自1635年起，各国统治者和外交家们就不断试探和平的机会。神圣罗马帝国皇帝费迪南三世于1641年重新召开帝国等级会议，而这是在1608年雷根斯堡帝国等级会议半途而废之后，帝国等级第一次聚会。此次帝国等级会议所作出的最主要决定就是开启同外国和谈程序。同年，法国、西班牙、瑞典和神圣罗马帝国的代表们会于汉堡，签署了一个临时媾和条约，议决于1642年在威斯特法伦召开第二次会议。由于瑞典的使者们不愿意在教皇使节的主持下开会，而教皇使节也拒绝与坚持“异端邪说者”坐在一起，所以皇帝的代表与法国代表准备在明斯特谈判，由教皇和威尼斯的代表进行协调，参加者还有神圣罗马帝国天主教诸侯和西班牙的代表，而皇帝的代表与瑞典代表准备在距明斯特30英里的奥斯纳布吕克谈判，由丹麦国王克里斯蒂安四世进行协调，参加者还有神圣罗马帝国福音教诸侯。

谈判地点确定后，安全通行权和条约草案等问题又浮出水面，再次延迟了会谈的举行。瑞典将领托尔斯滕森在布赖滕费尔德的胜利，促使神圣罗马帝国皇帝应允他的代表于1643年7月11日抵达。而后，当法国准备与荷兰联盟以抗西班牙时，法国代表又稽延不进。

直到1644年12月4日，威斯特法伦和会才正式开幕，与会代表135人，包括神学家和哲学家，但为了代表们进入会场和就坐的优先秩序问题，各方又花费了6个月的时间进行协商。西班牙大使和法国大使都不愿将优先权给予对方，结果须由第三者居间传话才能进行沟通。法国大使拒不承认西班牙国王腓力四世（Felipe IV. ，1605—1665）葡萄牙国王和加泰隆尼亚亲王的头衔，声称，若不给他“殿下”的名义，他就拒绝参加谈判。西班牙大使则拒绝承认路易十四世（Louis XIV. ，1638—1715）为纳瓦尔国王。瑞典的代表们也故弄玄虚，拖延时日，最后还是在女王克里斯蒂娜的命令下，才停止自争，诚心议和。

而在谈判期间，战斗并未停止，伤亡人数有增无减。失败一方的代表希望赶紧谈判，得胜一方的代表故意拖延时间，以便获得更多的权益。法学家们忙着制造困难或协调，一次又一次的系铃复解铃。法国军队在战场上正有重大进展，所以法国坚持神圣罗马帝国所有邦国无论大小都可派代表参加会议。这个提议一出，争论紧跟其后，会议再次中断，直到各方都派遣代表入会才重新召开。如果不是西班牙哈布斯堡家族因葡萄牙的叛离而无力他顾，如果不是法国境内弗伦德（Fronde）的暴乱迫使法国国王路易十四的大臣儒勒·马扎然（Jules Mazarin，1602—1661）在和会上作出让步以便全力对内，则这次和会可能还会拖延而无结果。

鉴于军事形势恶化，皇帝费迪南三世不得不在谈判过程中一再降低原定的目标。他向以首席谈判代表身份前往威斯特法伦的奥地利外交官特劳特曼斯多夫的马克西米连（Maximilian von Trautmannsdorf，1584—1650）下达了一些新指令，放弃了原来的许多立场观点，作出了若干超出必要的让步。除了承认所有帝国等级都享有“战争与和平”（iusbelliac pacis）权利外，还表示要重新制定帝国宪法。在特劳特曼斯多夫伯爵调解失败，退出谈判之后，帝国宫廷参事院顾问伊萨克·弗尔玛（Isaak Volmar）和皇帝特使拿骚—哈达马尔（Nassau-Hadamar）伯爵约翰·路德维希（Johann Ludwig，1590—1653）继续谈判，并且坚持到签订和约。1648年10月24日，《威斯特法伦和约》签署并生效。

和约是在以皇帝和他的同盟者为一方、法国国王和他的同盟者为另一方以及瑞典女王及其同盟者为第三方，这三方之间正式缔结的。帝国并没有以缔约方的身份出现，因为法国和瑞典声称它们不与帝国为敌，只与皇帝作战。然而，帝国等级均签字加入，他们还是被捆绑到条约上了。

和约主要内容如下：

（一）承认信仰自由和宗教平等，福音教在神圣罗马帝国内拥有合法地位；福音教的加尔文教派也属于合法宗教，与路德教和天主教地位平等。

（二）确定1624年为“正常年”（Normaljahr），各地的宗教信仰和教派财产均以这一年的状况为准，不得有新的增减。但奥地利哈布斯堡家族的世袭领地除外，在这里，臣民的财产占有和收回以1630年的状况为准。在帝国城市中，天主教和福音教两教派可以同时并存，也就是说信奉天主教和信奉福音教的居民无需改变信仰或迁移。各教派均可向帝国等级会议陈述怨情。参加会议的福音教和天主教两大集团拥有对等的表决权。福音教诸侯和天主教诸侯地位平等。

（三）神圣罗马帝国的各邦国享有战争与和平的自主权，可以自由结盟，只是结盟不得以皇帝和帝国为敌。皇帝在制定政策和颁布法律时，需征得帝国等级的同意。废除在皇帝尚健在时就选举国王作为皇帝潜在的后继者的做法，以免皇帝干预，影响选举结果。

（四）正式承认瑞士和荷兰为独立国家。法国获得洛林的梅茨、图尔和凡尔登三个主教区以及除施特拉斯堡之外的整个阿尔萨斯地区和莱茵河右岸的布赖萨赫（Breisach）及松德郜等战略要地。瑞典获得连带吕根岛（Rügen）的前波莫瑞（Vorpommern）地区和连带奥得河右岸地区的奥得河入海口，还有原属梅克伦堡公国的维斯马和斯德丁城，以及不来梅和费尔登两个主教区。所有这些地区仍为神圣罗马帝国的采邑，瑞典仅以帝国等级的身份管辖这些地区并在帝国等级会议和当地大区会议上拥有席位和表决权。除此之外，瑞典还获得500万塔勒的士兵补偿费。

（五）所有由于帝国禁令而丧失领地的帝国诸侯将重新成为其原有领地的领主。萨克森选侯邦获得劳西茨地区。梅克伦堡获得拉策堡（Ratzeburg）和什未林（Schwerin）主教区。不伦瑞克—吕内堡公爵可与一位由大教堂教士会选举产生的天主教主教轮流行使多奥斯纳布吕克主教区的统治权，并占有瓦尔肯里德（Walkenried）和格罗宁根两座修道院。黑森—卡塞尔邦国伯爵获得了赫斯菲尔德（Hersfeld）诸侯修道院和绍姆堡（Schaumburg）伯爵领地的一部分。勃兰登堡选侯获得后波莫瑞地区以及明登、卡明（Cammin）、哈尔伯施塔特和马格德堡等主教区的补缺资格。普法尔茨选侯邦一分为二：信奉天主教的上普法尔茨与巴伐利亚合并，确认巴伐利亚公爵的选侯职位；信奉福音教的下普法尔茨（莱茵—普法尔茨）维持独立，由已故普法尔茨选侯弗里德里希五世的儿子卡尔·路德维希（Karl Ludwig，1617—1680）占有；卡尔·路德维希还成了新设的第八个选侯，担任帝国大财务官（Erzschatzmeisteramt）之职。

（六）确认法国和瑞典为神圣罗马帝国国内和平的担保者，在帝国等级会议中享有代表权。

《威斯特法伦和约》是象征三十年战争结束而签订的一系列和约，是缔约各方相互妥协的产物，旨在调解神圣罗马帝国境内的宗教信仰问题以及帝国与外国、皇帝与帝国等级的关系。它确立了信仰自由和宗教平等原则，使福音教教徒享有了与天主教教徒相同的权利，也为解决宗教争端提供了重要依据和法律保障。它也确立了国家主权至上原则，使追求基督教世界大一统的神圣罗马帝国和天主教会的神权统治不可避免地趋于瓦解，为正在兴起的诸侯领地国家和民族国家创造了有利条件。

然而，和约所规定的领土变动，是以牺牲哈布斯堡家族世袭领地（奥地利）、波希米亚王国、普法尔茨选侯邦、勃兰登堡选侯邦和帝国教会等级的利益为代价的，这就为新的领土纠纷埋下了隐患。它也削弱了神圣罗马帝国皇帝对国内各邦国的控制，加剧了德意志国家的分崩离析状态，相反，法国和瑞典等外国势力却可以利用新获得的领土和维和资格干预帝国事务，谋求更大利益。

《威斯特法伦和约》签订后，神圣罗马帝国虽然排除了爆发新的宗教战争的可能性，但是在帝国与外国之间、各邦国之间以及各社会团体之间，为着纯粹世俗利益而进行的争夺仍然经常发生，连续不断。