1519年，出身于哈布斯堡家族的西班牙国王卡洛斯一世当选罗马人国王，号称卡尔五世。这样一来，哈布斯堡家族不仅继续拥有奥地利、西班牙及其附属领地，而且还掌握了神圣罗马帝国的大片国土，其势力达到了巅峰，成为欧洲第一大王朝。面对哈布斯堡家族势力的急剧扩张，罗马教皇、法国国王以及意大利诸邦国和城市的统治者都惶恐不安，奋起抵制。奥斯曼—土耳其人也乘机入侵，力图征服东南欧，用新月取代十字架。为了捍卫和巩固哈布斯堡家族的利益，也为了保护天主教教会和基督教国家，卡尔五世穷兵黩武，连年征战，虽然屡获战果，但也消耗了大量人力物力，以至于无暇也无力整治神圣罗马帝国国内事务。面对宗教改革引发的宗教—政治变革，卡尔五世只好委曲求全，妥协退让。这也在很大程度上便利了福音教宗教—政治势力的发展。
从君权神圣和君权至上的观念出发，卡尔五世力图在神圣罗马帝国加强君主权力，实行个人专制统治。然而，这一君主制原则不可避免地与现行的帝国等级制原则发生冲突。势力日渐强大的帝国等级坚决维护“传统的自由”，决不容许皇帝的权力过大，并且力图通过参与帝国政治决策，对皇帝的权力加以限制。迫于压力，卡尔五世不得不做出让步，同意设立帝国执政府，恢复帝国最高法院，甚至把奥地利的统治权让给其皇弟费迪南。然而执政府只是名义上的中央权力机构，只在皇帝外出期间代理皇帝行使行政管理权，在帝国采邑和对外政策方面，皇帝仍保留最终决定权。由此而形成的皇帝与帝国等级的二元体制，严重制约了帝国中央政权的办事效率。
1524—1526年，在宗教改革运动的影响下，普通人革命席卷帝国南部和中部大部分地区，沉重打击了现行的政治和社会制度。因为不在帝国，卡尔五世没有直接参与镇压起义行动。帝国执政府无军队，也无钱招募雇佣军，不得不借重于士瓦本同盟和各地诸侯的力量。而在镇压了普通人革命之后，诸侯集团内部又发生了两极分化，大多数诸侯依然坚持天主教信仰，部分诸侯却改宗了福音教，并成为宗教改革的主要支柱。福音教诸侯力图通过宗教改革扩大自己的宗教政治势力。天主教诸侯虽未改变信仰，却也开始驱逐罗马教皇势力，控制本邦教会财政税收和行政管理。诸侯总体实力加强，帝国分裂割据日益加剧。
神圣罗马帝国皇帝与帝国等级之间、诸侯与诸侯之间的政治斗争因为宗教改革而变得异常复杂和激烈。为了对抗天主教保守势力，福音教诸侯不仅在帝国等级会议上联合支持宗教改革的城市提出抗议，而且还缔结保护性军事同盟，力图通过武力捍卫和扩大宗教改革成果。而长年不断的外战争，又迫使卡尔五世多次改变政策，基本停止了《沃姆斯敕令》的实施，这就使得抗议宗摆脱了帝国法律限制，获得了更大发展空间。与此同时，路德、茨温利等宗教改革家也在帝国各地开展了福音教会的组建工作，为福音教的传播奠定组织基础。但在福音教阵营内部，路德与茨温利有关圣餐礼教义的争论，又严重阻碍了福音教徒大联合的形成，限制了福音教集团总体势力的发展壮大。