在德国西占区逐步展开重建工作的同时，苏占区的重建也在积极进行。在进行非纳粹化、民主化改造过程中，逐渐了完成政治重建。与此同时，在军政府的组织下，苏占区也开始了社会经济重建工作。
1945年6月9日，军政府在第5号法令中，将已根据《波茨坦协议》对版图作出相应调整的占领区划分为五个部分，即梅克伦堡、萨克森、图林根三个州和勃兰登堡、萨克森安尔哈特两个省（原普鲁士州的地方行政单位称为“省”），并决定在这些地方建立军政府的分支机构。军政府还起用德国人组建临时的地方管理机构，甚至还任命了这些管理机构的“主席”“副主席”。这些临时性的地方机构后来就逐渐发展为各地方政府。1947年2月25日，盟国管制委员会通过第25号令，决定撤销普鲁士州。6月21日，苏联军政府根据这一命令颁布军政府第180号令，宣布改勃兰登堡和萨克森安尔哈特省为州，赋予它们和苏占区其他三州一样的权力和地位。
英美双占区成立后，苏联开始加强苏占区各州和省之间的联系，促进占领区机构的中央集权化。1945年9月13日，苏联军政府发布命令，决定在军政府之下设立交通等11个中央管理局，对全占领区内的经济、社会事务进行统一管理。1945年11月，苏联军政府在和苏占区德国中央和地方管理机构负责人谈话时曾明确指出，准备让这些机构参与占领区的经济计划与管制。但是，由于战后的经济困难，军政府实际上一直未能将地方管理机构纳入全占领区统一的经济管理之中。直到英美双占区成立之后，苏联军政府才在1947年2月决定“讨论各州政府、省政府和工业、原材料、能源、贸易等中央管理机构之间的合作问题”。三个月后，军政府正式决定，中央管理机构在执行相关命令时要将各地方纳入考虑之中，这就为苏占区各州的中央集权化铺平了道路。1952年时，民主德国取消了五个州一级的国家机构，进一步加强了中央对地方的政治控制。
苏占区是战前德国的东部农业地区，工业尤其是基础工业相对不够发达。1936年，苏占区各工业产值占全德的比重为：机械制造31%，造纸及印刷32%，纺织37%，而钢铁和煤炭则分别只占6%和2%。二战末期，在盟军的狂轰滥炸和苏军强大的地面攻势之下，苏占区经济遭到了严重的破坏。二战之后，由于苏联企图通过赔偿来削弱德国并恢复本国经济，苏占区被迫要向苏联支付比其他占领区更多的赔偿。这些不利因素给战后苏占区的经济和社会重建带来了巨大的困难。
为了加强对苏占区的经济管理，清除纳粹经济的余孽，苏联军政府在占领区实行了一系列经济改革措施。1945年7月23日，苏联军政府下令没收占领区的银行，并授权德国地方管理机构组建新的信贷机构。军政府还授权地方管理机构依法接管部分德国企业和进行土地改革。以萨克森-安尔哈特为例，1945年6月该省共有1861个企业被没收，其中1002个被改组为省政府所有的国营企业。9月，该省地方政府又下令，凡超过100公顷的土地将一律没收分给无地或少地的农民。此外，苏联军政府还将200个重要的大企业直接接管在自己手中，并设立13个苏联控股公司进行管理。到1947年时，国营企业和苏联控股公司共占苏占区工业生产总值的56%，1949年时则高达69%，而且集中在能源、煤炭、机械制造、纺织等关键行业。苏占区企业的公有化为这些企业将来转交民主德国政府所有奠定了基础。
由于苏占区经济恢复缓慢，1946年8月，苏占区经济财政管理局局长、统一社会党成员布鲁诺·洛伊施纳（Bruno Leuschner，1910—1965）明确要求为苏占区制定统一的经济发展计划。英美双占区成立后，苏联也希望加强对苏占区经济的控制。在统一社会党和苏联军政府的推动下，来自各州和省的经济部门负责人和相关中央管理部门负责人在1947年2月召开会议，专门就统一苏占区经济计划问题展开讨论。以这次讨论为基础，苏联军政府于1947年6月4日公布第138号令，宣布由苏占区工业管理局等五个中央管理部门领导人组成德国经济委员会（Deutsche Wirtschaftskommission），全面审查占领区的经济发展计划并充当各州之间的协调人。军政府还将苏占区自由德意志工会（Freier Deutscher Gewerkschaftsbund）和农民互助联合会（Vereinigung dergegenseitigen Bauernhilfe）也划归经济委员会直接管理。
在西方紧锣密鼓的筹建西德国家之时，苏联军政府也决定加快东德国家的重建。1948年2月12日，军政府下令从组织上加强德国经济委员会，同时经济委员对苏占区境内所有具有国家机关性质的德国机构进行指导和监督，尤其是协调各中央经济管理局的工作。3月8日，这些负责经济事务的苏占区中央管理局正式转变为经济委员会之下的“部”（Hauptverwaltung）。4月14日，经济委员会向军政府报告说，他们已做好准备“为整个苏占区负责”。23日，军政府颁布法令，将各州所有的大型国营企业转交占领区所有，并按行业成立中央国营企业联合会，对其进行领导。剩下的国营企业也将统一划归州国营企业联合会领导。到1948年6月15日，共成立了75个中央国营企业联合会，涵盖1764个单个企业约50万名职工。在2800个国营企业中，有1800个完全脱离了各州的管辖。同时，经济委员会还下令各州政府新建八个部门，并对其中四个与经济相关的部门给予直接领导。此后不久，经济委员会又先后将信贷和科研部门置于自己的监督之下。1948年11月27日，苏联军政府又下令扩大经济委员会代表性，吸收政党和群众组织参加，人数由36名提高到101名。在经济委员会组建和发展的过程中，德国统一社会党一直保持着在这一机构中的绝对优势地位，甚至将委员会看成是自己的执行机构。
1948年，苏占区制定了两年经济计划，规定生产水平达到1936年的81%，工资提高12%—15%。1949年初，经济委员会又制定了更为详细的经济发展方案。之后，委员会陆续将农业、铁路、商业等置于自己的管理和监督之下。随着经济委员会权力的不断扩大，苏占区逐渐形成了高度集中的斯大林经济模式。而经济委员会也成为了后来东德国家机关的雏形。
在苏占区政治经济权力不断集中的过程中，重建的苏占区各社会团体也逐渐丧失了自己的独立性。1945年6月10日，苏联军政府颁布第2号令，允许反法西斯社会团体在占领当局的严格监督下实现重建。根据这一命令，一系列苏占区社会团体，如自由工会联合会、农民互助联合会、自由德国青年联盟（die Freie Deutsche Jugend）等先后成立。不过，随着高度集中的斯大林政治经济模式的形成，这些社会组织也难逃被纳入到这一模式的命运。
以苏占区自由工会为例。战前，德国存在多种工会组织，力量分散。这是工人阶级未能在1933年阻止纳粹上台的重要原因。二战结束后，苏占区工会也和西占区工会一样，经历了一个自下而上的重建过程。1945年6月15日，大柏林自由工会召开“预备工会委员会会议”，明确提出反纳粹主义和军国主义、恢复雇员的共决权、对劳动者进行再教育等任务。7月8日和8月7日，萨克森州和勃兰登堡省的工人代表和工人政党代表也相继召开了筹备工会重建的会议。1946年2月9—11日，自由工会召开第一次代表大会，并选举出了45人组成的苏占区区理事会。不过，自由工会内部斗争激烈，德共和社民党都在争夺对工会的控制权。
1947年4月，自由工会召开第二次代表大会。会上，柏林社民党代表要求按照德国传统保持自由工会的独立性，反对参与政治。而统一社会党代表则表示，自由工会必须与国家保持密切联系，必须成为未来德国国家政权的参与者和支持者。在苏联和统一社会党的强大压力下，大会通过了瓦尔特·乌布利希提出的以计划经济体制为核心的纲领，并选举了自由工会的全国领导机构。正是在这次大会上，自由工会被置于了统一社会党的绝对控制之下。
自由工会重建后，也曾一度主张在苏占区企业中恢复德国传统的企业代表会制。然而，随着1947年后苏占区经济的中央集权化和企业改组的展开，企业代表会的存在也逐渐失去了意义。自由工会第二次代表大会召开后决定解散企业代表会，其职能由企业领导机构（BLG）接管。国营企业联合会建立后，基层企业职员和工人在企业中的共决权被进一步缩小，只是在企业领导层还象征性地保留着职工代表。
与自由工会类似，苏占区其他主要社会团体也都被统一社会党吸纳进入“反法西斯同盟”，受到了严格监督和控制。社会团体独立性的丧失和共决制的取消，是苏占区走向苏联斯大林模式的一个重要内容。
二、德意志民主共和国的成立
为了对西方筹建西德国家的举动进行反击，苏联加快了东德国家重建的步伐。不过，苏联在筹建东德时，“并没有完全放弃让他们统一的政策。在1949—1950年，他们在德国问题上的宣传基调是统一与正义的和平。这一口号被人们解释为，为了建立一个中央集权的德国国家，不惜撤退占领军”。
1948年3月17和18日，即1848年革命100周年之际，苏占区在柏林召开第二届德国人民代表大会，讨论德国统一和在德国实现全面和平的问题。大会选出了由400人组成的“德国人民委员会”（Deutsche Volkskomitee），作为临时常设代表机构。10月22日，“德国人民委员会”通过统一社会党提出的德意志民主共和国宪法草案。
1949年3月4日，苏占区“德国人民委员会”主席团听取了制宪委员会提出的宪法报告。3月18—19日，“德国人民委员会”第六次会议在柏林通过了宪法草案，并决定提交第三届德国人民代表大会批准。3月19日，德国人民委员会主席团主席威廉·皮克致函波恩的议会委员会和法兰克福的西占区经济委员会，建议于4月8日召开联席会议，讨论“实现德国统一的方式和手段，讨论早日达成和约与撤出占领军”。但是，这一建议却遭到西方盟国和西德的拒绝。4月20日，威廉·皮克再次向苏占区选民呼吁在德国实现统一与正义的和平。两天之后，西占区三国军事长官发表联合声明，指责苏占区即将举行的选举是不公正的，因为这些选举的“目的是为了使德国沦为共产党的统治”。5月12日，西占区通过了议会委员会制定的《基本法》，并公布了《占领法规》。
为了反击西方，苏占区根据“德国人民委员会”的建议，于1949年5月15—16日举行第三届德国人民代表大会的选举。苏占区参加选举人数12887234人，占选民人数95.2%。5月29—30日，当四国外长在巴黎开会继续讨论德国重新统一问题时，第三届德国人民代表大会在苏占区柏林国家歌剧院召开，共有2088名代表到会。大会批准了3月19日经人民委员会通过的宪法，宣布德国为不可分割的民主共和国。会议发表一项宣言，呼吁以《雅尔塔协议》和《波茨坦协定》为基础缔结和约，通过建立全德临时政府实现德国统一，废除占领区在贸易、货币和运输方面的壁垒。大会还选举出了一个由400名委员组成的新的德国人民委员会，并要求派遣一个代表团列席巴黎外长会议，以便宣示自己的合法地位。提名的列席人选中包括统一社会党领导人威廉·皮克和奥托·格罗提涅。这一建议当然也遭到西方三国外长的拒绝。
1949年9月21日德意志联邦共和国成立后，苏联政府于10月1日照会美英法三国政府，谴责三国占领当局分裂德国的一连串步骤违背了《波茨坦协定》，而西德政府的成立，则“更是美英法三国政府三年来奉行的分裂德国政策之新的更广泛的表现”。苏联在照会中再次呼吁早日实现德国统一，认为波恩分裂政府“在德国造成了新的情况，这使得实现下列任务特别重要，即恢复德国的统一，使之成为一个民主与和平的国家，并保证德国履行四国波茨坦协定所加诸它的义务”。
1949年10月7日，“德国人民委员会”作为德国最高权力机关在柏林举行全体会议，一致通过“成立临时议院与组织德意志民主共和国临时政府”的决议，宣布自身为临时人民议院，行使最高立法机关和监督政府的职权。临时人民议院决议在当天成立德意志民主共和国，宣布第三届德国人民代表大会所通过的宪法生效。四天后，临时人民议院授权德国统一社会党的奥托·格罗提涅组织政府，并和州联合议院一起选举威廉·皮克为德意志民主共和国总统。当天，苏联政府就德意志民主共和国成立一事通知临时人民议院主席团和格罗提涅，宣布“苏联政府准备将以前属于苏联军政府的行政权移交给德意志民主共和国临时政府”，同时宣布成立苏联管制委员会代替苏联军政府。
1949年10月12日，格罗提握接受皮克委托组阁，内阁成员包括副总理3人、部长14人。各党派参加组阁的比例为：德国统一社会党8人、基督教民主联盟4人、自由民主党3人、农民民主党1人、德国民族民主党1人和无党派人士1名。担任第一副总理的是兼任统一社会党中央第一书记的瓦尔特·乌布利希。
1949年，德意志联邦共和国和德意志民主共和国在德国的领土上相继成立，并分别被置于西方三国和苏联的监督之下。美苏两国在易北河两侧的德国领土上布下重兵，将两国边界变成了东西方对抗的前沿阵地。超级大国的对德政策不仅加重了德国人民的苦难，也大大加深了欧洲的冷战与分裂。