法国革命战争，特别是拿破仑战争给其东邻德意志造成了巨大冲击。从普法《巴塞尔和约》、奥法《坎波福米奥和约》到《吕内维尔和约》，战败的两大德意志邦国不得不把莱茵河西岸地区割让给法国。根据1801年《吕内维也和约》，德皇不仅确认将莱茵河西岸地区割让给法国（第六款） ，而且允诺那些因此丧失领地或丧失部分领地的受损帝国阶层在莱茵河东岸地区获得补偿。不过，《吕内维尔和约》并没有将受到影响的帝国骑士包括在受补偿的范围内。面对这一变动，科隆选帝侯、特里尔选帝侯、普法尔茨-巴伐利亚选帝侯、拿骚-乌辛根和拿骚魏尔堡等诸侯受到特别大的影响。其必然后果是，德意志诸邦要在领土方面重新调整，并且将相关调整以法律形式确定下来。

但是，法俄两国想根据自己的意志来安排德意志的新秩序。早在1801年10月，拿破仑与亚历山大一世就达成秘密约定，共同影响德意志新秩序的建立。拿破仑的目标很明确，那就是“在德国创立一支除奥地利和普鲁士之外的依附于巴黎的第三力量”。而沙皇也非常乐意看到与其有血缘关系的符滕堡等西南德诸侯的力量得到加强。

帝国诸侯也纷纷讨好法国，以期在帝国重构中获得尽可能多的好处。在法国长大并且曾在法国军队中服役的巴伐利亚选帝侯马克西米连一世·约瑟夫（MaximilianⅠJoseph，1756—1825）和大臣蒙特格拉斯（Maximilian von Montgelas，1759—1838）完全按照法国的旨意办事，分别于1801年8月和1802年5月与法国签订了和平友好条约以及领土交换与补偿协议。符滕堡、巴登等也紧紧投靠法国，希望以此扩大自己的利益。甚至美因茨选帝侯、大主教卡尔·提奥多尔·冯·达尔贝格（Karl Theodor von Dalberg，1744—1817）也倒向法国，以期在美因茨并入法国后，能够保住选帝侯的位置，并尽可能多地获得补偿。至于普鲁士，弗里德里希·威廉三世则派卢歇西尼（Girolamo Lucchesini，1751—1825）前往法国，争取在帝国内的领土重组中得到最有利的结果。一时间，德意志王侯云集巴黎。法国外交大臣塔列朗收受贿赂总计达1000万到1500万法郎。

奥地利自然不愿看到德意志各邦只顾自身利益的做法。科本茨尔原本想各邦联合起来对法国施压，却因各邦有自己的盘算而落空。1802年6月3日，法国和俄国邀请帝国议会批准在巴黎制定的补偿计划。为了表达自己的不满，奥地利一怒之下占领了原准备给巴伐利亚的帕骚，最后又因各诸侯的一致抗议而不得不退出所占地区并接受法国的调停。

在上述诸种因素的纠缠之中，雷根斯堡帝国议会于1802年8月24日召开特别帝国代表会议，讨论帝国范围内的领地调整和补偿问题。美因茨、波希米亚、勃兰登堡、萨克森、巴伐利亚、符滕堡、黑森-卡塞尔等诸侯和德意志骑士团团长参加了会议。11月23日，会议基本接受了法俄计划，并于1803年2月25日通过了《帝国代表会议总决议》（Reichsdeputationshauptschluβ）。3月24日，帝国议会批准了该决议。4月27日，总决议经过皇帝批准生效。

根据《帝国代表会议总决议》，帝国内的领土调整和补偿主要通过较小的帝国直属领地归并和教会地产还俗两种途径来实现。从帝国直属领地归并来看，它大大减少了帝国等级的数量。112个帝国等级因此在地图上消失。其中，教会诸侯只剩下帝国代表会议的代表美因茨选帝侯和德意志骑士团长。帝国自由市中只剩下汉堡、不来梅、吕卑克、美因河畔法兰克福、奥格斯堡和纽伦堡等六个城市仍保持着直属于帝国的关系，其他皆被诸侯兼并。

帝国境内各邦的领土构成也出现了重大变化。普鲁士、巴伐利亚、符滕堡、巴登和黑森达姆施塔特等一些大中邦国获利最大。根据总决议，巴伐利亚虽然失去了普法尔茨，却得到了法兰克尼亚和士瓦本的大片地区，包括维尔茨堡、班贝格、奥格斯堡、弗莱辛、帕骚等；符滕堡得到士瓦本地区大部分小邦的领土；巴登得到康斯坦茨主教区以及巴塞尔、斯特拉斯堡和施佩耶尔等主教区在莱茵河东岸的领土，同时还得到了曼海姆、海德贝格等普法尔茨地区；普鲁士虽然退出了汉诺威等地，却得到了希尔德斯海姆、帕德博恩、闵斯特的一部分、美因茨选帝侯在图林根的地产、帝国城市米尔豪森、诺德豪森、戈斯拉尔以及教会领地奎德林堡、埃尔滕、埃森、韦尔登和卡彭贝格等地。

奥地利在领土问题上没有捞到什么好处。它放弃了莱茵河东岸的奥尔特瑙，却只得到了特兰托和布里克森两个主教区。此外，来自哈布斯堡家族的莫德纳公爵得到了布莱斯高，托斯卡纳大公得到了包括贝尔希特斯加登、帕骚和艾希施泰特主教区在内的萨尔茨堡大主教区。

教会地产还俗给德意志天主教会势力以沉重打击。包括特里尔、科隆等大主教选帝侯国在内的许多教会邦国被取消，大量修道院和教会领地被世俗邦国吞并。美因茨大主教选帝侯国是一个例外。虽然丢掉了美因茨，大主教达尔贝格却通过活动，把领地转到了美因河畔的阿沙芬堡，还得到了帝国城市维茨拉尔和雷根斯堡主教区，以帝国大宰相和德意志总主教的身份将雷根斯堡变成了自己的驻地。

《帝国代表会议总决议》是旧帝国时期最后一部重要法律。这一决议对于古老的神圣罗马帝国的命运以及整个德意志历史的发展都产生了极其重大的影响。

《帝国代表会议总决议》的实施对帝国的团结造成了毁灭性的打击。帝国直属领地归并和教会地产还俗彻底改变了帝国原有的政治结构。大量教会诸侯和一直是帝国坚定支持者的帝国城市、帝国骑士等下层帝国阶层的消失，大大削弱了维持帝国存在的根基。世俗诸侯由于占有教会地产和并吞帝国城市而实力大增，我行我素的意识进一步增强。

领土构成的变化导致了帝国内部力量结构的改变。在这一次领土调整和补偿中，普鲁士在失去2000平方公里土地和14万人口的同时，却获得了1.2万平方公里和60万人口的补偿。巴伐利亚在失去1万平方公里土地和60万人口的同时，则获得了1.4万平方公里土地和85万人口的补偿。巴登则以450平方公里和3万人口损失换得了2000平方公里和24万人口。符滕堡虽然失去了400平方公里土地和3万人口，却获得了1500平方公里和12万人口的补偿。由于上述变化，在德意志形成了消长各异的三支力量：普鲁士大大加强了在德意志西北部的力量，由此形成了在德意志北部的优势地位。拥有帝国皇帝名义的奥地利却由于失去了南德地区的大量领地，对德意志事务的影响力受到削弱。处于法国影响力之下的巴登、符滕堡、巴伐利亚等南德中等邦国，力量则得到加强，成为角逐德意志的第三力量。

帝国范围内的领土调整和补偿也给帝国宪政构成带来了重大变化。由于莱茵河西岸领土的丧失和教会地产还俗，大量教会诸侯消失，原先天主教势力居于支配地位的帝国议会诸侯院出现了新教诸侯占多数的情况，新教诸侯与天主教诸侯之比为78：53。由于科隆、特里尔两个教会选帝侯邦被废除，符滕堡、巴登、黑森卡塞尔和萨尔茨堡等世俗邦上升为选帝侯邦，选侯院中也出现了4个天主教选帝侯对6个新教选帝侯的状况。天主教的哈布斯堡皇室在帝国议会中成了信仰上的少数派。

《帝国代表会议总决议》的实施在一定程度上实现了拿破仑削弱其德意志强邻的意图。巴登、巴伐利亚和符滕堡等中等邦国由于力量壮大，独立性更强，成为日后对抗代表德意志皇权的奥地利和另一德意志大邦普鲁士的难缠对手。与此同时，对于法国而言，它们的力量又太小，不至于构成实质性威胁。

从历史发展的角度看，《帝国代表会议总决议》对德意志也有一些进步性影响。小邦数量的减少和教会地产世俗化在一定程度上弱化了中世纪以来德意志的分裂局面。奠基于古老封建制原则上的神圣罗马帝国的衰落有利于德意志在新的近代民族国家原则之上重塑新的统一民族国家。

二、莱茵邦联的建立和旧帝国的终结

法奥签订《吕内维尔和约》和1803年《帝国代表会议总决议》的实施，使德意志形势发生了深刻变化。由于众多的帝国骑士领地、教会领地和帝国城市在领地并归和世俗化进程中消失，古老的神圣罗马帝国失去了它的最有力的支持者。在维也纳，人们预见到旧的帝国死期已近，德皇弗兰茨二世赶忙加称奥地利皇帝弗兰茨一世，以免旧帝国终结后丧失皇帝的头衔。

巴登、符滕堡和巴伐利亚等南德诸邦由于获利颇丰而进一步向法国靠拢。在第三次联盟战争中，南德诸邦干脆与拿破仑结成联盟对抗英、奥、俄组成的反法联盟。随着拿破仑在军事上的胜利和法奥两国《普雷斯堡和约》的签订，南德诸邦与法国的关系进一步加强，与帝国的关系则愈加疏远。在拿破仑的压力下，德皇被迫提升巴伐利亚和符滕堡为王国，将巴登、黑森达姆施塔特、贝格提升为大公国。

南德诸邦还通过联姻等方式进一步加强与拿破仑的关系。前者希望借此在旧帝国的瓦解过程中获得更多的利益，后者则希望以此确立自己统治的正统性。相关联姻包括：拿破仑弟弟热罗姆与符滕堡国王弗里德里希一世（FriedrichⅠWilhelm Karlvon Württemberg，1754—1816；1797—1806年符滕堡公爵；1806—1816年符滕堡国王）之女卡塔琳娜（Katharina von Württemberg，1783—1835）的婚姻；巴登大公卡尔·路德维希（Karl Ludwig von Baden，1755—1801）和黑森达姆施塔特公主阿玛利亚（Amalievon Hessen-Darmstadt，1754—1832）之子卡尔·路德维希·弗里德里希（Karl Ludwig Friedrich von Baden，1786—1818）与拿破仑之妻约瑟芬（Joséphine de Beauharnais，1763—1814）第一次婚姻之女斯特凡妮（Stéphanie Napoléon；Stéphanie Louise Adrienne de Beauharnais，1789—1860）的婚姻；巴伐利亚国王马克西米连一世长女奥古斯塔·阿玛利亚·卢多维卡（Auguste Amalia Ludovika von Bayern，1788—1851）与法国皇后约瑟芬第一次婚姻长子欧仁罗斯·德·博阿尔内（Eugène-Rose de Beauharnais，1781—1824）的婚姻等。南德诸邦与拿破仑帝国的关系由此更加密切。作为帝国大宰相和德意志总主教的达尔贝格为了巴结法国皇帝，也在1806年5月选择拿破仑的舅舅、红衣主教约瑟夫·费施（Joseph Fesch，1763—1839）为自己的助理。

拿破仑的一个重要目标是，加强南德诸邦乃至所有德意志中等邦国的力量，使之依附于法国，对抗普鲁士和奥地利这两个德意志大邦。因此，在打败第三次反法联盟之后，拿破仑恩威并施，于1806年1月向德意志中等邦国的首脑们施压，建议他们成立一个在他保护下的新邦联，联合起来捍卫自己的主权。为此，这一新的邦联需要制订宪法，规定邦联成员的权利和义务。但是拿破仑的这一建议遭到符滕堡和巴伐利亚的抵制。它们认为，这样一种宪法会使自己刚刚获得的主权受到削弱，较之旧的帝国宪法更糟。符滕堡国王弗里德里希一世明确宣布：“这是对我政治生命的致命打击。”蒙特格拉斯也表示，巴伐利亚只愿缔结临时性的联盟。但最终南德诸邦因不敢与拿破仑决裂而屈服。

1806年7月12日和16日，16个德意志诸侯的全权代表在巴黎与法国外交大臣塔列朗签署《莱茵邦联文件》（Rheinbundakte；Rheinische Konfderations-Akte；Konfderations-Akte der rheinischen Bundes-Staaten） ，宣布脱离德意志帝国，在法国皇帝保护下组成“莱茵邦联”，并与法国结成军事联盟。邦联的共同利益由设在法兰克福的邦联议会处理，邦联大会主席由总主教达尔贝格担任。文件还明确规定了各邦在欧洲大陆发生战争时向法国提供兵员的数额：巴伐利亚提供3万人，符滕堡提供1.2万人，巴登提供8000人，贝格提供5000人，达姆施塔特提供4000人，其他成员提供总计4000人。此后，由于拿破仑在第四次联盟战争中的胜利和普鲁士的崩溃，莱茵邦联进一步得到扩大，中德和北德的一些邦国也加入进来。到1808年，莱茵邦联已经拥有4个王国、5个大公国、13个公国、17个侯国。

在建立莱茵邦联的过程中，拿破仑赏罚分明。达尔贝格由于积极支持和推进建立这一联盟而受到奖赏，获得了法兰克福；巴伐利亚获得了奥格斯堡和纽伦堡；拿骚等邦升格为公国；一些小邦君主，如仅拥有4000臣民的莱恩伯爵，则因为是达尔贝格侄儿，升格为侯爵，其义务是，在战时要提供29名士兵。一些没有加入莱茵邦联的小邦，如施瓦岑贝格、考尼茨等，则被并入了较大的邦国，沦为附庸。

面对各诸侯违反帝国宪法、解除对帝国的义务的举动，作为皇帝的弗兰茨二世无能为力，只能听之任之。接下来就是如何清除旧帝国的残迹了。1806年8月1日，派驻雷根斯堡帝国议会的莱茵邦联成员发表正式声明，宣布退出帝国。拿破仑则向雷根斯堡帝国议会发出最后通牒，宣布不再承认德意志帝国。同日，帝国议会宣布自行解散。8月6日，弗兰茨二世放弃神圣罗马帝国皇帝称号，同时宣布解除所有帝国等级对于帝国所承担的义务。古老的神圣罗马帝国终于结束了它的历史篇章。

有一点是肯定的，德意志民族的神圣罗马帝国的衰亡是一个历史的发展过程。早在16世纪，宗教改革导致的信仰分裂就已经撕裂了这一古老的帝国，新教诸侯与皇帝为代表的天主教势力之间出现了长期而无法调和的斗争。帝国的分裂又为外部势力的介入创造了条件。1618—1648年的三十年战争既是一场宗教信仰战争，也是一场争霸欧洲的战争，法国、瑞典等国通过介入德国内战，进一步打击了曾经在欧洲大陆雄霸一时的旧帝国。这一场战争的结果通过《威斯特伐利亚和约》确定下来，帝国的统一遭到了前所未有的重创。从内部看，整个帝国被碎化成了300多个独立的邦国；就外部而言，法国和瑞典不仅割占了帝国的大片土地，而且有权介入帝国事务，从而使帝国问题出现了“国际化”的倾向。18世纪，帝国政治的运行呈现二元主义结构特征，哈布斯堡皇室所在的奥地利和霍亨索伦王室所在的普鲁士之间为争霸德意志和欧洲征战不休。所幸的是，尽管皇权继续衰微，内争不断，整个帝国尚能够在宪法范围内运行。

18世纪末19世纪初的反法联盟战争对于帝国的最后崩塌起了决定性作用。在这一过程中，帝国的瓦解进程清晰地存在三个阶段。首先是普鲁士背叛帝国。在第一次联盟战争中，普鲁士不顾帝国的整体利益，单独与法国媾和，签订《巴塞尔和约》，由此带来的是普鲁士对法国占领其莱茵河西岸领地的确认和北德意志地区的中立。普鲁士的举动违反了帝国宪法，破坏了帝国的团结，对帝国的负面影响不亚于日后莱茵邦联的建立。

第二个阶段是帝国政治结构的改变。在1797年10月的《坎波福米奥和约》和1801年2月的《吕内维尔和约》中，德皇不仅答应向法国割让莱茵河西岸德意志地区，而且允诺相关诸侯的损失将在莱茵河东岸地区得到补偿。于是，在普鲁士背叛帝国宪法后，另一个德意志大邦奥地利也违背了帝国宪法。这意味着旧的帝国宪法已经丧失了它的权威。1803年《帝国代表会议总决议》则使帝国宪法的修改成为现实，它实现了法国提出的莱茵河西岸割让给法国、失去领地诸侯在莱茵河东岸地区获得补偿、帝国直属领地归并和教会地产还俗等一系列要求，使帝国政治结构发生了巨大变化，帝国内部支持皇权的力量受到严重削弱。

第三个阶段是帝国宪法的破灭。这主要表现在三个方面：一是1805年第三次联盟战争爆发后，除了普鲁士置身事外，南德的巴伐利亚、巴登和符滕堡竟然与法国结成联盟，站在外国势力一边直接与皇帝作战；二是普鲁士在战争期间与法国签订《舍恩布伦条约》，擅自割让莱茵河东岸地区给法国；三是《普雷斯堡和约》规定巴伐利亚、巴登和符滕堡等获得完全主权。所有这一切意味着帝国的整体性以及维系帝国的宪法已经遭到彻底破坏，帝国已经分崩离析。

因此，1806年南德、西德诸邦建立莱茵邦联和宣布脱离帝国，只不过是给已经名存实亡的帝国做了一纸形式上的终结宣判而已。