虽然第一次反法联盟已经崩溃，但是英国不愿看到法国在欧洲称霸，仍然坚持对法战争，并积极策划第二次反法联盟。法国督政府也面临如何对付英国的问题。根据拿破仑的建议，督政府决定通过占领埃及，进攻印度，从东方打击英国，迫使英求和。在德意志，《坎波福米奥和约》的后续影响也开始发酵。一方面，德意志中小诸侯对普奥两大邦国出卖德意志利益的行为极为不满，同时也为失去莱茵河西岸后的补偿问题争执不休；另一方面，奥地利对法国的漫天要价心有不甘，准备寻找时机复仇，从而为新的战争埋下了伏笔。
一、第二次联盟战争与《吕内维内和约》
1798年3月，为了打击英国，法国督政府任命拿破仑为远征军司令。5月，拿破仑率军从土伦出发，渡海远征埃及，6月占领地中海上的马耳他岛，7月占领亚历山大和开罗。法军远征埃及，不仅促使英国小皮特（William Pitt der Jüngere，1759—1806）政府积极组建新的反法联盟，阻止法国的扩张，而且使俄国的态度发生重大变化。作为马耳他骑士团保护者的沙皇保罗一世对拿破仑占领马耳他岛非常不满，与此同时，保罗一世原本就对法国革命就抱有敌视态度，所有这些因素都成了俄国决心卷入对法战争的动力。
在德意志，形势的发展也促使奥地利再次走上对法战争之路。1797年12月，帝国和平会议在拉施塔特召开，会议旨在以整个帝国为一方，以法国为另一方，进行媾和谈判。面对法国的武力威胁，1798年3月9日，帝国同意完全放弃莱茵河西岸地区。但是在莱茵河西岸土地割让给法国以后产生的领土、财政问题以及补偿问题上，会议出现了久拖不决的讨论。奥地利也故意拖延，掌握维也纳实际领导权的图古特希望在时机成熟时开始新的对法战争。此外，法国于1798年3月进入瑞士，建立了海尔维第共和国（Helvetische Republik） ，此后又占领了罗马，在那里也建立了共和国。所有这些都使奥地利感到极大的威胁，确认对法战争不可避免。普鲁士的反应则相对平静。1797年9月16日，弗里德里希·威廉二世去世，11月16日，严肃刻板、谨小慎微的弗里德里希·威廉三世（Friedrich WilhelmⅢ，1770—1840，1797—1840年在位）登上王位。英国原本希望普鲁士也能参加新的反法联盟，但弗里德里希·威廉三世不为所动。掌握普鲁士政策的哈登贝格和担任外交大臣的豪格维茨（Christian August Heinrich Kurt Graf von Haugwitz，1752—1831）也主张和平的中立路线，以便使普鲁士从欧洲的纠结中脱身出来。
法国在欧洲和埃及取得的快速进展也引发欧洲各国的恐慌，它们决定联合起来，把法国赶回1792年以前的疆界内。1798年底，英国、俄国、奥地利、奥斯曼帝国、葡萄牙、那不勒斯等国组成第二次反法联盟（Zweite Koalition gegen Frankreich）。接着，6万名俄军在苏沃洛夫（Alex and er Wasilijewitsch Graf Suworow，1729—1800）率领下向西运动，准备对法开战。
法国经过一段时间的停战休整，也已做好了新的战争准备。1799年3月1日，当拉施塔特和平会议还在继续进行之时，法国即向俄国和奥地利宣战，并且派兵越过莱茵河，进入南德地区。但是在3月下旬，卡尔大公率领的奥军分别在奥斯特拉赫和施托卡赫战役中打败茹尔当的法军，迫使其退回莱茵河西岸。4月中旬，拉施塔特会议在激烈的争论中无果而终，4月28日夜，参加会议的三名法国代表在回归途中遭到匈牙利轻骑兵的袭击，两死一伤，文件和物品等被抢。
战争之初，反法联盟凭借其优势兵力从意大利北部、瑞士和德国西南部大举进攻法军，且取得辉煌成果。在德意志，卡尔大公先把茹尔当率领的法军赶回莱茵河西岸，转而进入瑞士，于6月上旬在苏黎世附近打败了法国将军马塞纳（AndréMasséna，1758—1817）的军队，即所谓的第一次苏黎世战役（Erste Schlacht von Zürich）。在意大利，苏沃洛夫率领的俄军连续攻占卡萨诺、米兰等地，在特雷比亚河、诺维等战役中屡败法军，到1799年底，法国人已经被完全赶出了上意大利地区。苏沃洛夫随即率军进入瑞士，准备与那里的俄军及奥军会合。在北部战场，约克公爵指挥的一支英俄联军于8月底攻入荷兰，击败法军，控制了荷兰北部。一时间，法国周边新建的附属共和国在反法联军打击下纷纷瓦解崩溃，战争面临进入法国境内的危险。由于形势对反法联盟有利，原想保持中立的巴伐利亚和符滕堡也加入到反法阵营中，与奥地利站在一起，出兵对法作战。这也是德意志各邦武装力量打着帝国军队的旗号最后一次出现在战场上。
然而，第二次反法联盟在战场上的优势并没有维持很久。奥俄两国在军事行动的协调方面没有取得一致，以至于贻误战机。卡尔大公在瑞士击败马塞纳之后，置俄军于不顾，率军离开瑞士，转向北方，攻占了曼海姆等地，准备进入荷兰。而苏沃洛夫因沿途行军困难，没有及时到达瑞士。在此期间，马塞纳率领的法军趁机出击，于1799年9月25日至26日的第二次苏黎世战役（Zweite Schlacht von Zürich）中打败了科沙可夫（Alex and er Korsakov，1753—1840）率领的一支俄军，迫使其后撤。苏沃洛夫到达瑞士后，由于远离本土，又得不到奥军的支持，被迫且战且退，在损失官兵5000余人后，于11月撤回俄国。这位俄国名将将失败原因归于奥军。沙皇保罗一世在恼怒之余，于10月22日致信弗兰茨二世，宣布退出反法联盟，召回全部俄军。
正当第二次反法联盟瓦解之时，法国国内的政治形势也在发生变化。由于对外战争失利，督政府陷入了危机之中。得知这一消息的拿破仑从埃及返回法国，于11月9日发动政变，推翻督政府，建立起以自己为第一执政（Erster Konsul）的三人执政府（Konsulat）。
拿破仑执掌政权后，决定利用俄国退出反法联盟的有利时机，集中力量打击奥地利。战争在阿尔卑斯山的南北两侧展开。在阿尔卑斯山南侧，1800年5月，拿破仑亲率4万大军越过人称阿尔卑斯第一险道的圣伯纳德山口，进入北意大利地区打击奥军。6月2日，法军占领米兰，到达驻守于热那亚的梅拉斯将军（Michael Friedrich Benedikt von Melas，1729—1806）指挥的奥军背后。6月14日，拿破仑指挥的法军与梅拉斯指挥的奥军展开马伦哥会战（Schlacht bei Marengo）。奥军先胜后败，死伤、被俘达9500人。次日，梅拉斯与法国在亚历山德里亚签订协定，奥军撤出上意大利地区。
奥军在北意大利地区受到重创后，奥方向法方提出停火建议，并派代表去巴黎与法国进行和谈。随后，双方以法国坚持的《坎波福米奥和约》为基础，签订了预备和约。但这一条约遭到图古特的反对，没有通过。图古特在9月份辞职后，情况也未发生根本性的改变。
阿尔卑斯山北侧的战争形势也对奥地利不利。1800年5月和6月，莫罗率10万法军从南部地区越过莱茵河，直逼巴伐利亚。克赖将军（Paul Freiherr Kray von Krajova und Topola，1735—1804）指挥下的德意志军队在施托卡赫、赫希施泰特等地一败再败，最后逃往波希米亚。弗兰茨二世不得不于7月中旬解除克赖的指挥权，由年轻的约翰大公（Erzherzog Johann vonsterreich，1782—1859）接任。但是约翰大公也无法挽回败局。12月3日，在霍恩林登战役（Schlacht von Hohenlinden）中，法军大败约翰大公率领的奥地利和巴伐利亚军队。无奈之下，奥地利被迫求和。12月25日，卡尔大公与法国签订了《施佩耶尔停战协定》（Waffenstillstand von Speyer）。
1801年2月9日，法国和德意志帝国签订《吕内维尔和约》（Friedevon Lunévile）。和约在确认先前的《坎波福米奥和约》的基础上，对奥地利进行了更加严厉的压制。根据该和约，莱茵河西岸的德意志领土全部割让给法国，拆除莱茵河东岸的防御工事；原奥属尼德兰的比利时地区划归法国，奥地利承认法国扶植起来的巴达维亚共和国、海尔维第共和国、利古里亚共和国和内阿尔卑斯共和国。在意大利，奥地利虽然仍保有威尼西亚，但放弃哈布斯堡洛林家族在托斯卡纳和莫德纳的继承权，相关损失在德意志给予补偿；帝国将对因割让领土而受到损失的帝国诸侯和等级进行相应的补偿。由于法军撤离其占领的莱茵河东岸地区是以确认该条约为前提的，因此帝国议会在3月7日迅速批准了和约。
《吕内维尔和约》的后果很明显。对欧洲而言，它实际上结束了第二次反法联盟战争。在奥地利退出第二次反法联盟后，英国失去了欧洲大陆的主要盟国，仅凭其海上力量显然无法对法国进行有效打击，小皮特因此辞职。英国政府决定与法国休战。1802年3月27日，以英国为一方，法国及其盟友西班牙、巴达维亚共和国为另一方，签订了《亚眠和约》（Frieden von A miens）。英国归还战争期间占领的除锡兰和特立尼达以外的法国及其盟国的殖民地，放弃马耳他岛；法国从埃及、那不勒斯和罗马撤军；双方保证奥斯曼帝国的领土完整。《亚眠和约》签订后，欧洲出现了短暂的和平。
对德意志而言，《吕内维尔和约》的最大历史后果在于，它从根本上改变甚至摧毁了帝国的原有结构，帝国的领土和政治状况发生巨大变化。首先，由于大量领土的丧失，原先寄生于其上的许多邦国和帝国等级（Reichsstnde）因此而消失；其次，和约规定，丧失莱茵河西岸土地以及放弃意大利托斯卡纳等地区的德意志诸侯和等级要在德意志境内得到相应补偿，这意味着帝国必须为此调整原有领地划分，依托于领地的政治力量格局也将随之发生改变。因此，古老的德意志民族的神圣罗马帝国的丧钟敲响了。
二、德意志与拿破仑帝国时期的反法联盟战争
（一）第三次联盟战争与《普雷斯堡和约》
《亚眠和约》只是给欧洲带来了暂时和平。从法国方面看，军事上的胜利巩固了拿破仑的地位，其个人政治野心因此迅速膨胀。他对内加强中央集权，于1802年8月成为终身执政官，1804年12月2日又加冕称帝，建立法兰西帝国（Franzsisches Reich；Kaiserreich Frankreich） ，即第一帝国（Erstes Kaiserreich，1804—1814/15）。与此同时，他在对外方面采取肆无忌惮的大陆扩张政策。《亚眠和约》后，他相继将意大利的皮蒙特、帕尔马并入法国，并且占领了瑞士。在德意志地区，他大力拉拢巴伐利亚、符滕堡和巴登等南德各邦国，将自己的影响力扩张到莱茵河东岸地区。这些举动使整个欧洲为之震惊。此外，为了防止波旁王朝复辟，他派兵进入巴登，把波旁王朝的后裔昂吉安公爵（Louis Antoine Henride Bourbon，Herzog von Enghien，1772—1804）捉回法国处死。于是，在欧洲各国宫廷的眼中，拿破仑成了可怕的“科西嘉怪物”。
英国也无意执行《亚眠和约》。它不愿看到法国称霸欧洲大陆。早在1802年底，时任英国外交大臣的霍克斯伯里勋爵（Lord Hawkesbury，1770—1828）就已经确定了英国的方针：“我们的政策是必须设法利用（法国的）这些侵略来为将来同俄、奥两国建立联合防御体系。”英国与法国在抢占马耳他岛等地区方面也存在激烈矛盾。拿破仑曾威胁英国大使：“要么归还马耳他岛，要么就是战争。”英国则明确告知法国，它将占领马耳他岛10年，“作为由于法国进行新的扩张而给予英国的补偿”。1803年4月，主战的小皮特重新出任英国首相，5月英国再次对法宣战。拿破仑则以侵入英王领地汉诺威作为报复，并在布伦建立基地，准备渡海对英国作战。
1800年9月英国占领马耳他岛后，沙皇保罗一世一度与英国决裂，转而与法国和好，于12月成立了由俄国、瑞典、丹麦和普鲁士组成的武装中立同盟，将英国逐出波罗的海。但是有两个原因促使俄国重新走到了法国的对立面。一是法国的无度扩张使俄国感到需要建立一种集体防御体系，以确保安全。为此，俄国在1804年5月份与普鲁士签订了保卫北德意志的共同行动公约，年底时又与奥地缔结了类似公约；二是拿破仑处死昂吉安公爵的举动大大刺激了新即位的沙皇亚历山大一世（AlexanderⅠPawlowitsch Romanow，1777—1825，1801—1825年在位）。当这位新沙皇抗议法国违反国际法越界抓捕并杀害波旁王朝后裔时，法国却在回复照会中暗讽其参与弑父。法俄关系因此迅速破裂。
德意志诸邦对法国的态度则由于各怀打算而明显处于分裂状态。西部和南部的中等邦国寄希望于法国的支持，以便在德意志新秩序的安排中谋得好处，因而支持拿破仑的扩张。普鲁士则仍想置身事外，希望在承认其对北德意志的统治地位的基础上与法国继续保持和平关系，为此，它甚至默认了拿破仑入侵汉诺威破坏北德中立的行为。奥地利的态度则不然。首先，《吕内维尔和约》给奥地利带来了巨大损失，它希望寻机摧毁这一和约；其次，它不愿看到拿破仑通过各种方式拉拢西部和南部德意志各邦，使它们脱离帝国的影响；再次，法兰西帝国的建立也给哈布斯堡家族以巨大压力，它实际上是对神圣罗马帝国首脑地位和荣誉的打击。正是基于这一考虑，为了保证自己的地位和威望，同时也是对于旧帝国可能瓦解后的一种备案，作为神圣罗马帝国皇帝的弗兰茨二世于1804年8月10日加冕为奥地利皇帝弗兰茨一世（Kaiser FranzⅠvonsterreich） ，宣布建立奥地利帝国（Kaisertumsterreich）。然而，这一做法意味着神圣罗马帝国最高领导人破坏了帝国宪法，从内部为旧帝国的终结提供了依据。此外，拿破仑在意大利的举动也大大刺激了奥地利。1805年3月，拿破仑改内阿尔卑斯共和国为意大利王国（Knigreich Italien） ，自任国王，此后又吞并了热那亚等地。这些举动使奥地利担心它在威尼西亚的利益可能受损，从而促使其加入新的反法联盟行列。
1804年9月，英俄两国开始商谈反法事宜。1805年4月11日，两国在圣彼得堡签订了同盟条约，相约把法国赶回莱茵河、阿尔卑斯山和比利牛斯山疆界内，在法国恢复旧的君主制。奥地利起初还有些犹豫。卡尔大公认为奥地利需要时间进行彻底的军事改革，反对立即进行对法战争。但是，以约翰大公等为代表的战争党最后说服了弗兰茨皇帝和科本茨尔。1805年8月9日，奥地利加入了新的反法联盟。此外，丹麦、瑞典、土耳其因与俄国签订了盟约，也是第三次反法联盟（Dritte Koalition）的参加者。然而，反法联盟这次面对的敌人与以往有一个明显的不同点。南德诸邦没有与德皇站在一边，而是投入了法国的怀抱，希望拿破仑在日后能帮助其扩大领土。
拿破仑最初的计划是趁大陆国家向法国发动进攻前渡海进攻英国，为此他在布伦港集结了15万人马。只是由于地中海法西联合舰队未能按期到达，他才决定将兵力迅速东调，争取在俄奥两军会师前击溃奥军。奥地利因而再次成为拿破仑的重点打击对象。8月下旬，法国要求奥地利撤出它驻扎于蒂罗尔和威尼西亚的守备部队，遭到奥皇的拒绝。于是，拿破仑一面指挥军队东调，一面争取南德诸邦的支持。8月25日，法国与巴伐利亚签订《博根豪森条约》（Vertrag von Bogenhausen） ，后者答应提供2万士兵；9月5日，巴登也与法国签订《巴登巴登条约》（Vertrag von Baden-Baden） ，仿照巴伐利亚行事；10月5日，符滕堡与法国签订《路德维希斯堡条约》（Vertrtrag von Ludwigsburg） ，答应提供8000名士兵。这些事实表明，旧的德意志帝国已经名存实亡。
9月8日，奥军在卡尔·马克·冯·莱贝里希将军（Karl Mack von Leiberich，1752—1828）的率领下越过因河，进入巴伐利亚，试图推进到伊勒尔河，在乌尔姆进行防御。第三次联盟战争（Dritter Koaltionskrieg）由此开始。9月23日，法国向奥地利宣战，9月25日，法军主力在海德贝格附近越过莱茵河，进入德意志境内，然后兵分三路，扑向奥格斯堡、慕尼黑和莱贝里希率领的奥军。10月14日的埃尔辛根战役（Schlacht von Elchingen）中，米歇尔·奈伊（Michel Ney，1769—1815）率领的法军与莱贝里希的奥军展开大战。由于后者指挥不当，奥军大败，伤亡达2000人，另有4000人被俘，而法军伤亡仅800人。随后，法军乘胜追击，将奥军包围于乌尔姆。经过谈判，10月17日，三个奥地利军团共7万余人向法军投降。法军随后直扑奥地利首都维也纳。11月13日，法军占领维也纳，弗兰茨皇帝仓皇出逃，并向俄国求援。
拿破仑担心战争久拖不决会使普鲁士也加入反法联盟一方作战，因此迅速追击一支退向布林的俄军，期望在敌人的力量集结起来之前进行一场决定性的战役。此时普鲁士因法军在没有事先告知的情况下就假道其所属的安斯巴赫而大为恼怒。普王不仅允许俄军假道西里西亚，而且在没有与拿破仑商量的情况下就占领了汉诺威。11月3日，普王弗里德里希·威廉与沙皇亚历山大在波茨坦签订协定，答应向拿破仑提出武装调停，要求法国遵守《吕内维尔和约》的规定，如果调停在12月15日前未被接受，则普鲁士参加对法战争。外交大臣豪格维茨奉命前往与法国交涉，拿破仑则命外交大臣塔列朗与之周旋敷衍，直至法军在战场上取得决定性胜利。这时俄军力量由于奥军的加入而得到加强，亚历山大一世因而信心大增，他不顾库图佐夫元帅（Michail Illarionowitsch Kutusow-Smolenskij，1745—1813）的劝说，决定与法军进行决战。
1805年12月2日，即拿破仑加冕称帝一周年纪念日，7.3万法军与8.54万俄奥联军（其中奥军1.6万人）在奥斯特里茨展开会战，即历史上著名的奥斯特里茨战役（Schlacht bei Austerlitz） ，也称三皇会战（Dreikaiserschlacht）。会战中，拿破仑通过中路突破的方式，将准备侧翼包抄的联军切成两段，并猛攻其左翼，大败联军。在这一战役中，法军伤亡损失8000多人，而俄奥联军损失达2.6万人。奥斯特里茨战役的最直接后果有两个：一是促使普鲁士的态度发生转变，二是瓦解了第三次反法联盟。
由于战局胜负已分，普鲁士准备参与对法战争一事不了了之。拿破仑对普鲁士的态度也有了根本性的变化。12月7日和14日，他两次接见豪格维茨，威胁性地表示，现在给普鲁士与法国结盟的最后一次机会。豪格维茨在恐吓之下于15日和法国签订了《舍恩布伦条约》（Vertragvon Schnbrunn）。据此，普鲁士得到已经由普军占领的汉诺威，但必须放弃安斯巴赫、瑞士的诺伊沙泰尔和克雷弗公国的莱茵河东岸部分等属地。拿破仑此招为一石二鸟之举。一方面，普鲁士由于获得汉诺威而站到了英国的对立面，从而将自己与法国绑在了一起；另一方面，普鲁士与法国的结盟使奥地利继续进行战争的信心尽失。不过，拿破仑对普鲁士不太放心，因此他进一步加强与南德诸邦关系，在12月中旬分别与符滕堡、巴伐利亚和巴登签订了条约，把从奥地利夺得的领土分配给它们，借以进一步巩固其与法国的联盟。
奥斯特里茨战役之后，在沙皇和俄军已经撤退回国，普鲁士转而与法国站到一起的情况下，继续战争显然已经没有意义。奥地利最终屈服于拿破仑的武力，于1805年12月6日与法国签订了停战协定，26日签订了屈辱的《普雷斯堡和约》（Friede von Preβburg）。根据该条约：（1）奥地利承认法国对意大利的占领和拿破仑成为意大利国王，奥地利所属的威尼西亚、伊斯特利亚、达尔马提亚等意大利地区割让给意大利王国；（2）奥地利把前奥地利的蒂罗尔、福拉尔贝格割让给巴伐利亚，布莱斯高割让给巴登，其余的前奥地利地区由巴登和符滕堡瓜分。帝国自由市奥格斯堡和帕骚也割让给巴伐利亚；（3）奥地利获得萨尔茨堡和贝尔希特斯加登；（4）巴伐利亚和符滕堡选帝侯提升为国王，巴登成为大公国。三个邦国获得完全主权。
《普雷斯堡和约》产生了极其重要的历史后果，改变了德意志的政治格局。其一，它在实际上终结了第三次反法联盟。其二，由于奥地利在德意志南部的一些具有重要价值的领地丧失殆尽，其势力已经被从德意志排挤出去；威尼西亚等领地的丧失也意味着奥地利势力被赶出了意大利地区。奥地利在德意志和意大利的优势因此消失。其三，巴伐利亚和符滕堡等不仅获得了大量新领地，而且提升为主权王国，德意志传统政治结构进一步改变，为神圣罗马帝国的终结打下了基础。
（二）第四次联盟战争与普鲁士的崩溃
奥地利战败之后，拿破仑利用有利形势开展外交攻势，提出与英俄两国和谈。1806年2月和7月，法英、法俄之间分别进行了谈判，但都没有最终结果。这时形势开始发生转折性变化。随着法国与普鲁士矛盾的激化，普鲁士被迫放弃了1895年《巴塞尔和约》以来一直保持的中立立场。
1805年12月缔结的法普同盟条约中，拿破仑曾答应把汉诺威割让给普鲁士，同时普鲁士放弃安斯巴赫等属地。但是普王弗里德里希·威廉三世拒绝接受这一条约，他提出的修改意见是：在没有缔结全面和约的情况下他不想吞并汉诺威，而只是占领它，以免与英国的关系出现破裂；同时普鲁士有权保有安斯巴赫并获得汉萨各城市。但是，势力如日中天的拿破仑根本就不容普王讨价还价。他宣称，普鲁士的反建议已经废除了原来签订的《舍恩布伦条约》。然后他强迫豪格维茨在巴黎签订了更为苛刻的新条约，普鲁士必须吞并汉诺威，放弃安斯巴赫等地，同时须承担立即占领并封闭北海港口的义务。很显然，如果普鲁士签订这一新条约，势必引发普鲁士与英国的冲突，这绝非普鲁士所愿。
此时普鲁士宫廷之中也存在一批拥护对法战争的重要人物，即所谓的普鲁士战争党，包括国王的堂兄路易费迪南德亲王（Prinz Louis-Ferdinand von Preuβen，1772—1806）、施泰因（Heinrich Friedrich Karlvom und zum Stein，1757—1831）等；自然学家、探险家亚历山大·冯·洪堡、施莱尔马赫（Friedrich Schleiermacher，1768—1834）等一些知名人士也都反对法国的霸权行径；军界的一些重要人物如沙恩霍斯特（Gerhard Johann David von Scharnhorst，1756—1813）和布吕歇尔（Gebhard Leberecht von Blücher，1742—1819）等也都支持对法开战。王后路易莎（Luise von Mecklenburg-Streilitz，1776—1810）更是斥责拿破仑为“魔鬼”。所有这一切都成为促使普王逐渐与英俄接近的因素。1806年7月，普俄两国签订了一份秘密协定，保证不以对方为敌。不久巴黎又传来消息，称拿破仑为了讨价还价，准备把汉诺威归还英王。普王觉得自己受了愚弄，恼羞成怒。
1806年8月9日，弗里德里希·威廉三世发布军事动员令，准备对法作战。9月6日，他在写给沙皇的信中表示，“除了战争外已别无出路。”由普、英、俄、瑞等组成的第四次反法联盟（Vierte Koalition）随之形成。9月底，普鲁士发出了要求法军撤出南德地区的最后通牒。由于最后通牒没有得到答复，普鲁士于10月9日向法国宣战。在当时的德意志各邦中，奥地利慑于法国的压力采取了中立政策，站在普鲁士一边的只有萨克森选帝侯国、不伦瑞克和萨克森魏玛公国。
战争开始后，自负的普军兵分三路，分别由不伦瑞克、普王和霍恩洛厄将军（Friedrich Ludwig Fürst zu Hohenlohe-Ingelfingen，1746—1818）以及吕歇尔将军（Ernst Philipp von Rüchel，1754—1823）率领，向图林根方向集中。拿破仑也兵分三路，分别由他自己、达武（Louis Nicolas Davout，1770—1823）和缪拉（Joachimmurat，1767—1815）等率领，从法兰克尼亚出发，穿过图林根森林，直接向普鲁士首都柏林进击。双方部队在萨勒河附近相遇。10月10日，普军先头部队在萨尔费尔德遭到法军袭击，路易费迪南德亲王阵亡。
10月14日，霍恩洛厄将军率领的5万多普军与拿破仑亲自率领的9万多法军在耶拿相遇。普军虽然进行了激烈的抵抗，但抵挡不住法军优势兵力的进攻而大败，最后“撤退变成了灾难”。当驻扎在魏玛的吕歇尔军团赶到时，为时已晚。与此同时，不伦瑞克率领的普军主力与达武率领的法军在耶拿以北约15公里的奥尔施泰特展开了激烈的战斗。从兵力配备上看，普军参战兵力有近5万人，而法军只有2.7万人，前者占有明显优势。但是法军顽强阻挡住了普军的进攻。最后，当疲惫的普军遇到从耶拿败退下来的残兵时，立即由混乱变成了无法阻止的惊慌奔逃。耶拿战役（Schlacht von Jena）和奥尔施泰特战役（Schlacht von Auerstedt）以普军大败而告终。它从根本上打垮了普鲁士的军事意志。在这两场战役中，普军伤亡和被俘达3.3万人，其中耶拿战役损失2万人，奥尔施泰特战役损失1.3万人，而法军损失总计不到1.5万人。有评论称，当近代史上，没有哪支军队遭遇过如此糟糕的失败。
此后，法军经莱比锡直趋柏林，一路上所向披靡。10月27日法军攻占柏林，普王及其宫廷慌忙逃往东普鲁士。当时柏林的年轻人所唱的歌曲中就有一句讥笑普王慌忙东窜的歌词：“我们的笨蛋在默麦尔。”28日，逃往什切青途中的霍恩洛厄将军所率残部在普伦茨劳（Prenzlau）被法军截住，缴械投降；11月6日，布吕歇尔将军率军撤至吕卑克，在那里被俘。此后整个普鲁士陷入崩溃，重要要塞和城市纷纷投降，只有格奈泽瑙（August Neidhardt von Gneisenau，1760—1831）驻守的科尔贝格等少数要塞和格岑将军（Friedrich Wilhelm von Goetzen，1767—1820）防守的西里西亚各城镇进行了有效抵抗。接着，萨克森和萨克森魏玛也在12月解除了与普鲁士的联盟，转入敌对阵营。
普军的失败并非偶然。虽然弗里德里希大帝时代的普鲁士军队一度令对手闻之色变，但是在这位著名君主之后，普军在军事理论和军事技术上几乎没有任何新进展。它依然采取传统的募兵制，在战术上擅长于老式线形作战，缺乏散兵战术训练；在兵种上，虽然有训练有素的骑兵，但缺少装备优良的炮兵，更谈不上工兵和医务兵；在军事指挥方面，军官职位大多为贵族把持，年纪偏大，缺少生气，优柔寡断，不敢果断决策。相比之下，法军是一支通过全民动员体制组建起来的军队，惯于灵活的散兵队形作战，配备有装备精良的炮兵；在战争中能够轻装疾速行军，出敌不意；军官大多年轻有为，敢打敢拼，智勇双全。因此，这两支军队相遇后，胜负也就在预料之中了。
弗里德里希·威廉三世在胜算无望的情况下，急忙求和。起初他答应了10月30日签订的预备和约，同意割让易北河以西地区除阿尔特马克和马格德堡之外的所有领土。但是，在得到俄国的支持之后，他又转而拒绝相关条约，决心继续战争。与此同时，拿破仑进入柏林后发现了普俄之间的协定，也决定延缓签署和约，继续战争，以便打击英、俄两国。11月21日，他在柏林签署《柏林敕令》（Berliner Dekret） ，宣布对不列颠诸岛实行封锁。同时，法军向东普鲁士、波兰进发，准备与西进的俄军进行决战。
1806年12月26日，拉纳将军（Jean Lannes，1769—1809）率领的法军与本尼希森（Levin Augustvon Bennigsen，1745—1826）率领的俄军在普乌图斯克（Pultusk）展开会战，俄军不仅阻挡住了法军的进攻，而且成功撤离。1807年2月7日至8日，拿破仑亲自指挥法军与本尼格森率领的俄军在普属艾劳进行大规模决战，即所谓的普属艾劳战役（Schlachtbei Preuβisch Eylau）。由于俄军得到莱斯托克将军（Anton Wilhelm von L’Estocq，1738—1815）率领的普军支援，拿破仑第一次没有尝到胜利的滋味。在这一战役中，1.8万名法军和2.5万名俄军伤亡。受这一战役鼓舞，1807年4月26日，俄普两国签订《巴滕施泰因条约》（Vertrag von Bartenstein） ，规定不管顺利与否，两国都有义务坚持到战胜拿破仑为止。不久，英国和瑞典也加入了这一条约。然而，在6月14日的弗里德兰战役（Schlacht bei Friedland）中，幸运之神再次惠顾拿破仑。法国皇帝以8万人的优势兵力大败本尼格森指挥的6万俄普军队。这一战役中，法军伤亡8000人，俄普军队伤亡2万人。本尼格森慌忙撤出东普鲁士，渡过涅曼河，回到俄国境内。
战争的失败使沙皇亚历山大一世的态度发生转折性变化。一方面，他为对手的强大力量所震惊，另一方面，他对英国没有给予充分的支持而感到愤怒，因而决定改变联盟政策，转而与法国接近。拿破仑考虑到运输和供应困难、军队给养不足等因素，也希望停战，同时他想拉拢俄国参加大陆封锁，以便打击英国。结果，俄国不顾《巴滕施泰因条约》，在没有与普鲁士协商的情况下就开始与法国停战谈判。
1807年6月25日，俄法两国皇帝在涅曼河中的木筏上会晤。7月7日，双方签订了《提尔西特和约》（Friedevon Tilsit） ，其中包括法俄和约和一个针对英国的法俄同盟条约。据此，普鲁士作为一个国家保存下来，但它必须割让大片领土；俄国接受在原先普鲁士瓜分波兰所得的领土上建立听命于拿破仑的华沙公国（Herzogtum Warschau） ，将爱奥尼亚群岛交给法国，法国则保证奥尔登堡公国以及其他与沙皇有亲缘关系的德意志诸侯统治的邦国的主权。法俄同盟条约则规定，俄国参加大陆封锁体系，两国对任何敌视它们的第三国采取共同行动。
在法俄两国达成框架条件的情况下，普法之间也于7月9日签订了《提尔西特和约》，这是一个只有单方面意向的强制和约。根据该和约，普鲁士丧失易北河以西和第二、第三次瓜分波兰时获得的领土。其中，易北河以西地区建立威斯特法伦王国（Knigreich Westfalen） ，由拿破仑的弟弟热罗姆（Jérme Bonaparte，1784—1860）担任国王；原先瓜分波兰获得的领土上建立华沙公国，由萨克森国王统治；但泽成为独立的“自由市”；比亚吕斯托克地区划归俄国。7月12日，双方签订《柯尼斯堡补充协定》（Knigsberger Folgeabkommen） ，规定只有普鲁士偿清战争赔款后，法军才从保留下来的普鲁士王国境内撤走。1808年9月的《巴黎协定》（Pariser Konvention）进一步规定，普鲁士赔偿法国1.4亿法郎战争赔款（后经亚历山大一世介入，赔款减少到1.2亿法郎） ，军队裁减至4.2万人。
《提尔西特和约》对普鲁士的影响极大。它使普鲁士丧失了大约一半的领土，人口减至400多万，从欧洲一流强国变成了一个无足轻重的二流国家。普鲁士还背上了沉重的财政负担，除了需要支付规定的战争赔款外，它还必须支付约10亿法郎的法军占领费用。更重要的是，军事和政治上的失败引发了普鲁士统治者的积极思考，推动着施泰因、哈登贝格等有识之士进行改革，使普鲁士国家有如灰烬中的不死鸟，浴火振翅，走向新生。
（三）第五次联盟战争与奥地利的再次失败
早在提尔西特和谈期间，拿破仑就已经意识到“奥地利不甘于1805年的失败”。实际上，1805年以后，在首相施塔迪翁（Johann Philipp Graf von Stadion，17631824）和卡尔大公的领导下，奥地利一直在进行相关改革，为反抗拿破仑的统治做准备。
首先，法国的扩张和对德意志的统治激发了德国人的反感，法国人由原先的革命解放者变成了异族侵略者，在德意志出现了以知识分子为代表的浪漫主义的民族主义运动。人们研究过去的历史，怀念中世纪神圣罗马帝国的辉煌，希望重建德意志的强国地位，推翻拿破仑在德意志的统治，著名作家、政论家弗里德里希·根茨即是其中的代表。他由法国革命的热烈拥护者变成了反对法国统治的坚定鼓吹者。而要恢复德意志的强国地位，哈布斯堡王朝所在的奥地利自然成为人们的期盼所在。
其次，施塔迪翁和卡尔大公都是约瑟夫开明专制政策的拥护者。他们认为，只有像革命的法国一样，把人民当作积极而负责的国家公民，才能调动起他们的积极性，消除法国的优势，赢得战争。因此在1806—1809年期间，他们进行了一些改革，其中一项重要举措就是实行“全民皆兵”，除了正规常备军之外，还建立起由退役士兵和志愿兵组成的民兵部队。
此外，国际形势也促使奥地利走上反抗之路。拿破仑在欧洲大陆实行肆无忌惮的霸道性家族统治。其长兄约瑟夫·波拿巴（Joseph Bonaparte，1768—1844）成为那不勒斯国王（1806—1808） ，后来又成为西班牙国王（1808—1813） ，弟弟路易·拿破仑·波拿巴（Louis Napoléon Bonaparte，1778—1846）成为荷兰国王（1806—1810） ，弟弟热罗姆·波拿巴（Jérme Bonaparte，1784—1860）成为威斯特伐利亚国王（1807—1813）等，这一切使奥皇弗兰茨极度担心自己的生存，迫使其铤而走险。同时，拿破仑在欧洲的统治已经激起民族反抗运动。1808年，伊比利亚半岛爆发了西班牙和葡萄牙反抗法国统治的民族起义。起义者屡败法军，最后迫使拿破仑不得不将驻守在德意志的大军调往伊比利亚半岛。伊比利亚半岛的起义既为德意志反抗拿破仑统治树立了榜样，又削弱了拿破仑控制德意志的力量。
奥地利此时也有理由期盼其他列强的支持。英国一直坚持反对拿破仑的战争。为了打破法国的大陆封锁，英国不仅在1807年9月炮轰丹麦首都哥本哈根，掠走了丹麦舰队，而且于1808年7月派威灵顿公爵（Herzog von Wellington；Duke of Wellington，1769—1852）率领英军前往伊比利亚半岛，支持西班牙和葡萄牙的反法起义。普鲁士也不甘于现有的地位，包括主政的施泰因男爵等人在内，希望通过起义方式来推翻拿破仑的统治。至于俄国，虽然亚历山大一世与拿破仑于1808年9月底在爱尔福特会晤，表现出相互间的团结，但是当法国要求俄国对施塔迪翁施压，强迫其停止增强军备时，沙皇却拒绝威胁奥地利，只愿意通过“建议”形式施加影响。这表明，俄国不想站在法国一边反对奥地利。
基于上述状况，施塔迪翁一方面展开备战，另一方面通过著名文学史家和政论家弗里德里希·冯·施莱格尔（Friedrich von Schlegel，1772—1829）、作家克莱斯特（Heinrich von Kleist，1777—1811）和诗人阿恩特（Ernst Moritz Arndt，1769—1860）等人展开爱国主义宣传，激发德意志人的民族感情，试图发动一场旨在“使德意志帝国获得新生和重建奥地利的德意志民族战争”，推翻拿破仑的统治。为此，根茨专门起草了奥地利战争宣言，施塔迪翁和施莱格尔则撰写了致德意志民族号召书，由奥军最高统帅卡尔大公发布。
鉴于拿破仑将驻守德意志的大军主力调往西班牙，虽然争取普鲁士和俄国的努力没有成功，奥地利在自身军事准备尚不充分的情况下，仍与英国在1809年春组成第五次反法联盟（Fünfte Koalition） ，并于1809年4月9日对法宣战。战争爆发后，奥军兵分三路直指南德地区、意大利和华沙公国。其中，卡尔大公指挥奥军主力20万人在南德地区作战，约翰大公率军5万进攻威尼西亚，费迪南德大公（Erzherzog Ferdinand Karlvon Habsburg-Este，1781—1850）率军3.5万人进驻加里西亚，防止华沙公国的进攻。
在战争开始阶段，形势对奥军有利。卡尔大公在4月10日开始进攻，此时巴伐利亚东部达武元帅率领的法军和巴伐利亚军队还处于分散状态，倘若奥军集结优势兵力发动快速进攻，形势会对敌人极为不利。但卡尔大公没有意识到这一点，奥军终因行动迟缓，错失良机。拿破仑17日到达多瑙沃尔特后，迅速与达武会合，扭转了不利局面。4月20日，两军在阿本斯贝格第一次交锋，奥军大败。此后在兰茨胡特等地，法军屡败奥军。
奥地利反抗拿破仑统治的行动在德意志其他地区也得到一定程度的响应，但没有形成广泛的民众起义。在各地反抗法国统治的斗争中，影响较大的有蒂罗尔人民起义。蒂罗尔在1805年《普雷斯堡和约》中割让给了巴伐利亚。巴伐利亚为了完全吞并这一地区，采取了一系列高压政策。1808年5月，巴伐利亚王国新宪法宣布，蒂罗尔成为王国的一部分，同时废除旧的蒂罗尔宪法，取消其自治。此后，巴伐利亚不仅直接派官吏管理该地区，甚至不准人们提到“蒂罗尔”一词。此外，沉重的军税和强制征兵也引起人们的不满。因此，当奥地利准备对法战争时，蒂罗尔地区帕塞尔塔尔的旅店老板安德里亚斯·霍费尔（Andreas Hofer，1767—1810）就已经与奥地利史学家、反法战争鼓动者约瑟夫·冯·霍迈尔（Joseph von Hormayr，1782—1848）以及约翰大公等取得了联系，准备起义。第五次联盟战争（Fünfte Koalitionskrieg）爆发后，蒂罗尔地区立即响应，于4月11日爆发了反对法国和巴伐利亚占领的大规模人民起义。起义队伍很快占领了首府因斯布鲁克，解放了北蒂罗尔和南蒂罗尔，并多次击退巴伐利亚军队和法军的进攻。直到年底，起义才被镇压下去。1810年2月20日，安德里亚斯·霍费尔在曼图亚被枪决。
北德意志地区也出现了零星的反对拿破仑统治的起义，其中有普鲁士军官席尔少校（Ferdinand Baptista von Schil ，1776—1809）和不伦瑞克公爵弗里德里希·威廉（Friedrich Wilhelm Herzogvon Braunschweig-Wolfenbüttel-Oels，1771—1815）率领的志愿军团。1809年4月28日，席尔在爱国主义**的驱使下，不顾上级禁令，率领手下轻骑兵离开柏林，直奔威斯特法伦王国（Knigreich Westphalen） ，支援那里由德恩贝格男爵（Wilhelm Kaspar Ferdinand Freiherr von Drnberg，1768—1850）组织的起义。5月威斯特伐利亚起义失败，德恩贝格逃往波希米亚，席尔则向波罗的海沿岸的施特拉尔松退却，试图在那里建立反法据点，但遭到敌军优势兵力的包围。5月31日，席尔在战斗中阵亡，他手下被俘的军官中有11人被枪决。不伦瑞克公爵则比较幸运，他率领的志愿军团经过哈尔伯施塔特和不伦瑞克到达威悉河河口，被英国船只接走。
正面战场形势也继续对奥军不利。继阿本斯贝格战役之后，4月22日，两军在雷根斯堡以南的埃格米尔展开激战，结果奥军再次大败。卡尔大公连夜率军渡过多瑙河，退入波希米亚境内。但是拿破仑并没有追击卡尔大公，而是向奥地利首都维也纳进军。5月13日，法军进入维也纳。此后形成了以多瑙河为界的法军和奥军对峙局面。
5月21日至22日的阿斯佩恩战役（Schlacht bei Aspern）中，奥军向试图渡河的法军发起攻击，使拿破仑首度遭到失败。在这一战役中，奥军损失约2.3万人，法军损失约4.4万人，拉纳元帅和许多法军将领在这一战役中阵亡。法军进攻受阻。拿破仑的威信受到一定影响。阿斯佩恩战役的一个重要后果是，法军的重大挫折可能促使普鲁士趁机加入反法战争。但是，优柔寡断的弗里德里希·威廉三世只是暂停向法国交付赔款，他向奥地利派往普鲁士宫廷的施泰根奇男爵（August Ernst Freiherr von Steigentsch，1774—1826）表示，普鲁士的参战与否要等下次战役的结果而定。
由于卡尔大公没有趁机反击，普鲁士又犹豫不决，致使拿破仑有充分的时间重新调来增援部队。结果，法军与奥军力量对比出现重大变化，法军增至18万多人，而奥军只有13万多人，前者占据了明显的优势。7月5日至6日的瓦格拉姆战役（Schlacht bei Wagram）中，优势法军决定性地打败了奥军。战斗非常激烈，法军损失约34000人，奥军损失约4万人。虽然奥军在战后能够安然撤退，但卡尔大公已经对胜利失去了信心。7月21日，双方签订《茨奈姆停战协定》（Znaimer Waffenstilstand）。8月中旬，双方开始在阿尔腾堡进行和谈。
起初，弗兰茨皇帝受施塔迪翁和国务活动家巴尔达茨（Aton Freiherr von Baldacci，1762—1841）等主战派的影响，想继续进行战争，并期待英、俄、普等国的支持。然而，英国派往荷兰和比利时的远征军因瘟疫而匆忙回国，俄国想与法国一起瓜分奥属加里西亚而态度暧昧不明，普鲁士则按兵不动，静观其变。在这种形势下，以前驻巴黎大使梅特涅伯爵（Clemens Lothar Wenzel Grafvon Metternich，1773—1859）为代表的主和派逐渐占了上风，弗兰茨最终不得不接受苛刻的和谈条件，施塔迪翁的职位也为梅特涅所接替。
1809年10月14日，奥法两国在拿破仑大本营舍恩布伦宫签订和约，即所谓的《舍恩布伦和约》（Friede von Schnbrunn）。根据该和约：（1）奥地利丧失了大片领土。把萨尔茨堡、贝尔希特斯加登和因菲特尔割让给巴伐利亚；把格尔茨、费拉赫、的里雅斯特、克莱恩、曼特法尔康纳割让给意大利王国；靠近亚德里亚海东岸的克罗地亚、伊斯特里亚等地割让给法国，组成法国的伊利里亚行政区，奥地利因此丧失了出海口；东加里西亚一部分割让给俄国，西加里西亚和克拉科夫割让给华沙公国。（2）取消德意志骑士团在巴伐利亚等莱茵邦联诸邦中的存在。（3）奥地利支付战争赔款8500万法郎。（4）奥地利军队减少到15万人。（5）奥地利参加大陆封锁，对英国封闭一切港口和海湾。
《舍恩布伦和约》对奥地利的打击极其沉重。虽然奥地利仍然是一个拥有2400万人口和60万平方公里国土的大国，其实力已经遭到严重削弱。与此同时，梅特涅取代施塔迪翁成为奥地利首相，改变了奥地利的外交策略。与施塔迪翁的充满浪漫主义**、试图通过全德民族运动来推翻拿破仑统治和恢复德意志帝国传统地位的路线不同，梅特涅奉行一种保守、冷静而灵活的外交政策，将奥地利的安全奉为最高目标。他的上台开始了奥地利和欧洲外交的一个新时代。他的第一个举动就是拆散法俄同盟。当他得知拿破仑欲通过迎娶沙皇亚历山大之妹来强化自己在欧洲的地位和正统合法性时，便向法国驻维也纳协理专员暗示，可以考虑奥地利公主。他认为，若法奥之间联姻，不仅会使拿破仑与亚历山大失和，迫使他把奥地利当作天然盟友，而且可以借法国之力阻止俄国向东南欧扩张。1810年4月1日，拿破仑在向俄国求婚未果之下，迎娶弗兰茨之女、奥地利公主玛丽·路易莎（Marie-Louise vonsterreich，1791—1847）为妻，法奥两国结成了同盟，法俄之间的裂痕却因此而扩大了。