1946年4月30日，中国国民政府在重庆发布“还都令”。国民政府各院、部、会先后回到南京。1946年5月3日，国民政府文官长吴鼎昌手捧“中华民国之玺”飞抵南京。
1946年5月5日，国民政府在南京举行了隆重的“还都大典”。当天上午9点整，蒋介石率5000多名军政官员到中山陵献花、默哀，进行祭奠；上午10点30分，在国民大会堂举行了“首都各界庆祝还都大会”。
与此同时，蒋介石再一次开始了与共产党的内战。
从蒋介石自身说起，对于打内战他已经不是第一次了，在国内出现一个不听从中央政府的武装力量是一定要镇压并消灭掉的，这是符合历史发展趋势有利于国家统一的。
从国民政府内部说，国民政府实际上是由多支军阀力量组成的，各个军阀之间都是有矛盾的，要方便管理就必须转移他们的矛盾，让他们认识到他们有一个共同的敌人，这样才能让他们暂时“团结”在一起。
从阶级立场来说，蒋介石之所以要消灭共产主义而不是像以往对其他军阀那样选择招抚，究其根本原因就在于他们两党代表着的是不同的阶级，他们的关系是剥削与被剥削、镇压与反抗，两个阶级的矛盾是不可调和的，这场战争是必须要打的，是决定两种国家形式的战争。
戴笠死后，郑介民接任军统局局长，毛人凤为副局长。与此同时，在各方强大的舆论压力下，军统局加速走向改组。
1946年6月15日，蒋介石就改组事宜指示郑介民“该局撤销后，可以情报厅保密局名义组织核心机构，该核心机构今后之中心工作为对共产党之情报与斗争”。从蒋的指示中不难看出，所谓的军统局“撤销”并不是真正取消，而是改头换面成“保密局”，继续为国民党政府从事特务活动，“撤销”两字只不过是为了应付外界压力而玩弄的文字游戏。
9月20日，军统局连续3天在《中央日报》等各大报纸头版刊登醒目启事，略谓“本局业已奉令撤销，今后如有不法之徒，假借本局名义，在外招摇撞骗、敲诈勒索情事发生，应请当地军宪警机关随时查扣法办”云云，对于报端出现的“奉令撤销”一词，连一些军统领导也不明白是什么意思，军统局东北办事处主任文强在天津《大公报》上看到这则广告后，急电本部询问是改组还是撤销。他说此前局本部行文都用“改组”一词，不曾提到“撤销”。局本部回复他“保持今后工作秘密”，对内称“改组”，对外称“随军委会撤销”。关于这一点，中共方面倒是看得很清楚，《新华日报》于9月25日指出，军统局所谓“撤销”，只是将所属特务分送各机关，使之合法化的烟幕弹而已。
军统局正式改组为国防部保密局，仍以郑介民为局长，毛人凤为副局长。至1947年12月，郑介民调任国防部次长，由毛人凤升任局长。和军统局相比，保密局人员大幅缩减，其核定编制仅有6021人。
保密局的内勤组织沿用军统局的处、科、股三级体制，但变动较小，设局长办公室和7个处。外勤组织也沿用军统局时期的区、站、组体制，而以中共“活动地区为布置之重点”。
保密局时期控制的公开单位无论在数量上还是程度上都不如军统局时期。戴笠在世时，凡是军统局掌握的公开单位，几乎全由军统局统一安排人事，主管人员不能擅自任用人。戴笠死后，情况马上变了，一些公开单位负责人对局本部命令阳奉阴违，出缺不上报而自己找人，对派去的人不是说没有缺额安插，就是推说资历不合而拒绝任用。
保密局成立后，原先由军统局负责的军事情报、国际情报、电讯监察等业务全部移交国防部二厅、内政部警察总署等公开单位接办，保密局的工作紧缩成专门从事反共特务活动。保密局成立之初，蒋介石曾对该局处长一级人员训话，要求大家继承戴笠遗志，在郑介民和毛人凤领导下，“再接再厉地发扬过去的成绩，保持过去的荣誉”，并说明“今后的主要敌人是共产党，这比过去同日本人与汉奸做斗争要困难得多”。之后，保密局秉持蒋介石的意旨，竭力反共，先后破获了北平地下电台以及中共重庆市委等重大案件。
1948年，随着国民党军队败绩频传，保密局不得不承认，已经到了必须把握现实，积极作应变准备的时候。所谓应变准备：首先每一地区均力求于“共匪”未到之先，加强工作，协助军事当局，维持至最后阶段；其次，预建潜伏组织，以便于该地陷“匪”后，接替工作；最后，为加速“共匪”之崩溃，策应国军之反攻，在敌后组织游击武力，建立游击基地。然而，还没等保密局准备就绪，战场形势已经发生剧变。自济南解放至1949年1月三大战役结束，保密局在长春、沈阳、热河、太原、济南、青岛、北平、保定、唐山、徐州各站全因情势突变而撤销，至于察哈尔、天津等地虽然保留了一些潜伏组织，但因战局变化太急，以至多数工作干部及电台未及撤出，对潜伏工作有殊多影响。
1949年1月，淮海战役结束后，国民党败局已定，蒋介石被迫下野，由副总统李宗仁代行总统职权。李宗仁上台后，立即与中共展开和谈，希望由此达成“划江而治”的目的，于是声称停止特务活动，将保密局缩编成一个从局长到司机一共才75人的小单位，编余人员一律遣散。保密局迫于形势，乃一分为二，编制内的几十人由副局长徐志道率领留在南京，组成一个空架子应付李宗仁；其余绝大部分人员则由局长毛人凤率领，在上海建立指挥中心，转入地下活动。
4月20日，和谈破裂，解放军发起渡江战役。此后，随着解放军顺利进军，保密局南京、上海、苏南、苏北、浙江、安徽等站纷纷瓦解。安徽站向赣东撤退时，与解放军遭遇，全部覆没；浙江站向闽北撤退时，也被解放军消灭。此时保密局作为特务机关，竟然无法掌握解放军的基本动向，以至于各地组织和国民党军队一样，被解放军打得措手不及。
自5月至10月，武汉、西安、广州等地相继解放，保密局西北区及兰州、西安、新疆、湖北、广州各站均撤销，湖南站站长黄康永起义，北方区及绥远、宁夏、青海各站失联，陕北站被解放军歼灭。
1949年5月，在保密局各地组织崩溃前夕，毛人凤遵照蒋介石的指示，在上海、重庆等地大批处决在押的共产党员，同时逮捕或暗杀有“投共嫌疑”的国民党人士。
此时，已经升任保密局上海站行动组组长兼情报组组长的小扣子，成了李崇诗的不二干将。他向李崇诗表达了对许家铭投共的嫌疑，并且越级向王主任、毛人凤局长做了汇报。尽管李崇诗对小扣子越过自己直接与重庆联系有看法，但是针对许家铭，小扣子接下来要采取的措施，他还是默认的。