11世纪末，在德意志皇帝的支持下成立的博洛尼亚大学被看作是西欧中世纪的第一所大学。1158年，德意志皇帝弗里德里希一世发布敕令，允许任何人自由前往西欧各地已经建立的大学学习，给予他们司法审判权的保护。为了分散西欧各地涌向博洛尼亚大学的求学者，1224年，弗里德里希二世皇帝无视教皇的反对，在那波利建立一所大学。在此后的一个多世纪，西欧一些重要的政治中心或文化中心的城市中都相继建立大学，但直到14世纪中叶，在德语地区尚没有建立一所中世纪的大学。尽管如此，德意志依然是西欧各地学者前来造访之地，帝国各地经常有经院哲学各流派的论争，科隆等城市聚集着经院哲学的大家，德意志帝国是教权和政权争辩的大平台。

14世纪20年代，教皇约翰内斯二十二世因插手德意志王位之争与路德维希四世发生公开的冲突，这个时期的著名学者奥卡姆的威廉（Wilhelm von Ockham，1288—1347）也被卷入其中。奥卡姆的威廉出生在英国一个叫奥卡姆的小镇，很早就加入法兰西斯修士会，后在牛津大学求学，因评注伦巴底的彼得撰写的《教父名言集》，抨击教会占有大量财产，提倡基督守贫等神学观点，被牛津大学的校长斥责为异端。1323年8月，奥卡姆的威廉收到阿维尼翁教廷的传讯，前往教廷为自己进行申辩。此时，教皇约翰内斯二十二世与法兰西斯修士会的切塞纳的米夏埃尔（Michaelvon Cesena，1270—1342）也针对基督守贫等教义问题进行激烈的争论，威廉因支持米夏埃尔的观点受到牵连与其一起被囚禁在阿维尼翁。1328年5月26日，奥卡姆的威廉和切塞纳的米夏埃尔以及法兰西斯修士会的修士一起逃出阿维尼翁，他们在比萨偶遇德意志皇帝路德维希四世。被约翰内斯二十二世宣布绝罚的路德维希四世立刻将这一行人置于自己的保护之下。1330年初，奥卡姆的威廉以及与他一同逃出阿维尼翁的同行者跟随路德维希四世到了慕尼黑，他长居那里直至终老。在慕尼黑，威廉撰写了很多有关教皇权限以及教权和政权关系的论著，他在《关于皇帝和教皇权力的对话》中，立场鲜明地维护皇权的权威，提倡废除枢机主教选举教皇的制度，改为由宗教会议选举教皇，反对教皇享有绝对的权力。后人用“你用剑保护我，我用笔保护你”这句话恰当地描述出了威廉与路德维希四世之间的关系。

卡尔四世登基后，布拉格成为神圣罗马帝国皇帝的首府，自14世纪下半叶之后成为政治、经济和文化的中心。1348年4月7日，卡尔四世授意在布拉格建立卡尔大学。卡尔大学是中世纪中欧地区的第一所大学，也是德语地区的第一所大学。前来求学的学生除了来自波希米亚地区，还有来自萨克森、巴伐利亚、西里西亚以及法国、英国和意大利的学生。15世纪初，这所大学就有万余名注册学子，其中来自德意志的学生占四分之三。卡尔大学完全按照巴黎大学的模式建校，建校之初就设立了神学、法学、医学和哲学四个传统的系，根据学生来自的地区将他们分为波希米亚、巴伐利亚、波兰和萨克森4个学生同乡会，每个同乡会为一票，参与学校的管理。14世纪下半叶，在波希米亚地区的德意志移民和捷克当地人的矛盾激化，这一社会矛盾也波及卡尔大学内部，在各个同乡会之间进行激烈的大辩论。辩论的内容主要是围绕着威克里夫的学说以及西方教会大分裂，其中还涉及是否承认在比萨宗教会议上选出的教皇等问题。当时还只是波希米亚国王的文茨尔四世的态度明显倾向于波希米亚学生同乡会，他于1409年1月18日在库滕贝格颁布一个敕令，其中规定波希米亚学生同乡会在卡尔大学中享有三票，其他三个同乡会仅保留了一票。《库滕贝格敕令》（Kuttenberger Dekret）颁布之后，大约千名左右讲德语的学生和教授在这年的5月被驱逐出卡尔大学，其中包括校长明斯特贝格的约翰内斯·奥托（Johannes Otto von Münsterberg，1360—1416），捷克教士扬·胡斯（Jan Hus，1369—1415）因此当上卡尔大学的校长。卡尔大学成为胡斯运动的发源地，被驱赶的大学生和教授们在约翰内斯·奥托的带领下前往莱比锡，在那里建立新的大学。1409年9月9日，莱比锡大学获得教皇亚历山大五世授予的成立证书。莱比锡大学同样分为四个学生同乡会，即：迈森同乡会；萨克森同乡会，包括来自德意志北部、西北地区、斯堪的纳维亚以及英国的学生；巴伐利亚同乡会，由来自德意志南部、西南部以及欧洲南部和东南部地区的学生构成；波兰同乡会，其中包括来自西里西亚、德意志东部和欧洲东部的学生。莱比锡大学得到迈森地区诸侯们的大力支持，图林根的侯爵、人称爱争执的弗里德里希一世（Friedrich IV. ，1370—1428）和他的兄弟威廉（Wilhelm II.，1371—1425）每年为大学提供500古尔登的赞助资金。

二、诸侯建立的大学

14世纪中叶以后，在德意志帝国境内相继建立多所大学，这些大学或是由所在地的教俗诸侯或是由城市建立的。1365年3月12日，奥地利的公爵鲁道夫四世和他的两个兄弟阿尔布雷希特三世及利奥波德三世共同决定在维也纳建立大学。1383年，巴黎大学神学系索邦学堂（Sorbonne）的著名教授和学生们经常就天主教教义进行大辩论，阿尔布雷希特三世乘机广纳人才，吸引巴黎大学不同观点的教授们到维也纳大学讲授课程，1384年再次给予维也纳大学捐赠证书，同时还设立神学院。1450年左右，在维也纳大学学习的学生约有6000余名。在西方教会大分裂期间，巴黎的索邦学堂支持阿维尼翁教廷，尽管在布拉格的卡尔大学是罗马教廷的支持者，但因远离罗马而且其讲授的课程都无法使它成为新的神学中心。行宫伯爵、选侯鲁普雷希特一世（Ruprecht I.，1309—1390）决定在海德尔堡建立一所大学，得到罗马派教皇乌尔班六世的支持。鲁普雷希特一世任命曾在巴黎大学任教，后因教会分裂被驱逐的神学家英恩的马西利乌斯（Marsilius von Inghen，1335—1396）为海德尔堡大学的首任校长。1386年10月18日，海德尔堡举行盛大的弥撒，这一天被看作是海德尔堡大学的建校日。海德尔堡大学建立后长期坚持唯名论的哲学观点，宗教改革时期这里成为新教的学术大本营。

早在850年，科隆大主教教堂就设有教会学校。1248年，多米尼克修士会的修士大阿尔贝在科隆开办修士会的研究院，他的博学吸引大批求学者前来。1260年，法兰西斯修士会也在科隆开办研究院。然而，科隆大学既不是由教会也不是由诸侯提议建立的，而是由科隆的市民议会决定筹建，获得教皇乌尔班六世的认可。1388年5月21日被确定为科隆大学的建校日。埃尔福特大学也是由市议会决定于1392年建立的。从15世纪初起，埃尔福特大学的法学系不仅讲授教会法，而且还设有民法课程，成为阿尔卑斯山以北著名的法学研究中心，有“北方博洛尼亚”的美誉，吸引很多学生慕名而来。埃尔福特大学除了有神学、法学、哲学和医学这四个传统的系以外，还设立了文学系，主要讲授古典自由七艺的课程。文艺复兴时期，在埃尔福特大学活跃着一批人文主义学者。

15世纪，在德意志还先后建立了罗斯托克大学、特里尔大学、美因茨大学、蒂宾根大学。大学是德意志人文主义者的聚集地，也为此后的宗教改革运动培养和储备了改革者。