马丁·路德在1483年11月10日出生于隶属图林根地区曼斯费尔德伯爵领地的埃斯勒本（Eisleben）镇。父亲汉斯·路德（Hans Lu the r）原为农民，后来到矿区打工，通过承租冶铜小熔炉发家，雇佣工人操作，成为小业主，步入市民阶层，后来又当选为市政参议；母亲玛加丽特是萨勒河（Saale）畔诺伊施塔特（Neustadt）的一个市民家庭的女儿。路德的父母都是虔诚的天主教徒，对子女的管教也十分严厉。路德7岁时就近上了教会学校，学习拉丁文、十诫、使徒信经、主祷文和赞美诗等，受到严格的宗教教育，接受了许多正统的天主教观念，对上帝充满敬畏。
1497年，路德离开家庭，进入共同生活兄弟会创办的马格德堡学校学习，对“现代虔信”有所接触。1498年，路德转入埃森纳赫（Eisenach）的方济各学校，修学3年；在这里，他接受了音乐和诗艺训练，成为一名很不错的歌手。他也经常与当地修士交谈，对修道院生活有了比较深入的了解。此时，路德与同时代的大多数人一样，相信人是有罪的，必须通过各种各样的“善功”，参加神职人员主持的圣礼，依靠教会的帮助，才能受到上帝的宽恕，得到灵魂的拯救。他也相信修道和苦行是更积极、更有效的得救途径，成为神职人员，则可以优先升入天堂。
1501年春天，路德进入埃尔福特大学文学院，开始学习“七艺”，接受经院哲学的思维训练；1502年获得学士学位，1505年获得文科硕士学位，随后便遵从父亲的意愿转入法学院，开始攻读法学。
埃尔福特大学是由当地市政当局创办的大学，与市民生活联系密切，学术气氛也比较活跃，除了唯名论和人文主义广为流行外，还不时有人宣传胡斯的思想。在这里，路德接受了对中世纪神学采取批判态度的奥卡姆派经院哲学，强调信仰和理性的区别，认为只有信仰才能使人认识到真理。他也旁听过人文主义者开设的有关诗艺的课程，阅读了一些古罗马文学作品和新派拉丁语诗歌，但未参与人文主义者组织的课外活动。路德生性纯朴，务实而不崇尚空论。他虽然思维敏锐且富于想像，但更关注现实生活，尤其关注与生命相关的宗教问题。人生反复无常，命运难以把握，这种感受使路德越来越对自己的生存产生了疑惑。他自觉是一位有负于上帝的“罪人”，渴望与上帝和解，得到上帝的救赎。但他又对一个“像法官一样”严厉的上帝深怀恐惧，不知道自己究竟怎样做才能得到上帝的宽恕。虽然教会许诺只要做出忏悔和告白，罪过就可得到赦免，但在路德那里，忏悔非但没有带来宽慰，反而加重了本来就已十分沉重的罪疚感。这主要涉及忏悔者的心理问题，与教会的弊端并无直接关系。真正的忏悔要求忏悔者将所有的罪过，包括某些最隐秘的罪过都毫无保留地向上帝坦白出来，追悔前非，醒悟改过，并且要本着爱上帝之心这样做，而不是仅仅出于对上帝惩罚的恐惧。路德不知道自己是否能够满足这个前提条件，也不知道自己是否会因为一种无效的赦免而受到永恒的谴责。他不断地问自己：“我的忏悔是真正的悔过吗？还是因为恐惧我才悔过？”，但总是不得要领。路德深感自己的理性不够坚强，难以约束自己的情绪和情感。有的时候，他明知某些欲念不对，却又无法克制，不可避免地发生过失。做人之难，经常使路德深陷绝望的深渊，以致他希望自己“从来没有被生为人”。出家为僧，通过修道途径完善自己人格的想法一直萦绕在他的心头。
1505年7月2日，路德在从曼斯费尔德返回埃尔福特的路上，于荒郊野外突遇暴风雨，一道雷电突然在头顶炸响，仿佛世界末日即将来临。路德恐惧万分，匍匐在地，口中念念有词：“救救我，圣安娜，我要做一位修士！”久已有之的修道愿望，加上这个在危急时刻许下的誓愿，最终改变了路德的人生轨迹，从一个学法律、准备跻身上流社会的大学生转变为献身上帝的修道士。1505年7月17日，亦即在“雷电事件”发生后不久，路德不顾家人和朋友的劝阻，毅然决然地离开学校，进入了埃尔福特奥古斯丁修道院。
埃尔福特修道院是奥古斯丁修会一个较大的院所，时任院长为约翰·冯·施陶皮茨，住院修士大约有50余名。它作为萨克森—图林根改革派修道院联合会（schsisch-thüringische Reformkongregation）的一部分有着特别严格的法规，也十分重视年轻修道士的神学教育。路德决心做一位好修士，故而严于律己，刻苦修炼，不仅天天虔诚地祈祷、禁食、守夜、做善功，甚至鞭打自己的肉体，而且还苦读圣经，深究教义，不到两年就被任命为副主祭，1507年5月2日又被祝圣为神甫。基于修道院院长施陶皮茨的推荐，路德在1508年秋获得了到维登贝格大学学习神学的机会。
维登贝格大学是在六年前由萨克森选侯智者弗里德里希创办，由国王马克西米连一世颁布敕令，予以特许。维登贝格大学也与奥古斯丁修道院有密切联系，一方面它接受奥古斯丁修道院的年轻修士前来进修学习，另一方面也委任道行高深的奥古斯丁派教士担任教职，讲授《圣经》（教授职位）或亚里士多德伦理学（讲师职位）；施陶皮茨便自1502年起出任该大学的教授和神学系的第一任系主任。在维登贝格大学，路德除了进一步学习奥卡姆神学，还对早期教父，特别是奥古斯丁的经验神学进行了深入钻研。1509年3月，路德获得圣经学学士学位。几个月后，又获得语录学学士学位。在返回埃尔福特之后，路德便开始主讲彼得·伦巴德的《四部语录》了。
在常人看来，路德进入修道院以后是颇有收获的；路德本人也相信，如果有人能够通过修道的途径进入天堂，那他本人当属其中之一。他竭尽全力想让上帝满意，渴望得到上帝的宽恕、喜爱和启示，然而他郁积在心中的巨大困惑仍无法消解。他担心自己遗漏某些罪过，特别是那些在内心隐而未现、难以觉察的罪过。有许许多多“邪念”瞬间即逝，记都记不清楚，更不用说得到上帝宽恕了。他时常怀疑并对自己说：“你所做的并不完善。你的懊悔不够。你在认罪中遗漏了那事。”路德试图通过个人的努力，补救自己良心上的不确定、软弱和烦恼，但却无济于事。即使已被告知可获得赦免，心理上也得不到安宁。路德对自己的失败感到绝望，觉得修道生活“毫无裨益”，他“是世界上最痛苦的人，日日夜夜只有悲痛和失望。”路德自觉罪孽深重，对上帝心怀恐惧，对上帝的称义毫无把握。他得不到任何宽慰，开始迁怒于上帝：“我的隐修生活不管怎样无可责备，我仍感到在上帝面前（coram Deo）自己是个罪人，良心极度不安，我也不相信上帝对我的苦行赎罪感到满意。对这个惩罚罪人的公义的上帝，我不爱，毋宁说我恨。”
1511年9月，还是通过施陶皮茨的推举，路德重返维登贝格大学，攻读博士学位。当时，施陶皮茨致力于将奥古斯丁改革派修道院与非改革派修道院联合起来，组建一个全国性机构，以便将改革推广到所有修道院。包括埃尔福特奥古斯丁修道院在内的部分改革派修道院反对这项计划，认为此类联合会使改革流于表面，教皇尤里乌斯二世也不赞成。为了向教皇陈述自己的观点，施陶皮茨委派路德维登贝格前往罗马。
路德的罗马之行似乎并没有使教皇回心转意，而在以虔诚香客的身份参观了罗马这座“圣城”之后，路德对他所看到的腐化堕落和道德败坏现象深感惊讶和不满。他亲眼看到教皇和红衣主教们的骄奢**逸：他们住富丽堂皇的豪华府院，奴仆成群，出入则乘高车驷马，前呼后拥。罗马已成为罪恶的渊薮，“这里有买卖、交换、贸易、撒谎、欺骗、偷盗、奢侈卖**、奸诈和各种亵渎上帝的事，甚至敌基督者的统治也不能比这更无耻”。但在当时，路德尚未对天主教会的救赎功能产生任何怀疑。
1512年10月，路德成功地获得神学博士学位，并且很快就继承了施陶皮茨所担任的维登贝格大学圣经学教授职位；他也借此在教会之外的公共领域占据了一个重要岗位。作为神学研究的领导者，路德在维登贝格培养了一大批年轻神职人员，赢得了同事、学生和市民的普遍尊重。除此之外，他还在多个教区担任神甫，肩负着向一般教徒传道、讲经和引导灵魂之责。而对于路德个人和神学的发展，施陶皮茨又具有特别重要的意义。作为路德的告解神甫和修道院领导，施陶皮茨不仅帮助路德成为神学教授，还将路德引向基督受难的十字架，为路德指出了“最甜蜜的救主的伤痕”，给了他“在基督里的生命”，使他对福音有了最初的觉悟。施陶皮茨还将神秘主义者陶勒的《日耳曼神学》介绍给路德，使他对埃克哈特的“否定神学”有了比较深入的了解。而在研读《圣经》、诠释《罗马书》的过程中，路德发现了上帝只通过恩典使人称义的原则，在关于人的得救问题上实现了一个重大突破，彻底从绝望中获得了重生。
在路德研究中，关于路德“神学突破”或者说“宗教改革觉醒”发生的时间问题一直是有争议的。路德本人在事后回忆中只提到他对新的得救教义的发现是一个“始料未及的顿悟”，是他在维登贝格教堂塔楼里经历过的一个思想转变，具体时间却未有明言。于是，有些人把这个“塔楼经历”（Turmerlebnis）定在1511—1513年，另有一些人则定在1515年前后或者1518年前后，还有一些人干脆主张一种逐渐发展的宗教改革觉醒的观点。与确定宗教改革觉醒的日期一事紧密相关的是对其具体内容和这些内容对于宗教改革的开始的意义的解释。在这里同样存在着若干不同观点。无论怎样，对于路德来说，这一经历是一个巨大的解放。其中最为关键的是路德对《圣经·罗马书》第1章第17段经文“因为上帝的义，正在这福音上显明出来；这义是本于信，以致于信（按照字面可译为‘从信到信’）；如经上所记，‘义人必因信得生’”的顿悟。
通过这段经文，路德彻底改变了他对上帝的认识，发现了上帝的恩典，领悟了律法和福音的辩证关系，并由此获得了一种全新的救赎观念。以往，路德只把上帝当作法官看待，对上帝充满恐惧，甚至用一种即使算不上亵渎也是十分不敬的抱怨怨恨上帝；他只看到上帝易怒和好惩罚人的一面，以为上帝是十分严厉的，负有“原罪”之人生前经常会受到上帝的惩罚，死后还要遭到炼狱的折磨。现在，他从耶稣代人赎罪中看到了上帝对人的爱，上帝为了救赎罪人，不惜让他的儿子耶稣蒙受被钉死在十字架上磨难。通过耶稣代人赎罪，上帝已经与人和解，赦免了人的原罪。耶稣降临人世，完全出自上帝的安排。耶稣也是自愿赴难的，是为解救天下所有的罪人而死的。这样的上帝根本不是凶神恶煞般的法官，而是一位时时刻刻都在关爱着人的善良、仁慈之神。人与上帝之间不是执法官与罪人的关系，而是拯救与被救的关系。上帝的义是一种“被动的义”（iustitia passiva），是一个纯粹的恩典，而这种恩典没有人能够按照自己的意愿，通过自己的努力获得。只有上帝才能救赎罪人，使罪人称义；他的恩典是白白送给信徒的一个礼物。在事关人与上帝的关系问题上，一切都取决于上帝的意志，任何人为的善功都无济于事。对于上帝的仁慈，对于上帝通过他的儿子作出的拯救，人只能通过信仰加以领会，而信仰并不仅仅是理智、感情或意志的气性所进行的活动，而是整个的人在直接面对上帝时应有的态度。信仰不仅是一种认识形式，如相信上帝讲的一切都是正确的，而是指完全而充分地信赖上帝。信心只是接收诚意的器皿，它本身不能使人称义，不能带来恩典，而只能使人意识到一些已经存在的事物，让人接受耶稣基督。信心是圣灵赐予的恩典，不是从自身产生的人的能力。信徒不要把他在上帝面前的地位和他灵魂可以得救的信念归于他实际能做的善功，而要归于耶稣基督在他的使命和功德中显示出来的上帝的恩典。重要的不是人能够做什么，而是上帝已为人做了什么。上帝自上而下降恩于信徒，信徒完全信赖上帝就能得到上帝的宽恕恩典。那些凭借信仰接受了上帝恩典的人“同是罪人与义人”（simuliustas et peccator）。由于人类始祖的堕落，人在一生当中永远是罪人。但对有信仰的人来说，今生已不再怀疑是否被上帝接受。
路德看到人因有原罪和本罪，不能自救，不能在上帝面前称义，上帝借他的儿子耶稣将救恩赐给世人，耶稣受难代人赎罪。因此，拯救的根源来自上帝的恩典。得救的真谛在于相信和接受耶稣基督为主，凭借信心，通过圣灵的工作，使信徒和基督成为一体。由于这种神秘的结合，基督的救赎就在信徒身上生效，使信徒还是作为罪人的时候，就在上帝面前被称为义人了。人不能先行义而后再成为义人，不是通过做好事而成为义人。人必须先成为义人，才能做出真正的善举。因此，路德说：“在今生和律法的义上，我既是亚当的子孙，就真是一个罪人，因而有律法控告我，死亡辖制我，且至终要吞灭我。但是我在今生另有一种义和生命，即上帝的儿子基督，他没有罪，也不被死拘束，倒是公义和永生。靠着他，我这必死的身体也必复活，从律法和罪的挟制中被拯救出来，与心灵一同成圣。”
对于路德来说，这种救赎观的发现是一个巨大的“福音”。它使路德克服了长期怀有的恐惧心理，获得了彻底解脱，也使他对所有人为的事功做出了全盘否定。现在，与人的事功相对立的上帝恩典，具有了不可侵犯的权威。所谓的教会救赎功能、伯拉纠主义或半伯拉纠主义有关意志自由、律法、善功与称义的关系的观点纯属谬论。上帝的恩典、上帝的意志、上帝的旨意以及上帝永恒的拣选和预定，乃是决定人的称义的最主要因素。至晚到1517年，路德就已经开始把这种新认识纳入他的神学理论体系当中了。他在维登贝格大学明确宣讲“我们的神学”，并且写作了一份反对经院神学的《驳经院神学论纲》（gegendie scholastische Theologie，1517），试图在埃尔福特大学和纽伦贝格大学开展一场辩论，批驳教皇派诡辩家所谓信必须用善行作补充的论调。但是不久，赎罪券之争爆发了，这一争论直接引发了轰轰烈烈的宗教改革运动。
二、赎罪券之争
1517年，多明我会士约翰·特策尔（Johann Tetzel，大约1460—1519）受美因兹大主教阿尔布雷希特（Albrecht，1490—1545）和教皇利奥十世的委托，在紧邻维登贝格的马格德堡主教区，大张旗鼓地开始了出售“彼得赎罪券”活动。推销赎罪券的教士们十分卖力地敲钟、游行、发表极具煽动力的布道，鼓吹教皇的赎罪券能使人免除一切惩罚，购买灵魂免受炼狱之苦或购买忏悔特免权者便无悔过之必要，“钱币在钱箱中叮当一击，灵魂就立时飞出炼狱”。
这次赎罪券买卖是与教会内部的一系列秘密交易密切联系在一起的。出自霍亨索伦家族的美因兹大主教阿尔布雷希特早在1513年就当上了马格德堡大主教兼哈尔伯施塔特（Halberstadt）主教教区行政长官，但他并不满足，还想成为美因兹大主教并由此成为帝国选侯。尽管这种一身多任的做法有违教会法规，教皇利奥十世还是在1514年予以了批准，只是要求阿尔布雷希缴纳一大笔钱款。而在当时，罗马教廷财政枯竭，利奥十世亟需通过出卖圣职捞一笔外快。阿尔布雷希特遂与教皇达成如下协议：阿尔布雷希特可先向大银行家富格尔借钱支付教皇，教皇则授予阿尔布雷希特为期八年在其所辖区域出售“彼得赎罪券”的权力。所获金钱的一半送交罗马，另一半则为阿尔布雷希特所有，以便他偿还所欠债务。
对于这项秘密交易，路德自然无从知晓。对于赎罪券买卖，他却早就深感不安了。路德认为赎罪券交易在道德上是可耻的，在神学上也是很成问题的；它很不道德地滥用民众对死者的自然感情，而民众为购买赎罪券所付出的钱财大都流入罗马，为罗马教皇挥霍浪费掉。他在1516年7月的一次布道中就公开谴责赎罪券是“贪婪者手里惨无人道的牟利工具”。这一谴责最初并没有产生多大效应，许多维登贝格市民依然迷信赎罪券的功效。虽然萨克森选侯智者弗里德里希曾明令禁止特策尔到自己邦国兜售赎罪券，但维登贝格市民仍可到邻近的马格德堡属地于特尔博格（Jüterbogk）购买。他们还向路德展示他们购买的赎罪券，声称无需再做忏悔和告解了。盛怒之下，路德在1517年10月31日万圣节前夕给美因兹大主教写了一封信，力陈赎罪券买卖的弊端，并请求大主教制止特策尔错误的赎罪券布道。随信他寄上了一份用拉丁文撰写的《关于赎罪券效能的辩论》提纲（即《九十五条论纲》），期望进行一次学术性讨论。
在该论纲中，路德着重批评赎罪券叫卖者的贪婪与放肆，指出他们宣称教皇的赎罪券“能使人免除一切刑罚，并且得救”、“教皇的赦免就是上帝无比的恩赐，能使人与上帝和好”、“花钱将灵魂赎出炼狱或购买认罪特权者无需存痛悔的心”的观点实属谬误，而那些“遇见贫者扬长而去，却把钱花在赎罪券上”的人“购买的不是教皇的赦免，而是上帝的愤怒”。关于赎罪券，路德指出，赎罪券的恩惠，只及于补赎礼中所科加的惩罚，“就罪债而论，我们认为教皇的赎罪券连最轻微的小罪也不能免除”，赎罪券除了可使人免除教会的惩罚以外，根本不能使人趋于美善，“赎罪券显然不是世俗宝藏”，“也不是基督和圣徒的功德”。教皇“只能宣告或见证罪咎已为上帝所宽赦”，也只能“赦免归他审理的个案”，而“对炼狱中的灵魂来说，教皇并未赦免他们任何按教会法规所定在今生应受的刑罚”。除此之外，路德还强调上帝的恩典和耶稣代人赎罪的功德，指出“罪咎已为上帝所宽赦”，“教会的真正宝藏是彰显上帝荣耀和恩典的至圣福音”，基督徒只要内心悔悟，不买赎罪券也能得救，因为上帝自会赦免其罪过，而“真正痛悔的基督徒甘愿为自己的罪受罚”，应当勉励基督徒努力跟从元首基督，经历刑罚、死亡和地狱。只要经历许多艰难，而不依赖虚假的平安保证，便能对进入天堂充满信心。可以看到，路德已经开始运用其新发现的神学观念来评论现实的宗教生活了。他虽然无意全面废除赎罪券，也没有彻底否定罗马教皇的权威，但其思想中所蕴含的破坏力却是无比巨大的，足以颠覆所有现行教会体制。宗教改革的序幕由此便拉开了。
阿尔布雷希特在他的美因兹夏宫收到了路德的来信和论纲，但未予以答复。为了引起关注，开展广泛的讨论，路德又将论纲分发给维登贝格大学的同事，也寄给了帝国教会的其他高级神职人员以及赎罪券贩子约翰·特策尔。大约在1517年圣诞节前夕，纽伦贝格一个名叫卡斯帕·茹策尔（Kasoar Nützel）的市政官员将论纲从拉丁文译为德文，随后又有一些出版商将它印刷成了传单。出乎路德的意料，德文本《九十五条论纲》迅速在神圣罗马帝国各地传播开来，人们争相传阅，纷纷议论，支持者有之，反对者也不在少数。施特拉斯堡市民激动地把《九十五条论纲》贴在每座教堂和每户人家的大门上，以资庆祝，而特策尔则发表《106条反论纲》，运用阿奎那的托马斯学说和历代教皇谕令反驳路德的观点。其他一些多明我会士也要求进行反对“新异端”的斗争。
在反对九十五条论纲方面，因戈尔施塔特大学教授、神学家约翰内斯·艾克（Johannes Eck，1486或1489—1543）尤其卖力；他发表名为《锥标》（Obelisci）的小册子，指责路德的主张完全是异端邪说，不仅有害于教皇的权威，也严重危害着天主教的根基。路德则写作《星号》（Asterisci）一文，对艾克的指责进行了严正反驳。
因为赎罪券买卖受到干扰，美因兹大主教阿尔布雷希特在12月投书罗马教皇，请求他管一管路德这位“闹事的”教士。与此同时，他也委托美因兹大学对路德的作品作出鉴定。
教皇利奥十世早已习惯了教士间的吵闹，未把“路德事件”（Causa Luthera）看得多么严重，只是把阿尔布雷希特的控告书转给奥古斯丁修会总监、威尼斯（Venezia）的加布里埃尔（Gabriel），要他设法使路德缄言。加布里埃尔又把此项任务交代给施陶皮茨。1518年4月，施陶皮茨传唤路德到海德尔贝格，让他在奥古斯丁教团大会（Ordenskapitel）上陈述自己的观点。路德用40个命题第一次把他的神学观点贯穿起来，明确表达了“上帝的话”和记载上帝话的《圣经》是基督教的最高权威、“良知”是人的行为准则、人的得救只来自信仰而不是善功等观点。路德的观点受到大多数奥古斯丁修会弟兄和维登贝格大学同事的支持。符滕姆贝格神学家约翰内斯·布伦兹（Johannes Brenz，1499—1570）和阿尔萨斯神学家马丁·布塞尔（Martin Bucer或Butzer，1491—1551）也深表赞同，并很快便在乌尔姆、施特拉斯堡和科伦等地开始了宗教改革活动。施陶皮茨虽然未表赞同，但也没有提出反对意见，只是要求路德写信向教皇作出解释。
1518年5月，路德写了一份详细的、解释其论纲的长信寄给教皇利奥十世。6月，教皇根据多明我会修士、书籍审查官西尔维斯特·马佐里尼（Silvester Mazzolini，大约1456—1523）写的《关于教皇权力的意见》（De potestate papae dialogus）的报告，得出这样的结论，所有批评教皇的言论都是异端，必须开启针对路德的异端审讯。7月，教皇签发传票，勒令路德在60天内赶赴罗马受审。8月7日，路德收到教皇的传票，他担心自己会受到罗马教廷的谴责，甚至会被处死，遂通过他的好友、萨克森选侯的顾问和告解神甫格奥尔格·施帕拉廷（Georg Spalatin，1484—1545或1548），向选侯提出了保护请求。
萨克森选侯智者弗里德里希是一位保守型的“虔诚诸侯”，与奥古斯丁会士交往密切，也深受后者宗教思想的熏陶。他严格按照他所处时代的宗教习俗生活：天天参加弥撒、敬拜玛利亚和圣徒以及他们的遗物。他也十分真诚地相信朝圣、圣物和赎罪券的功效，满怀**地收集圣徒遗物。1493年，智者弗里德里希到耶路撒冷朝圣圣墓，被圣墓骑士团（Ordo Equestris Sancti Sepulcri Hierosolymitani，OESSH）册封为骑士，并带回大量遗物。随后他又不断扩大收藏范围，最终建成了一个庞大的圣物收藏库，藏品多达1.9万余件，号称可获得200万年的赎罪保障。但对罗马教皇聚敛钱财、剥削奴役神圣罗马帝国的行为，萨克森选侯也极表反对，严禁特策尔到他的邦国兜售赎罪券。他意志坚定但又极力避免卷入纠纷，致力于维持帝国国内和平，被后人称为“智者”。萨克森选侯领地拥有丰富的矿产资源，也拥有十分发达的纺织业，其亚麻布产品行销整个欧洲，甚至远输海外，这就使得智者弗里德里希财大气粗，说一不二，以至于教皇不得不对他另眼相看，优待有加。为了引渡路德到罗马受审，教皇利奥十世也在1518年以向选侯颁发金玫瑰勋章的方法加以笼络。萨克森选侯却不肯轻易就范。他虽未与路德谋面，但却十分重视路德为他新建的维登贝格大学带来的声誉，准备秘而不宣地提供保护。他以每个德意志人都有权向大公会议上诉，未经公正的审判不得定罪为由，拒绝引渡路德到罗马，坚持在帝国境内审理此案件。萨克森选侯的表态明确表达了一种维护德意志人权利和自由的政治立场，他对马丁·路德的庇护也使得宗教改革从纯粹的宗教神学领域转入了教会政治领域。自此之后，“路德事件”便兼具宗教和政治双重性了。
鉴于弗里德里希的身份地位和政治影响，教皇撤销了传票，同意在帝国境内审理“路德事件”，并指示红衣主教托马斯·德·维奥·卡耶坦（Thomas de Vio Cajetan，1469—1534）以教皇的代表身份出席10月份在奥格斯堡召开的帝国等级会议，主持对路德的审讯。卡耶坦传讯路德10月7日到奥格斯堡进行会谈，路德遵命前往。临行前，萨克森选侯派人送给路德20个金币作为路费，并安排一位法学家担任他的顾问。会谈中，卡耶坦与路德就赎罪券的功效、信仰与圣礼的关系等问题展开了激烈争论。卡耶坦蛮横地要求路德“无条件”地收回他对赎罪券的批评意见，路德却予以坚决拒绝。他不仅不愿意收回自己的立场观点，而且还进一步指出，圣经是唯一的知识源泉。圣经的权威高于阿奎那的托马斯和教皇。只有圣经而不是圣礼（Sakrament）可以使人称义。卡耶坦企图说服帝国等级逮捕路德，但各等级意见不一，无法达成一致意见。通过萨克森选侯的暗中帮助，路德于10月20日逃出奥格斯堡，31日回到维登贝格。
在此期间，萨克森选侯智者弗里德里希在维登贝格大学设立了一个希腊文教席，罗伊希林的侄子、年轻的人文主义者菲利普·梅兰希通（Philipp Melanchthon，1497—1560）应聘担任希腊文教授，并与路德一起参与了大学的教育改革活动。不久，梅兰希通也开始研究神学，成为路德宗教改革最重要、最得力的战友。但在此时，路德对教皇还抱有幻想，他一如既往地相信，可以用出自圣经的证据，让教皇承认他的论纲的正确性。教皇眼见威胁手段不能使路德屈服，也改变手法，派遣教廷司库卡尔·冯·米尔蒂茨（Karl von Miltiz，约1490—1529）出访萨克森选侯邦（Kursachsen），劝说路德顾全大局，不再发表异议并接受特里尔大主教或瑙姆堡（Naumburg）主教的仲裁。在米尔蒂茨的劝告下，路德表示屈服，答应为避免教会分裂而保持沉默。
但以好斗善辩著称的艾克却不肯罢休，他于1519年6月27日在莱比锡就“恩典和自由意志”问题与路德的同事、维登贝格大学神学教授安德烈亚斯·博登施泰因·冯·卡尔施塔特（Andreas Bodenstein von Karlstadt，约1480—1541）和新上任的希腊文教授梅兰希通开始了一场激烈辩论。莱比锡大学将因“路德事件”而刚刚出名的维登贝格大学视为自己的竞争对手，企图通过学术辩论杀杀该大学的威风，故而组织了这一辩论。莱比锡辩论原本与路德无关，艾克却有意要把路德牵扯进来，诱使路德发表直接攻击教皇的言论，以便把路德置于异端的死地，因此，他在辩论过程中，一再提及有关中世纪异端教派和教皇权力的问题。而在看到卡尔施塔特在辩论中陷入被动后，路德和维登贝格大学许多师生都坐不住了，他们决心为捍卫本大学的名誉而战。路德不顾他刚刚对米尔蒂茨做出的保持沉默的许诺，于7月4日亲临莱比锡辩论现场，维登贝格大学校长亲自出马护送，同行的还有200余名教师和学生。在评论受到康斯坦茨大公会议谴责的胡斯学说时，路德声称胡斯派的主张“并非全盘皆错”，即使在那些受到谴责的言论中，也有一些是“好的”和符合基督教宗旨的内容。教会的管辖权“不是神授的权力，而是人的任命或帝王的任命造成的”。一般的宗教会议（大公会议）“也会犯错误”。罗马主教的至高权力在东欧根本得不到承认，在西欧也只有400年的历史。东正教是基督教的组成部分，但与教皇毫无关系。早期的基督教徒完全不知教皇至高权力为何物。路德的这番言论，不仅剥夺了教皇在信仰事务上的最高权威，也剥夺了大公会议的最高权威，实际上意味着与天主教会的决裂。这些为胡斯进行辩护的言论一出，艾克立即指责路德公开为胡斯翻案，为异端张目，仅仅凭此就完全可以判定路德为异端分子，无需进一步辩论了。
莱比锡辩论加深了路德与天主教会的对立，构成宗教改革历史上的一个重要转折点。然而究竟谁是胜利者？这一点至今仍难以断定。艾克自称是胜利者，认为自己抓住了把柄，掌握了把路德当作异端来攻击的武器，坚定了罗马教皇将路德判为异端、开除教籍的决心。路德及其支持者也欢呼雀跃，为自己终于说出了早就想说而不敢说的话而畅快淋漓，把被颠倒了的历史重新颠倒过来，使彻底否定罗马教皇和大公会议权威，树立上帝和耶稣基督的权威，成为宗教改革的明确目标了。
1520年5—6月，路德接连发表了《论善功》和《罗马教皇权》两篇长文，进一步阐述了善功的本质及其与信仰的关系，揭露罗马教皇制的黑幕，根据圣经说明教会的性质。在《论善功》中，路德声称信仰高于所有善功，是产生和考验善功的。一般的善功只在乎遵守上帝的戒律，信仰却是对上帝通过基督拯救人类的恩典的信靠，是上帝所吩咐的第一善功。凡凭这种信仰所从事的各种职业和日常生活，都是善功，都是服事上帝的最美好的场所。在这里，路德彻底否定了天主教会所宣扬的善功主义和修道主义，提高了一般职业和生活的宗教价值及责任。
在《罗马教皇权》中，路德重申他在莱比锡辩论中对教皇和教会的评论，坚决否定教皇的神权，树立信仰和基督至高无上的权威。对于路德来说，用人的理智来证明信仰是荒谬的，信仰必须以圣经为根据。教会是信仰基督者属灵的合一，也就是《使徒信经》所讲的“圣徒相通”。如果没有这种属灵的合一，任何空间、时间、人物、事工等的合一都不足以构成教会。衡量一个人是不是真正的基督徒，并不看他是否在罗马教会内，而要看他是否有信仰，是不是在真教会当中。真教会的首领并非教皇，而是基督。凡爱基督，并喂养基督羊群的人，都是教皇。基督所赐的钥匙权，并不是给彼得个人的，乃是给全教会的。但在历史上，一些教皇企图统治整个教会，滥用基督所赐的钥匙权，结果不仅达不到目的，还造成了背教、异端、不和、分裂和无信仰等诸般痛苦。更何况有许多教皇本身就是坏人，品行不端，作恶累累。因此，决不容许将不服从教皇者判为异端，相反，教皇必须跪拜在基督之下，接受圣经的裁判。路德的教会观高扬信仰和基督的权威，蔑视现行的教会体制，这在当时是极具革命性意义的，也是根本不能为天主教保守势力所容忍的。
1520年6月15日，罗马教皇利奥十世发布《主起诏书》（Exsurge Domine），罗列科伦大学和鲁汶大学神学家从路德著作中搜集了41条“异端、诽谤和谬误”，宣称路德是糟蹋上帝委托给彼得管理的葡萄园的狐狸，勒令所有基督教徒焚毁他的书，而路德和卡尔施塔特等6人必须在60天的时间内收回自己的观点，否则，就将遭到革出教门的处罚。艾克获得了发布这一诏书的授权。
三、路德宗教改革三大檄文与教皇的破门令
面对教皇的威胁，路德不仅没有动摇，反而勇气倍增，甚至设想进行武力抵抗。早在1520年2月，他就写信向他的朋友倾诉：不能“想象福音事业能够没有骚乱、攻击和暴动而前进。你不能总是把剑铸成笔，也不能总是化干戈为玉帛。上帝之道就是一把剑，就是战争、破坏、攻击、毁灭和毒药”。5月，他号召人们“运用百般武器”讨伐教皇、红衣主教等“罗马罪恶城的蛇蝎之群，并且用他们的血来洗我们的手”。1520年8—11月，路德更以德意志民族代言人的身份进行宣传鼓动，先后发表《致德意志民族的基督教贵族论改善基督教状况书》（An den christlichen Adeldeutscher Nation von des christlichen Standes Besserung）、《教会被掳于巴比伦》（De captivitate Babylonica ecclesiae）和《论基督教教徒的自由》（Von der Freiheiteines Christenmenschen）三大“宗教改革檄文”，彻底否定了罗马教皇和天主教会的宗教救赎功能，进一步阐述了基督教“真谛”，号召“德意志民族的基督教贵族”积极行动起来，开展全方位的改革。
在《致德意志民族的基督教贵族论改善基督教状况书》一文中，路德重点攻击了罗马教廷所宣扬的宗教权力高于世俗权力、只有教会拥有解释圣经的权力、只有教皇拥有召开和确认宗教会议的权力三个基本原则，激烈批判了天主教会所宣扬的教士等级优越论，否定了神职人员是“属灵等级”、其他人则为“属世等级”的观点，提出了全体教徒都是教士的“普遍教士说”（也称作“平信徒皆为祭司说”），声称所有受过洗礼者都可以通过阅读《圣经》直接与上帝交流并从中获得启示和信仰，都可以担任教皇、主教和神甫，神职人员并不拥有神圣的特殊身份，所有教徒，除了职务不同以外，其余的一切都是平等的，所谓的教会和教皇永无谬误观点纯属谎言。为了彻底打破教皇的权力垄断，路德重申大公会议权力至上原则，要求召开宗教会议，集中讨论主教授职权、上任年贡、教皇的世俗权力、朝圣、教士独身、斋戒和教会惩罚等问题。鉴于主教顽固不化、抵制革新的情况，路德还要求世俗官厅承担起改革教会的任务，并且主张实行全面的社会政治改革。他号召德意志国王和贵族联合起来，“反对教皇，解放德国”，声称“教皇须让我国不再受他们的不堪忍受的劫掠和搜刮，教皇须交还我们的自由、权利、财产、荣誉、身体和灵魂，教皇须让皇权成为名副其实的皇权”。要废除神职人员向罗马缴纳上任年贡和其他收入的规定，取消教皇任命德意志神职人员的权力，驱逐教皇使节，成立帝国教会法院作为本国最高上诉法院，取消皇帝吻教皇脚、为他扶缰引马的污辱性规定，神甫可以自由结婚（或不结婚），废除圣职买卖，反对奇装艳服，取消礼拜天以外的所有节日，建立国家教育制度，救济穷人，限制利息，禁止乞讨，等等。
《教会被掳于巴比伦》是用拉丁文写作并面向学院派学者的。在这一檄文中，路德主要讨论了圣礼问题。圣礼是神职人员赖以树立自己的权威和威望的基础。长期以来天主教会坚持为基督教徒举行洗礼、圣餐礼、忏悔礼、坚振礼、婚姻礼、圣职授予礼和临终敷油礼等七种圣礼，并且声称，神职人员举行的圣礼具有救赎性质。但在路德看来，神职人员举行的圣礼并不能使罪过得到宽恕。根据圣经，只有基督是上帝与人之间的中介，然而教会却篡夺了基督的支配权，把基督的力量和拯救作用据为己有。此外，在圣经中，除了洗礼、圣餐礼和忏悔礼，天主教会所举行的坚振礼、婚姻礼、圣职授予礼和临终敷油礼都没有记载，因此应予废除。路德还否定了天主教会所宣扬的实体转化论，他把圣餐看作信徒与基督之间的一种秘密联合，要求教徒在享用经过祝圣的圣饼时连红葡萄酒也一起喝掉，也就是说要求教徒饼酒同领。
《基督徒的自由》是路德专门题献给教皇利奥十世的一篇论文，在这里，路德毫不妥协地向教皇表达了福音神学的要旨，强调与所有世俗要求相对立的宗教的良知自由，亦即“属灵的自由”。路德指出，自由就是良知的自由，良知以上帝为依托，不承认任何其他势力的权利要求。属灵的自由具有不受约束、喜乐和创造的性质。然而凡是人都具有“属灵”和“属肉体”的两重性，基督徒也总是过着双重生活的，一是面向上帝（coram Deo）的生活，一是面向世界（corammundo）的生活。面向上帝的时候，人完全不需要做什么善功，因为人的称义完全是由上帝的恩典所决定的。而在面向世界的时候，人必须保持信仰，并在善功中将这种信仰表达出来，但真正的善功不是教会所规定的种种行为，而是教徒出于爱而对上帝的顺从和对邻人的服务。“基督徒是全然自由的众人之主，不受任何人管辖；基督徒又是全然忠顺的众人之仆，受任何人管辖。”上帝出于对人的爱，已经赦免了人的原罪，与人和解；基督徒皆因信心而被提升高于一切，借属灵的权能毫无例外地成了万有之主，什么都不能伤害他。但完全属灵之人要等到死人复活的末日时刻才能出现，任何人只要仍属肉体，其在未来生活的完美方面就只能是小有进展，在信心和富足方面也只能一天天孕育滋养而成，在此期间，他必须时刻约束自己的肉体，处世交际，做工、禁食、守夜以及遵循其他合理的戒律，心甘情愿地服侍邻人，不计报答或忘恩负义、毁与誉，以及个人得失，直至生命终结，升入天堂。在这里，路德所强调的虽然只是良知的自由、宗教的自由，不是社会上的自由，但这种自由可以发挥比一般社会革命更强烈的革命性影响。因为这种良知的自由与上帝的应许紧密地联系在一起，上帝至高无上，不容其他任何强权剥夺这一自由。
三大檄文将路德的宗教改革推向了新的**，也为后来路德教的创立奠定了坚实基础。
是年9月，教皇的特使将利奥十世的诏书带至帝国发布，紧接着，路德的著作也在一些地方遭到了焚烧（例如10月17日在列日，10月29日在因戈尔施塔特，11月12日在科伦，11月28—29日在美因兹）。维登贝格大学则在10月3日接到诏书，路德称之为“一个不信神的、充满谎言和纯粹艾克式的诏书”。作为对焚烧路德著作行为的一种对抗，路德在许多大学教师和学生的陪同下，于12月10日上午9时在教皇为路德规定的收回“异端邪说”的60天期限即将到期之际，到维登贝格埃尔斯特城门（Elstertor）前当众把教皇的诏书，连同部分经院哲学著作和教会法规一起，投入火中烧毁。维登贝格大多数民众都亲眼见证了这一时刻。这一蔑视教皇命令的大无畏壮举，使路德成为了德意志民族的伟大“英雄”，但也导致了罗马教皇和天主教保守势力的疯狂攻击。1521年1月3日，教皇利奥十世颁发《宜乎罗马教皇》（Decet Romanum Pontificem）诏书，正式宣布开除路德的教籍。
四、皇帝的惩罚与诸侯的保护
根据当时的帝国法律，一旦罗马教皇宣布开除某人教籍，罗马人国王或皇帝便应紧跟着向此人发布帝国放逐令。新任皇帝卡尔五世却拖延时日，有意利用“路德事件”向在意大利事务上与他作对的教皇施加压力。直到教皇妥协，答应在对法战争和西班牙宗教法庭等事务方面与之合作后，卡尔五世才发布诏令，准备对路德作出有罪宣判并施以惩罚。
1521年1月27日，帝国等级会议在帝国城市沃姆斯召开，卡尔五世表示他将谨遵上千年的基督教传统，忠诚于罗马，保护天主教会，对路德实施绝罚。萨克森选侯智者弗里德里希却提醒他不要忘记《选举条款》，未经公正审判，不得放逐帝国任何成员。部分帝国等级还对教皇特使吉罗拉莫·阿莱安德罗（Girolamo Ale and ro，1480—1542）敦促会议尽快对路德问题作出决议一事表示强烈抗议，认为这是外来势力对帝国内政的无理干预。因为对法战争需要帝国等级的支持，卡尔五世不能一意孤行，只好作出让步；他在3月6日发布命令，传唤路德到沃姆斯帝国等级会议陈述自己的立场观点，并许诺保证其人身自由和旅途安全。
路德深知此行凶多吉少，胡斯就是带着皇帝的安全通行证而在宗教会议上被烧死的。但在经过一番激烈的思想斗争后，路德最终下决心前往，路上还高歌他亲自创作的赞美诗。
4月16日，路德一行抵达沃姆斯，受到许多伯爵、领主及骑士的热情接待。次日下午，在帝国等级会议上，特里尔大主教、帝国选侯里夏德·冯·格赖芬克劳（Richard von Greiffenklau，1467—1531）的全权代表约翰内斯·冯·艾克（Johannes von Eck）首先向路德发难，企图逼迫他承认错误。艾克指着堆放在一处的路德著作，质问路德是否承认这些书是他写的。在路德作出了肯定的答复后，他又质问路德是继续坚持这些书中的观点还是愿意撤回某些观点。路德推说这个问题关系到信仰、灵魂得救和上帝的话等重大问题，需要花点时间加以思考。这一请求得到了准许，审讯暂告结束。
经过一夜思考，在4月18日下午的会议上，路德拒绝收回自己在已发表著作中所表达的观点，明确表示他将遵从为“上帝之言所吸引”的良心，决不向任何外在压力屈服。路德还声称，他的著作可分为三类：第一类著作是根据圣经写作的，主要讨论宗教信仰和道德问题，有用无害，明显值得基督徒阅读。这些书不能收回，否则他就必须放弃真理。第二类著作是抨击教皇制度，揭露罗马教皇及其党徒以其理论和邪恶的样例对基督徒灵魂及躯体所造成的危害的，也不应当放弃，否则的话就等于支持暴政。第三类著作是出于论战目的写作的，虽然部分内容和观点过于激烈，其作者也不能保证自己不会犯错，但仍不能收回，除非人们用先知书和福音书的证据将他驳倒。在发表了长篇大论之后，路德总结说：“除非用圣经的明证或清晰的理性说服我（我不能唯独信任教皇和宗教会议的权威，因为众所周知，他们经常犯错误并且彼此矛盾），因我被自己所援引的圣经束缚，我的良心受上帝的话所左右，我不能够也不愿意撤销任何东西；违心之事既不安全，也不适当。我别无选择，这就是我的立场，愿上帝佑助我，阿们。”
约翰内斯·冯·艾克斥责路德狡辩，要他作出简洁明快的“不”或“是”的回答。路德再次坚决声明他不能违背良心收回己见。大公会议无论通过什么决定，都不会立即成为真理。他能够指出大公会议过去的错误所在，因此他不能从宣告圣经的热情中退却。对于路德的这些话，反对者除了坚持宗教会议没有错误外，几乎是无言以对。夜幕降临之后，会议不欢而散。支持者簇拥路德返回住处，但也有一大群西班牙人在路德背后大声地喊叫，并做出各种各样冷嘲热讽的怪相。
第二天，卡尔五世向会议提出了一份他亲自起草的公告，号召对已被教皇宣布为异教徒的路德实行惩罚，坚决捍卫天主教信仰、圣礼、教律和传统习惯。对于这一建议，部分帝国等级持保留态度。特里尔大主教还组织了一个专门委员会，同路德进行了一次没有皇帝和教皇代表参加的协商，以“善意的兄弟般的劝勉”，要求路德承认康斯坦茨大公会议决议，防止社会动**和混乱。路德态度坚决，不为所动。特里尔大主教等人又只要求路德作出愿意服从未来的宗教会议裁决表态，其他暂且不论，但也无济于事。路德声称他的良心只服从圣经的真理，无论是帝国等级会议的判决还是大公会议的判决，都不能与圣经的真理相比。他劝慰诸侯们说，“如果他的事工不是出于上帝，那么在三年内，甚至在两年之内，它必会自行灭亡。”当前人们可做的只是等待，一切都将由上帝作出最终裁决。
又过了一天，也就是4月20日，卡尔五世向帝国等级宣布，他已经决定宣布路德为“一个真正的、已被定罪的异端”。这一提议受到帝国等级的坚决反对，他们担心采取强硬措施会激怒民众，导致普遍的动乱。卡尔五世一时无计可施，不得不耐心等待。
4月25日（另一说：4月26日），路德离开沃姆斯。他没有直接回到维登贝格，而是在半途被萨克森选侯派出的骑士“劫持”到了瓦特堡（Wartburg）。萨克森选侯此举意在保护路德，出于政治上的考虑，他不愿公开表明态度，只好取此下策。5月25日，也就是帝国等级会议结束的前一天，卡尔五世签署了由教皇特使阿莱安德罗拟定的《沃姆斯敕令》（Wormser Edikt）。此时已有不少帝国等级离会，剩下的人大都是较保守的天主教信徒。敕令宣称：“朕罗马人皇帝的职守，不仅是扩大了我日耳曼民族的祖先为保护神圣的罗马和教会，流过许多鲜血，靠上帝的恩宠，用武力征服异教徒而建立起来的神圣罗马帝国的疆界，而且坚持天主教会迄今一直奉行的教规，注意不使任何异端的污垢或嫌疑在罗马帝国内玷污我们的神圣的信仰。如果异端业已出现，就根据形势的需要，全力以赴地和周密审慎地加以根除；……朕已宣布使大家周知从今以后我们之中的每一个和所有的人都要将马丁·路德作为被砍下脱离上帝教会的枯枝，作为一个顽固不化的裂教者和公然的异端分子。……朕以罗马人皇帝的名义发出谕旨，严令在规定的20天期满后，即截止到5月14日，你们要拒绝向上述马丁·路德提供招待、住所、食物或饮料；任何人不得以语言或行动、秘密的或公开的，以献策或救助应援或支持他；反之，你们不论在什么地方遇到他，要告发他；如果你们有足够的力量，就抓住他，加以严密看管；你们要把他引渡给朕，或使人们把他引渡给朕，或至少告诉朕在哪里抓住他。”对于路德学说的内容，卡尔五世没有发表任何意见。他年纪轻轻，又是新来乍到，对帝国事务和宗教改革事件并没有多少了解。因为同情和支持路德的与会人员大都离去，批准了这一对全体等级都有法律约束力的敕令的仅是参加帝国等级会议的少数代表。因此，该敕令的合法性一直受到争议。萨克森选侯就通过秘密谈判，获得皇帝的下列默许，即不以官方形式把《沃姆斯敕令》送交萨克森选侯邦。这样一来，路德在萨克森选侯邦仍可以进行活动，宗教改革的薪火得以保存，并且不久就狂燃了起来。对此，卡尔五世深感后悔，因为他看到接下来的宗教改革完全超出了他的想象，不仅破坏了教会的统一，而且分裂了帝国。
为了应对法国国王的挑战，卡尔五世在签署《沃姆斯敕令》之后就离开帝国，并且一去就是长达九年多的时间。虽然一直通过其顾问大臣进行遥控指挥，但因分身无术，卡尔五世既不能亲自坐镇处理继续发展的宗教改革运动，也没有亲自组织军队镇压骑士暴动和普通人革命。这就使宗教改革获得了另一个较有利的发展机会，其结果虽不是大获全胜却也是部分的成功。
五、路德隐居瓦特堡
从1521年5月4日到1522年3月1日，路德化名“容克·耶尔格”（Junker Jrg），储须留发，隐居瓦特堡。他利用这个机会，奋笔疾书，一方面以圣经为尺度对教会的传统进行了严格审查和严厉批判，另一方面也根据他自己对基督教的理解，为福音教社团生活确定了一些基本原则。例如在《论修道的誓愿》（De votis monasticis）一文中，路德指出，修道的誓愿在圣经中并无依据，罗马教会所讲的“圣召”是以善功称义教义为基础的，有违于圣经的要求。超尘脱俗不是基督徒的使命，相反，基督徒应当积极投身现实生活，组建家庭，从事各种世俗工作。结婚建立家庭的教士会发出神圣的光辉，使教士之职更具有令人敬畏的力量。这些观点为福音教徒指明了一种与中世纪天主教徒完全不同的生活态度和生活方式，后来也在福音教地区得到了普遍实施。路德还通过印刷出版的讲道书（Predigtpostillen），为大都未受过较好教育的布道士提供了学习材料，逐渐形成了一种“福音布道文化”。
为了使平信徒拥有一部“真正的”圣经，也为了使德意志平信徒更容易读懂圣经，路德从1522年开始到1532年用10多年的时间，将圣经新旧约全部翻译成德文出版。翻译圣经是路德宗教改革最重要的组成部分，也是路德为德意志民族文化所作出的卓越贡献之一。在此之前，德文圣经已有多个版本，但大都是以中世纪天主教会使用的拉丁文译本为基础的，加上译者德文水平欠佳，粗俗拙劣，佶屈聱牙，文不逮义等问题处处可见。路德以经过伊拉斯谟考订、增删、评释的希腊文圣经为蓝本翻译《圣经新约》，根据重新发现的希伯来文手稿翻译《圣经旧约》，并在翻译过程中对德文构词、语法、语句进行了加工和规范，使得他的德译本尽扫以往翻译之积弊，别开生面，不仅有力地推动了宗教改革运动的深入发展，而且也极大地促进了标准的德语书面语言的形成。在德意志国家长期分裂的时代，源自于路德的这种统一的德语文字，成为联系德意志各邦国、促进德意志民族融合的重要纽带之一。
路德的德译本圣经新约在1522年9月首次出版，习称“九月圣经”（Septembertestament）。在德译本新约出版之前，路德便已经开始翻译旧约，但因篇幅太大，而且一般人无力一次购买，所以他计划把它分成摩西书（摩西五经）、从约书亚起至以斯帖止各书和先知书三部，陆续翻译出版。第一部书在1523年夏完成出版，第二部书于同年圣诞节完成出版，第三部书包括约伯记、诗篇、箴言、传道书等，篇幅最长，翻译难度最大，路德不得不向其他一些学者[如梅兰希通、约翰内斯·布根哈根（Johannes Bugenhagen，1485—1558）、卡斯帕·克如西格（Caspar Cruciger，1504—1548）、马特乌斯·奥罗迦鲁（Matthus Aurogallus，大约1490—1543）、格奥尔格·罗尔（Georg Rrer，1492—1557）等]求助，故而进展缓慢，直到1532年方才告竣。路德的全部德文圣经在1534年问世，在圣经翻译史上开辟了一个新纪元。借助于新印刷术，路德的德译本圣经迅速传播开来。到1525年，已经有22个经过路德授权的版本和110种翻印本问世，几乎1/3能识会读的德意志人都人手一份。
为了使译文“准确无误”、优美生动、合乎民风世情、易于理解传播，路德不耻下问、不辞辛苦地进行调研，向德意志各行各业的人请教，与老妪、儿童交谈，对来自民间的词汇、谚语则反复琢磨，精心造谴，力求创造一种纯粹和清晰的德文，使圣经对德意志人说德语。例如，为了准确翻译圣经中的钱币名称，他曾专门去请教钱币收藏家；为了搞清楚圣经中提到的牛羊内脏名称，他曾去屠宰场考察观摩；他也经常造访菜市场，不是买菜做饭，而是去听小贩们的叫卖。这就使得路德翻译的德文本圣经在相当长的时间里成为德语语言的典范，为民众和作家广泛利用，甚至许多继续信奉天主教的德意志人也深受其影响。路德所创造的一些词汇，如“Blutgeld”（血钱，付给凶手的酬金）、“friedfertig”（和平，避免冲突）和“Nchstenliebe”（博爱，邻里之爱）等，至今仍保存在德语语言中。对于德语语言的统一和规范、德意志民族文学的发展以及德意志民族意识的增强，路德的德译本圣经发挥了巨大的促进作用。
路德也不是逐字逐句地进行翻译，而是试图根据字义用德文将圣经的看法转达出来（sensusliteralis）。在此，他是根据他自己的理解来解释圣经的。例如他在翻译罗马人书第三章第二十八节时，加上了“allein”或“allein durch”（拉丁文写作“sola”“solum”，中文翻译为“仅”“只”“唯有”等）这个字或词汇，将保罗所写的一段话翻译为，“我们看定了，人称义是仅因着信，不在乎遵行律法”。但在实际上，保罗的原文并没有这个“仅”（solum或sola）字。然而路德坚持道，“我要用这个字，我命令用这个字，我的意志就够作为理由”。这不仅是为了要翻译得清楚有力，而且还因为在路德看来，这里涉及基督教教义的主要点，即基督徒因信基督称义，而非因遵行任何律法称义。只有加上这个“仅”，才能将原文本身和保罗的意思真正表达出来。因此，尽管引起了一些天主教徒的强烈反对，路德一生也屡次修改他的译本，但始终不取消此“仅”字。在他看来，圣经就是“基督的所作所为”，其中心和目标就是彰扬隐藏在基督身上的上帝的恩典。路德的这种做法不可避免地带有较大主观性，但对于张扬宗教改革主张来说，这样做又是非常有利的。因为通过德译本圣经的广泛传播，路德本人的思想观点也就以旁倚着“神圣的上帝的话”的方式普遍流行开来了。
路德的神学可用“唯有圣经”（sola scriptura，allein durch die Schrift）、“只通过恩典”（sola gratia，allein durch Gnade）、“只通过信仰”（solafide，allein durch den Glauben）和“唯有基督”（solus Christus，allein Christus）这四个绝对句来概括。
“唯有圣经”是说，圣经为一切有关上帝的信仰和上帝的知识的源泉，也是评判基督徒一切言论和行为的尺度。不是传统而是唯有圣经才是基督教信仰的基础。这就把圣经提高到判断真理的绝对标准的地位，用圣经的权威反对和取代教皇的权威。“只通过恩典”是说，人的称义或者说得救完全依靠上帝的恩典，无需人的任何协助。上帝的恩典是白白赠送给人的，人只能被动地接受而不能强求。不是因为人的善良品性而是唯有上帝的恩典才为人的得救的保证。上帝的恩典体现了上帝对人的爱，人们无须畏惧上帝，视上帝如凶狠的大法官一样，而是要以爱心回报上帝，按照上帝的吩咐，用爱照拂同类。“只通过信仰”是说，不是通过善功而是仅仅通过信仰人才能称义。只要把基督传达的上帝的话当作礼物来接受，真诚地相信上帝的话，就可以获得心灵上的平静。因为上帝已经通过宽恕，赦免了人的罪过，人类不再背负“原罪”的重压，无须再为这种冒犯上帝的罪行焦虑、忧伤、痛苦，或者向其他方面求助，做无用之功。“唯有基督”是说，耶稣基督是真正的人和真正的神，他的受难是替人赎罪，他的复活意味着人的重生。不是教会而是唯有基督才为信徒的权威。人们只要真心悔悟，与基督同在，就可以获得永生。对于路德的神学来说，基督的受难和复活具有十分特殊的意义，它是上帝的恩典和上帝的拯救的最显著证明，因此，路德神学也经常被称作“十字架神学”。
路德神学产生的前提是对一种新的上帝观的发现。路德原认为上帝是十分严厉的，负有“原罪”之人生前经常会受到上帝的惩罚，死后还要遭受炼狱的折磨。通过钻研圣经和苦思冥想，路德突然醒悟，发现上帝原来是无比仁慈的，他已经通过基督的死亡与人和解，赦免了人的原罪。清白之人已无须惦念原罪，无须依赖教会和善功，只要相信上帝的话，时刻与基督同在，凭良心做事，就可获得永生。从这种对于上帝的新认识出发，路德也对教会、圣职和圣礼作出了新的阐释，得出了所有其他的、不断发生革命性影响的结论，如普遍教士论、两个等级（“属灵的等级”和“属世的等级”）论和两个王国（“宗教的王国”和“世俗的王国”）论等等。
路德受到中世纪后期唯名论传统的全面训练。他在埃尔福特大学学习期间，曾大量阅读这场运动主要代表人物（例如奥卡姆的威廉和比尔）的著作，在某些问题上，例如关于共相的问题，路德还是新路派的代表，即使在他成为一位宗教改革家之后情况仍是这样。然而，路德最终突破了以哲学思维来建构神学体系的经院哲学路径。他在讲授四部语录的时候，就对哲学在神学建设中的价值这个问题产生了怀疑，感到在神学和人的“推理”之间存在着一条不可逾越的鸿沟；在他深入研究圣经文本之后，这种感觉就更强烈了。1517年9月，也就是赎罪券之争爆发前的两个月，路德加紧了对经院神学的批判。他指责经院神学将亚里士多德哲学看作基督教教义的前提，用理性的“诡辩”来解释圣经启示，将圣经的伟大主题：恩典、信心和称义等贬低成了繁琐的行话。而在与经院神学决裂后，路德便转向了圣经神学，激进地抛弃了经院神学的标准课程，让神学重新回到圣经的文本当中。
路德神学的产生也与神秘主义和人文主义等思潮的影响密不可分，但路德决不是神秘主义者，也不是真正的人文主义者。路德反对唯灵论，也不赞成人可以成为与神同一的泛神论，而是强调圣经和基督在人与上帝之间的中保作用。在路德看来，人必须通过圣经才能听到上帝的话，才能对上帝有所认识，而人之所以得救，也是与基督的受难不可分的；基督是为人而死的，基督的死表明了上帝与人的和解，表明了上帝对人的原罪的赦免。基督的复活也为人的重生提供了坚实的保证。这种观念与神秘主义者主张的上帝在人心中、人与上帝合二为一等学说是有很大不同的。
路德在埃尔福特大学读书时，阅读了不少古典著作，他赞同通过人文主义研究，使古典作家的作品成为新生活和思想的源泉的做法，也赞同约翰·韦塞尔等人文主义者宣扬强烈的反教士学说。在发起宗教改革后，路德与人文主义者梅兰希通通力合作，在维登贝格大学大刀阔斧地进行人文主义性质的改革。他还遵从梅兰希通的建议，翻译圣经，并在翻译圣经的过程中，采用人文主义者编辑出版的文本和方法。但路德自幼便对宗教问题有着十分敏锐的感受，他所接受的教育也主要是经院哲学，没有参加人文主义者的组织和活动。终其一生，他始终不渝地坚持正统基督教义，如三位一体、处女怀孕、原罪、天堂、地狱等，反对那种强调自我教育运动的人类学乐观主义。对于路德来说，圣徒保罗是最好的神圣真理的解释者。保罗认为人是不完美的和无法自助的，这一学说被路德完全继承了下来。路德还接受了奥古斯丁的神恩独作论，认定人的得救完全出于上帝的恩赐，决不是出于人的行为。他也重申了奥古斯丁主义的预定论，发扬了贬低自由意志、突出上帝恩典和基督受难的十字架神学。这种深刻的宗教性格最终导致了路德与人文主义大师伊拉斯谟发生争论，并且分道扬镳。