯堡也在1534—1537年通过比较广泛的意见一致而成为福音教城市。
一方面，多数城市的市政当局乐意顺应民意，接受福音教，部分市政会主动选择福音教，邀请宗教改革家到本市进行指导。但也有些市政官员态度暧昧，言行矜持。他们虽然是改革的受益者，但却担心诸侯的干预，特别是皇帝的惩罚。另一方面，他们又无法回避来自下面的压力，况且他们自己也对福音学说有好感，更希望通过新学说对城市里的教会、学校和慈善事业加以有效控制。宗教改革极大地强化了市民的自我意识和自治要求，面对市政当局的犹豫不决，不少人也想通过一些激进手段，迫使市政当局尽快做出决定。此类激进行动，甚至是“暴乱”，在奥格斯堡、汉堡、不伦瑞克及施特拉尔松都有发生；洗礼派甚至在明斯特建立了一个“锡安王国”（1534年）。因此，在不少城市，市政当局在接受福音教义，开展宗教改革的同时，也利用其新获得的普遍管辖权，颁布法律法规，对市民和平民加以驯化和约束；在奥格斯堡等城市中，市政当局不仅制定了教会条例，也制定了监护和治安条例。严格地说，城市宗教改革既不是纯粹的“人民宗教改革”（Volksreformation），也不是单一的“市政会宗教改革”（Ratsreformation），在许多情况下是两种因素的紧密结合，只是在不同时间和不同地点，重点有别。
宗教改革加强了通过“教会的公共化”、城市司法审判的统一、教士与市民的平等、自由选举牧师、由城市管理教会财产、把迄今为止的教会功能交给市政当局而形成的城市自治。在一些独立自主的城市中，市政会也越来越严密地控制了事态。市政会有权决定布道士的任免和与之相关的教义，也可利用新获得的权能对城市居民进行管教和驯化。但并非所有城市和共同体都信仰路德教。路德的学说更多地以个人得救而不是共同体利益为导向，茨温利和布塞尔等宗教改革家则比较关心共同体事务。因此，在帝国南部城市中，茨温利和布塞尔享有比路德还要大的声誉。茨温利和路德后来因为圣餐教义的分歧（但不是社团神学的分歧）而分道扬镳，这一事件进一步加剧了帝国南部福音教城市与帝国北部福音教城市的隔阂。直到茨温利去世后，帝国南部城市才出现了一种受到政治推动的转向路德教的“立场转折”，并且与福音教诸侯的宗教改革有了更加密切的联系。
三、抗议宗的诞生
1521年《沃姆斯敕令》颁布后，路德派教徒一度受到严惩。1523年7月1日，安特卫普奥古斯丁修道院修士亨德里克·福斯（Hendrik Vos（Voes））和约翰·范登埃申（Johann van den Esschen）在布鲁塞尔被宗教裁判所判为异端并被处以火刑。福斯和范登埃申都是路德宗教改革的追随者，他们为了信仰的缘故甘愿受死，成为福音教最早的两位殉道者。路德闻讯后，悲愤万状，以殉教史风格，疾书《亨德里克弟兄火刑殉道》，沉痛悼念这两位信仰坚定、矢志不移的同道。
为了避免教会分裂，教皇哈德里安六世邀请鹿特丹的伊拉斯谟到罗马，想争取到这位著名的人文主义者和教会批评者的支持。他也企图通过教会自身的改革，抵消宗教改革的影响。哈德里安六世大力压缩教廷的开支，减少赎罪券买卖和教会俸禄的发放。1523年1月3日，哈德里安六世通过他的使节在纽伦贝格帝国等级会议上宣读认罪书（Schuldbekenntnis），声称上帝因为“人的，特别是牧师和主教的罪过”而让这些混乱发生。但教皇克雷芒七世继位后，一反哈德里安六世的温和政策，积极从事反宗教改革活动。1523年3月，克雷芒七世派老练的外交家洛伦佐·卡姆佩吉（Lorenzo Campeggi，1474—1539）出使神圣罗马帝国，游说皇帝卡尔五世切实推行《沃姆斯敕令》，加强镇压“异端”措施。卡尔五世因为与教皇克雷芒七世有矛盾，故而并不马上接受卡姆佩吉的建议，直到1524年1月帝国等级会议在纽伦贝格召开时，卡尔五世才从西班牙发出指令，要求立即检查《沃姆斯敕令》执行情况，务必阻止路德教义的传播，并且声称：“每个统治者务必使其臣民按照皇帝陛下的敕令行事。”而在1524年雷根斯堡会议（Regensburger Konvent）召开期间，卡姆佩吉又巧妙说服一些天主教诸侯，加强与教皇的合作。诸侯镇压普通人革命、建立“德绍同盟”等行动，都与卡姆佩吉的敦促不无关系。巴伐利亚公爵因为深受教皇的恩惠，更不遗余力地积极推行反宗教改革政策。但是，随着部分诸侯改信福音教，神圣罗马帝国的政治形势也发生了重大变化，皇帝的统治和政策也越来越受到宗教问题的掣肘了。
1526年6月，帝国等级会议在施佩耶尔召开（会期从6月25日至8月27日）。帝国总督、奥地利大公费迪南代表皇帝卡尔五世主持会议，呼吁帝国等级们援助匈牙利抵抗奥斯曼土耳其人入侵的战争。匈牙利国王拉约什二世的一位特使也提出了同样的请求。部分福音教帝国等级，尤其是黑森邦国伯爵菲利普和萨克森选侯约翰，却坚持要求首先澄清宗教政治问题，要求不受干扰地宣讲圣经，允许教士结婚，用德语礼拜，举行教徒饼酒同领的圣餐仪式，减少宗教节日等。他们还敦促皇帝和教皇召开宗教会议，进行教会改革；在此之前，各等级保留是否推行《沃姆斯敕令》的自主权。费迪南因为土耳其战争的爆发，想要得到帝国等级的财政和军事援助而不想与福音教诸侯闹翻。卡尔五世也因教皇克雷芒七世与法国国王弗朗索瓦一世缔结科尼亚克神圣同盟，撤销了不久前发布的严格执行《沃姆斯敕令》的命令，同意帝国等级或邦国诸侯各自凭良心行事。
由于对普通人革命的记忆犹新，基督教两派信仰的追随者详细讨论了起义农民在1525年向施瓦本同盟提出的《十二条款》，并且试图在政治上通过妥协道路达成谅解。许多人认为宗教分裂是导致普通人革命的一个重要原因，因此期望通过召开一个自由的和一般的宗教会议，消除爆发新的革命的隐患。会议最终通过了一项法令，其中规定，在新的大公会议召开之前，各等级有权本着对上帝和皇帝负责的精神，自行管理各自邦国内的教会，“同他们的臣民一起生活、治理和维持下去”。这就意味着《沃姆斯敕令》暂时搁浅了。除此之外，此次帝国等级会议还决定将执政府和帝国最高法院迁往施佩耶尔。作为回报，帝国等级在1526年8月27日帝国等级会议结束时，应允派出2.4万名士兵帮助匈牙利抵抗奥斯曼土耳其人的进攻。但在两天后，匈牙利国王拉约什二世阵亡于莫哈奇战役，派兵援助一事遂不了了之。
1526年施佩耶尔帝国等级会议的决定为帝国等级自由选择宗教信仰行为奠定了法律基础，也为邦国教会体制的建立和发展开辟了道路。其后，随着萨克森选侯邦教会视察的举行，许多路德教诸侯建立起了邦国教会，除了世俗权力，他们也在自己的领地内掌握了最高宗教权。
然而，天主教的势力依然十分强大，大多数教俗诸侯都坚决维护天主教信仰，要求效忠教皇和皇帝。在帝国北部有萨克森公爵格奥尔格、不伦瑞克—卡伦贝格—哥廷根公爵埃里希一世、不伦瑞克—沃尔芬比特尔公爵海因里希二世和勃兰登堡选侯约阿希姆一世；在帝国西部有美因茨、特里尔及科伦三个最有权势的大主教以及普法尔茨选侯弗里德里希二世（Friedrich II.，1482—1556）；在帝国东南部则有巴伐利亚公爵威廉四世和路德维希十世以及帝国总督、奥地利大公费迪南；费迪南在1527年8月20日为奥地利各邦国颁布了一项反对福音教“头号异端”（hauptkaetzer）路德、卡尔施塔特、茨温利、厄科拉姆帕德及其追随者的命令，印制2000余份，到处张贴。
1529年，当帝国等级会议再次在施佩耶尔召开时（会期从3月15日至4月22日），天主教帝国等级占据了多数席位。卡尔五世在与教皇克雷芒七世和解后，又开始对宗教改革持强硬反对态度，只是因为与法国国王的战事未停，没有亲自与会，而是通过其代理人帝国总督费迪南宣布如下决定，即废除1526年施佩耶尔帝国等级会议决议，因为它引起了“许多错误和误解”。路德教派虽然可以继续存在，但不允许它在其他地区排斥天主教；在天主教地区，实行《沃姆斯敕令》，即绝对禁止路德教派在其中传播。茨温利派和洗礼派均被视为非法教派。参加会议的天主教帝国等级支持皇帝的这一决定，并且凭借其人多势众的优势，在4月19日使这一决定得到了表决通过。
福音教帝国等级在4月20日提交了一份抗议书，声称在信仰问题上不可能存在多数决定，已经得到认可的决议不能被随意取消，在大公会议召开之前，帝国等级会议无权宣布某一教义为非基督教的。因为费迪南拒绝接受，该抗议书未能在帝国等级会议上公开宣读，但却以印刷品的形式付诸舆论。在抗议书上签字的有黑森邦国伯爵菲利普一世、萨克森选侯约翰、安斯巴赫马克伯爵格奥尔格、不伦瑞克—吕内堡公爵恩斯特一世和安哈尔特—科滕侯爵沃尔夫冈五位诸侯。
无视这一异义，帝国等级会议在4月24日颁布决议，规定停止一切革新，继续贯彻《沃姆斯敕令》，严禁剥夺天主教会的权力和财产，恢复已被废除的弥撒；在路德教各邦，天主教徒享有充分的宗教自由，但在天主教各邦，要严禁散布路德派、茨温利派和洗礼派的学说。除此之外，此次帝国等级会议还颁布了一项法令，从帝国法律上肯定了处死洗礼派分子的刑罚，并将这一法律的执行权授予帝国各地官厅。对于福音教帝国等级的抗议，该决议只字不提。4月25日，福音教诸侯的顾问们同14个福音教城市的全权代表聚会，起草了一份《控告书》（Instrumentum Appellationis），再次对帝国告示提出抗议，并保留向皇帝、未来的大公会议或相应的德意志民族会议进一步申诉之权。在《控告书》上签字的有黑森邦国伯爵菲利普一世、萨克森选侯约翰、安斯巴赫马克伯爵格奥尔格、不伦瑞克—吕内堡公爵恩斯特一世、不伦瑞克—吕内堡公爵弗兰茨、安哈尔特—科滕侯爵沃尔夫冈等6位诸侯，以及海尔布琅、依斯尼、肯普滕、康斯坦茨、林道、梅明根、罗伊特林根、纽伦贝格、圣加仑、施特拉斯堡、乌尔姆、威森堡（Weienburg）、温德斯海姆等14个城市的代表。福音教诸侯与城市再次联合起来，从政治上为争取福音教的合法地位进行斗争。《控告书》由一特使直接上呈皇帝。这一抗议行动通常被认为是基督教福音教正式诞生的标志。此后，天主教徒便称福音教徒为“抗议者”（Protestant，复数为Protestanten），福音教为“抗议宗”（Protestantismus）。
在这一关联中，他们拒绝向费迪南一世提供任何军事援助。西本彪根侯爵扎波利亚·亚诺什正伙同奥斯曼帝国苏丹苏莱曼一世向奥地利发起攻势；巴伐利亚公爵威廉四世及路德维希十世兄弟俩也趁火打劫，与哈布斯堡家族势不两立。
对于洗礼派，路德曾倡导过宽容，主张用《圣经》而不是用火来对待他们，充其量也只可将其首脑分子驱逐出境。但在帝国等级会议决议一出，路德便不再反对处死洗礼派分子的刑罚了，他甚至在1531年同梅兰希通一起签署了一份明确要求判处洗礼派分子死刑的鉴定。现在，路德已把洗礼派分子视为犯上作乱者和亵渎神明者了，强调国家政权有理由因为他们的叛乱行为而不是他们的错误信仰，采取强硬措施，予以坚决镇压。
四、宗教改革阵营内部的冲突
（一）路德与伊拉斯谟的决裂
对于宗教改革，人文主义者的反应比较复杂，并且随着事态的发展而不断变化。在宗教改革开始之际，大多数人文主义者都表示支持；他们钦佩路德发自内心的虔诚和不畏教皇强权的英雄气概，称赞路德有创见，是“最忠于上帝的博士”，相信路德的事业就是“上帝的事业”。但也有人，如罗伊希林从一开始就表示拒绝，抱怨路德的反教皇态度太过火了。在1520年路德与教皇决裂后，不少人文主义者脱离宗教改革运动，重新回到天主教会，有的人甚至成了路德的反对者；他们发现，福音运动所要达到的目标，远非基督教人文主义所要求的。只有一少部分人文主义者继续同情、支持和参与宗教改革。
北欧人文主义泰斗、鹿特丹的伊拉斯谟虽然主张教会改革，但反对“强硬”路线，不赞成宗教改革家激烈的言论、不宽容的独断、宿命论哲学、对世俗学术的漠视、对魔鬼和地狱的重新强调以及集中精神于个人来生得救的做法，要求远离宗派对立和仇恨、民众叛乱，保护宗教艺术。他坚持他那小心谨慎的中立立场，力争和解，避免教会的永久分裂。伊拉斯谟尤其不赞成路德根据预定论及定数论所发展出来的理论，认为它有损人的价值与尊严，会使人对自己的罪孽不负责任，从而引起道德败坏。
围绕着“自由意志”问题，路德伊与拉斯谟展开了一场激烈争论，最终导致两人关系破裂，分道扬镳。
争论始于1521年路德发表《受到罗马教皇诏书不正当谴责的马丁路德博士著所有文章的理由和原因》（assertio omnium articulorumm. Lutheri per Bullam Leonis X novissiman damnatorum）一文。在这篇文章中，路德对自由意志和理性进行了猛烈的抨击。他声称，理性只能应用于日常现实生活，在所有其他领域中，理性无非是“为恶魔效劳的妓女”，是“神的死敌”，是“一切邪恶的源头”。针对此文，也在教皇克雷芒七世的敦促下，伊拉斯谟在1524年发表《论自由意志》（De liberoarbitrio），与路德进行公开辩论，并对宗教改革家的一个核心学说提出了挑战。
伊拉斯谟从圣经中找出了若干段落，将肯定和否定人在获得或者放弃永恒救赎的自我决定方面的自由的论述，分门别类地集中在一起，作为讨论的依据。因为在圣经中反映意志自由与反映意志不自由的见证都有，并且都是受到圣灵启示的，所以伊拉斯谟认为只有一种中间立场是对的。在拯救开始和结束时，上帝的恩典是决定性的，在中间阶段，人的意愿也发挥一定的作用。人的这种自由意志不是为了限制上帝恩典的意义或怀疑它，而是为了强调人的行为对上帝的责任。上帝赋予人在好事和坏事之间进行选择的自由意志，而这种意志必须与上帝的恩典一起发挥作用。伊拉斯谟没有讲两者的共同作用，他建议人们谨慎小心，不要轻易做出评判。
伊拉斯谟坚持相对的宗教自由，既反对天主教的教条主义也反对路德教的教条主义，但在实际上他的理论有利于天主教会的救赎论，即行善得救，在实践上也帮助了以罗马教廷为中心的反对营垒对路德宗教改革运动的围剿。
1525年12月，路德发表《论意志的捆绑》（De Servo arbitrio）一文，直接回答了伊拉斯谟的抨击。在路德看来，预定论不容置疑，必须坚持到底。但这只涉及人与上帝的关系，并非否认人在日常生活中的自由选择和自理能力。路德强调人的原罪和上帝的全能，指出人的任何行为都是被预先决定好了的。他还把人的意志比作“搬运货物用的动物”，或者由魔鬼骑着或者由上帝驾驭着，走上帝之路还是走魔鬼之路，全由骑手来决定，人根本没有可能自行选择。上帝无所不能，是万事万物发生的原因；基于这种缘故，他又是人获救的决定者；人的获救，与人的行为毫无关系。上帝的爱是永恒的和不可动摇的，人得救完全取决于上帝的意志。与作为语言学家的伊拉斯谟不同，对于宗教改革家路德来说，圣经不仅仅是个文本，它还是上帝精神的体现，具有一种内在的清晰，不能按照人的世俗理性来理解。对于理性本身的能力，路德并没有完全否定。他承认人在认识和管理社会方面需要理性判断。他也指出经过修正的理性在研究神学过程中可发挥重要作用。作为神学家，他所反对的主要是理性的傲慢，是其对“启示”的僭越。
作为回答，伊拉斯谟又写了两篇题为《辩护者》（Hyperaspistes）的长篇论文，反复强调其宗教自由相对论，主张从伦理方面解释宗教，人既有自由决定归向上帝，又有必要接受恩典。对于伊拉斯谟煞费苦心的辩解，路德不再理会，仅写了一封公开信作答，偶尔也在晚餐桌上发表一些尖刻评论。他强调说，人在上帝面前是完全无能为力的，更没有任何东西值得炫耀，人应该在基督受难的十字架面前保持绝对的谦卑。人在上帝面前称义完完全全是靠着基督在十字架上的受难，靠着上帝“白白”赐予的恩典，与人的自由意志和善功完全无关。
路德著《论意志的捆绑》篇幅宏大，内涵极深，若无深厚的宗教体验，断难理解。与之不同，伊拉斯谟的主张比较合乎“常理”，因此受到福音教和天主教两方面许多人的赞同。天主教方面有教皇、皇帝、红衣主教、尤里乌斯·冯·普夫卢格（Julius von Pflug，1499—1564）、约翰内斯·格罗珀（Johannes Gropper，1503—1559）和萨克森公爵的顾问卡尔罗维特（Carlowit）等人；福音教方面有宗教改革家茨温利、厄科拉姆帕德、布塞尔和梅兰希通等人。梅兰希通甚至写作了《第一篇有系统的教徒神学之说明》一文，颇有放弃预定论之意。
实际上，路德关于意志不自由的思想具有彻底否定天主教会善功得救论的深刻含义，就宗教改革来说，这一思想至关紧要，舍此，福音教就难以与天主教彻底划清界限，也难以在天主教之外立足。伊拉斯谟强调人的理性的重要性，固然有助于张扬人的能力，突出人的责任，但对宗教改革，其潜在的危害十分巨大。一旦承认人在得救方面需要人的主动配合，天主教会的“善功得救”论就会死灰复燃。路德对自由意志的彻底否定，不仅有效地维护了宗教改革核心观念，因（唯）信称义非靠善功，而且也为创立福音教义奠定了坚实基础。若非如此，宗教改革很有可能半途而废。
（二）路德与茨温利的决裂
各派宗教改革家一致抨击天主教的弥撒教义，拒绝实体转化论，但在用《圣经》而不是用经院哲学的范畴来阐述基督教教义时，他们却对圣餐作出了不同的解说。
圣餐的设立源于耶稣与门徒共进最后晚餐。耶稣先是掰饼给门徒，说“这是我的身体”；然后又分酒给门徒，说“这是我的血”。他要求门徒将来在聚餐时吃面饼、喝红葡萄酒，以示对他的纪念。中世纪天主教会将这一圣事称为圣体礼仪；在做完弥撒后举行，由神甫向信徒分发无酵饼，并且声称这一无酵饼经过神甫祝圣已转变为圣体，信徒吃饼便是分享基督的身体，与基督融为一体，是为“圣体转化论”。但是为了区别“属灵的等级”和“属世的等级”，强**士高于一般教徒的神圣性，天主教会规定只有神职人员可饮经过祝圣的红葡萄酒，一般信徒无权领受“圣血”。
路德反对“圣体转化论”，认为它突出了神职人员的作用，贬低了基督的地位；强调了神职人员的特权，否定了一般信徒的平等。他在1520年与天主教教士进行辩论时就阐述了一种主张基督的身体和血真正存在于圣餐之中的观点。对于路德来说，基督的身体和血从一开始就真实地存在于圣餐之中，根本无需神职人员的转化，况且神职人员也没有资格进行转化。基督无所不在，无所不能，非人所能驾驭。路德的学说可被称作“圣体共在论”（Consubstantiation），或“同体论”“合质说”。
激进派宗教改革家卡尔施塔特同样反对天主教会的圣体礼仪，但又不赞成路德所说基督的血和肉真实地临在圣餐中的观点。他在1524年提出了一种带有神秘主义色彩的象征论解释，认为饼和酒仅仅是基督的肉和血的代表，教徒领圣餐时并不是在吃基督的肉，喝基督的血。茨温利的观点与卡尔施塔特有些类似，也强调圣餐只是一个“精神”盛宴，是为纪念被钉死在十字架上的耶稣基督的一次性蒙难牺牲而设的纪念会餐，是一种纪念、象征性的行动，基督并未真正临到圣餐的饼和酒里面，只在精神上发挥作用。
茨温利深受人文主义的影响，反对迷信和传奇，注重灵性与精神活动，认为基督教大都属理智的事。他也始终没有放弃政治兴趣，企图拉拢黑森和其他地方的福音教徒脱离在政治上居被动地位的维登贝格，建立一个以苏黎世为首的反对哈布斯堡王朝的沿北海和亚得里亚海国家联盟。茨温利对路德圣餐学说的否定也包含有打击路德在宗教改革运动中的领袖地位，树立自己的权威的政治意图。
路德则把茨温利视作与卡尔施塔特、闵采尔、洗礼派一样的“狂热”信仰者和“圣礼形式论者”，力图与他们划清界限。他在1528年发表《关于主晚餐的大表白》一文，再一次详细阐述了他的圣餐教义。他坚持真正临在说，认为有罪之人与上帝交流必须通过一种为信仰所领会的可感知的媒介做中介，基督就是这一中介，其位格具有不可分解的统一性，不仅以其神性而且也以其人性临在于圣餐中，即使人们不可能用空间概念来解释他的真正临在的方式。
黑森邦国伯爵菲利普一世对福音教各派因为教义分歧而相互指责深感不安，力图从中调停，以便使福音教各派能够在政治上联合起来，扩大自己的整体势力，更有效地对抗皇帝和教皇。于是他出面邀请争论各方到马尔堡进行宗教会谈，希望争论各方能够通过友好协商，消弥意见分歧，实现和解。
路德并未过多考虑政治问题，他原本不想参加这类明显带有政治意图的会谈，但碍于黑森邦国伯爵的面子，只好勉为其难。马尔堡圣餐辩论遂在1529年10月1日如期举行。
会谈地点被安排在菲利普的城堡之中。与会者都是些大名鼎鼎的宗教改革家，路德和梅兰希通代表萨克森，茨温利来自苏黎世，布塞尔来自施特拉斯堡，约翰·厄科拉姆帕德来自巴塞尔。路德和茨温利首次谋面。他根据《圣经》记载的基督在规定圣餐礼时所说的“这是我的身体”（Hocestcorpus meum）一语，强调基督的身体和血液真的存在于行圣餐礼的饼酒之中，圣餐“可以通过本身的力量使良心从罪孽中解放出来”。在圣餐的仪式中，当中的每一位基督徒都要清楚地表明自己是基督身体的一份子，彼此互为肢体。茨温利则认为所谓的est，应该被解释为一种比喻，意味着“象征”。他反对感性的东西能够传送属灵的恩典的观点，认为把饼和酒看作基督的肉和血的观点不符合健全的理智，是有法术意味的迷信，必须加以拒绝。圣礼并不是不可见的上帝借以会见堕落了的人类的手段，它主要是誓约和象征，是上帝和选民之间所立之约的标记。圣餐礼也只是一种象征的纪念仪式，只是愉快和感激地纪念基督殉道的宴会，舍此之外，别无他种能力。基督的身体在天国，只可从上帝的统一性观念出发，认为它临到在圣餐里。
路德把est置于一种与救赎信仰密切相关的语境中，认为基督的这一句话，是他代人赎罪的明证，不容有任何质疑。如若不信，上帝的称义教义就难以成立了。因此他坚决拒绝茨温利的解说。布塞尔和厄科拉姆帕德的居间调停非但无效，反而加深了路德的反感。但是路德改变了他原有的认为茨温利等人属于狂热派的印象，承认他属于福音派，只是为“另一种精神的子女”。因此，路德准备谋一种友好的解决，他将福音教的基本观点列为15条，其中14条为双方接受了，只有第15条，也就是圣餐这一条上，双方互不相让，无法达成共识，最终不欢而散。路德与茨温利在圣餐教义上的争辩最终导致福音教内部信义宗与归正宗的对立和互不调和。
施特拉斯堡宗教改革家马丁·布塞尔起初反对路德，但在阅读了《关于主晚餐的大表白》之后，发现自己原先误解了路德的思想，路德的意思不是指局部临在，与茨温利的观点并非不可调解。布塞尔因此主张使用教父的、更切合实际的语言来代替所谓真正临在的灵性解释套语，认为借此就可以消除分歧，实现福音派的大团结。
茨温利不愿把福音教领袖地位让给路德，为了掌握政治主导权，他坚持在圣餐上走一条与路德不同的道路。他不把圣礼看得像路德认为的那么重要，但也不能做出让步，如果硬要使苏黎世人成为“路德派”，那么苏黎世就根本不可能在福音教集团中充当盟主，发挥领导作用了。
马尔堡宗教会谈谈崩后，黑森邦国伯爵菲利普一世又安排神圣罗马帝国南部福音教诸侯和城市的代表于1529年10月16日在施瓦巴赫与路德会晤，但也没有达到消弭教义分歧的目的。另一方面，菲利普继续同茨温利商谈采取一种积极的新政策的可能性，最终于1530年7月30日同苏黎世结盟，11月18日又同巴塞尔结盟。但是，拉拢萨克森—弗兰肯集团参与一事暂时未有进展，在这里，路德的学说以及路德在宗教改革中的宗教领袖地位得到了更为普遍的认同，而在这种认同中，除了情感上的原因外，也有政治上的企图。无论如何，萨克森选侯是不会轻易放弃他已经拥有的在福音教诸侯集团中的准政治领袖地位的。
茨温利的政治野心不久就使他丢掉了性命。1531年5月15日，苏黎世的一群民众及其同盟票决迫使瑞士天主教各州允许他们在境内传教。在遭到拒绝后，茨温利建议一战，但其同盟宁愿采取经济封锁措施。天主教各州转而宣战。10月11日，茨温利在第二次卡佩尔战争中阵亡。路德不把茨温利的去世看作福音教的损失，反而宣称这是对异端的天罚，以及“我们的胜利”。就如1521年在沃姆斯那样，他全然不愿意为了教会的团结而放弃自己的信仰。
海因里希·布林格尔（Heinrich Bullinger，1504—1575）成为茨温利在苏黎世事业的继承者。但他避开政治，只满足于做一名模范牧师和教师，监督城里各学校，庇护逃难的福音教徒，不分教派地施舍贫穷者。他在讲道和辩论方面虽然缺乏深度和创新，但却能够比较巧妙地协调各派意见，致力于争取福音教徒的团结和联合，最终成为“归正宗”（“归正”一词意为经过改革而复归正确）或“改革派”的真正创建者。