1555年后，路德教在神圣罗马帝国南部和奥地利传布，加尔文教在帝国西部传布，天主教准备反抗和夺回地盘。势力较大的各路诸侯也“为了真正宗教的缘故”，不断扩张自己的地盘，对此，《奥格斯堡宗教和约》根本约束不了。不仅如此，和约规定本身也存在许多漏洞，极易引起新的争论和冲突。
按照《奥格斯堡宗教和约》中的“教会保留”条款，某个教会诸侯一旦改宗福音教，就必须放弃他的教会职位，交出对于管辖区的统治权。这个规定保证了帝国教会原有的天主教性质，也保证了天主教选侯的多数地位；此时，天主教选侯有四人，福音教选侯有三人。福音教帝国等级最初之所以容忍了这个条款，大概是因为帝国总督、罗马人国王费迪南一世发表了一个附加声明，即所谓的“费迪南声明”，保证教会邦国内的帝国等级、帝国城市居民和其他社团成员享有信仰自由，可以继续信奉他们所选择的宗教，也可以继续居住在原地。然而，这个声明没有被收录于帝国等级会议的正式决议之中，按照《奥格斯堡宗教和约》第28条的规定，此类附加声明也是无法律效力的。另外，《奥格斯堡宗教和约》虽然承认改宗了福音教的帝国城市可以继续拥有在1555年以前获得的教会财产，对于帝国城市在1555年以后是否可以没收教会财产却没有明确规定。同样，《奥格斯堡宗教和约》只适用于《奥格斯堡信纲》的拥护者，对于加尔文教徒的法律地位，和约也未有明确解释。
福音教徒和天主教徒都从自身利益出发解释1555年的和约。而在如何理解教会保留条款对信奉福音教的帝国等级和主教区福音教行政管理人员的约束力，如何理解费迪南声明对帝国教会的约束力，是否允许邦国所属教会机构和修道院世俗化，是否赋予帝国城市宗教改革权，是否承认加尔文教义等问题上，两者产生了很大的意见分歧，并开展了激烈争论。对于教会保留条款的争论尤其激烈。如果把这一条款加以实施，福音教贵族通向教会诸侯的道路就被完全封死了；福音派主教要获得皇帝的采邑和教皇的确认，必要时甚至作出“特伦托忠诚宣言”，这在政治上可以理解，从福音派立场出发不可想象，而天主教贵族则可以通过独占这一特权获得更大的利益。萨克森选侯、勃兰登堡选侯以及霍尔施泰因、不伦瑞克、梅克伦堡和波莫瑞等地福音教派诸侯家族成员通过教士会选举交替地占有了马格德堡、不来梅、奥斯纳布吕克、费尔登、明登、哈尔伯施塔特、吕贝克等主教管区连同直属帝国的等级资格，但是信奉天主教的帝国等级却拒绝他们在帝国等级会议上的席位和表决权。
16世纪80年代以降，福音教诸侯与天主教诸侯的宗教信仰之争经常发展到兵戎相见的严重程度。
首先是在1583—1588年进行的所谓“科伦战争”（Klnischer Krieg）。1582年12月19日，科伦大主教、帝国选侯格布哈德·特鲁赫泽斯·楚·瓦尔德堡（Gebhard Truchsess zu Waldburg，1547—1601）公开宣称退出天主教会，改宗路德教，喜结良缘，并按照路德教仪式举行了婚礼，但坚持不放弃大主教职位。对于天主教徒来说，这是对《奥格斯堡宗教和约》教会保留条款的公然违抗，也是对选侯集团中的教派平衡的严重破坏（因为科伦大主教的改宗意味着福音教选侯将增至为4个，在未来的国王选举中福音教候选人也有可能当选）。教皇格列高利十三世免去了格布哈德的大主教职位，并将他革出教门。大教堂教士会举行新的选举，巴伐利亚公爵阿尔布雷希特五世的儿子、弗赖兴和希尔德斯海姆主教恩斯特（Ernst，1554—1612）当选为科伦大主教和帝国选侯。巴伐利亚维特尔斯巴赫家族还联合西班牙军队，对“背叛者”进行了残酷镇压。普法尔茨选侯约翰·卡西米尔斯出兵增援格布哈德，但未济于事。
紧接着“科伦战争”，又发生了“施特拉斯堡大教堂教士会之争”（Straburger Kapitelstreit，1583—1604）。科伦大主教格布哈德和他的在科伦教士会中的三个福音教同盟者原本也是施特拉斯堡大主教堂教士会成员，但在科伦战争爆发后，施特拉斯堡大主教堂教士会宣布开除这三个人。后者拒不服从，并在拥护福音教的施特拉斯堡市政会、普法尔茨选侯和韦特劳伯爵的支持下，组建了一个新的教士会。1592年，施特拉斯堡大主教曼德尔沙伊德—布兰肯海姆（Manderscheid -Blankenheim）的约翰四世（Johann IV. ，1538—1592）去世，两个教士会各选一人继任。福音教徒选举勃兰登堡霍亨索伦家族年仅15岁的约翰·格奥尔格（Johann Georg，1577—1624），天主教徒则选举洛林的枢机主教查理（Charles，1567—1607）。在经过一番武斗后，双方以莱茵河为界各占施特拉斯堡大主教区一部分土地，相互对峙。1599年，皇帝鲁道夫二世宣布支持查理，约翰·格奥尔格拒不服从。直到1604年，在获得一笔经济补偿后，约翰·格奥尔格才放弃了大主教职位。
如果说前两个事件尚未导致不可收拾的恶果，“多瑙韦尔特事件”就不同了。1607年4月，施瓦本帝国城市多瑙韦尔特的天主教徒举行宗教游行，福音教徒群起抗议，驱散了游行队伍。皇帝鲁道夫二世以破坏和平罪对多瑙韦尔特发布了帝国放逐令，并且委托巴伐利亚公爵马克西米连一世加以执行。马克西米连立即出兵占领该城，强制实施天主教化政策。按照当时的帝国法律，多瑙韦尔特隶属于由信奉福音教符滕姆贝格公爵领导的施瓦本行政区，在该市发生的事件应由施瓦本行政区长官处理，皇帝委托巴伐利亚公爵执行帝国禁令以及巴伐利亚公爵滥用武力等做法均不符合帝国法律。1608年，福音教帝国等级在雷根斯堡帝国等级会议上对皇帝和巴伐利亚公爵的“违法”行为提出了严正抗议，但未被接受。而在解说《奥格斯堡宗教和约》时，福音教派和天主教派又各执一端，根本无法达成一致意见。4月27日，信奉加尔文教的普法尔茨选侯弗里德里希四世（Friedrichs IV. ，1574—1610）用武力驱散了参加帝国等级会议的代表，致使帝国等级会议这个最重要的帝国宪政机构陷入瘫痪，整个帝国处于无政府状态。
1608年5月初，安斯巴赫马克伯爵约阿希姆·恩斯特（Joachim Ernst，1583—1625）邀请帝国南部的福音教诸侯到阿豪森（Auhausen）开会，讨论时局。参加会议的有普法尔茨选侯弗里德里希四世的全权代表安哈尔特—贝恩堡（Anhalt-Bernburg）侯爵克里斯蒂安（Christian，1568—1630）、符滕姆贝格公爵约翰·弗里德里希（Johann Friedrich，1582—1628）、普法尔茨—诺伊堡亲王沃尔夫冈·威廉（Wolfgang Wilhelm，1578—1653）以及拜罗伊特（Bayreuth）马克伯爵克里斯蒂安（Christian，1581—1655）和巴登—杜拉赫马克伯爵格奥尔格·弗里德里希（Georg Friedrich，1573—1622）等人。会议期间，这些福音教诸侯签署了多个协定，并在5月14日宣布成立“福音教联盟”（Protestantische Union）。暂定有效期为十年的联盟公约将福音教联盟定义为“纯粹防御性的”保护联盟，是福音教诸侯对多瑙韦尔特事件所作的反应，其宗旨是要抵抗违法的暴力行为；对于联盟成员来说，所有反对福音教的行为都是不可容忍的。无论那一位联盟成员受到攻击，其他成员都应当全力援助。普法尔茨选侯弗里德里希四世还特别呼吁福音教徒联合起来，共同对抗“西班牙的威胁”。
福音教联盟很快扩大为20多个成员，其中包括安哈尔特、普法尔茨—茨魏布吕肯和厄廷根—厄廷根（Oettingen-Oettingen）等地的所有王公贵族。动员萨克森选侯克里斯蒂安二世加入联盟一事没有获得成功，但与福音教帝国城市的相应谈判却成效显著。1609年5月，纽伦贝格、施特拉斯堡和乌尔姆加入联盟，两个月后，经过纽伦贝格的斡旋，弗兰肯城市施韦因富特、罗腾堡、威森堡和温德斯海姆也加入了。1610年1月和2月，联盟在施韦比施哈尔开会，勃兰登堡选侯约翰·西吉斯蒙德（Johann Sigismund，1572—1619）和黑森—卡塞尔邦国伯爵莫里茨（Moritz，1572—1632）宣布加入，同时加入的还有施韦比施哈尔、海尔布琅、肯普滕、梅明根和内尔德林根（Nrdlingen）等城市。稍后，埃斯林根、阿伦（Aalen）、京根（Giengen）、施佩耶尔和沃姆斯也加入了。福音教联盟还与法国建立了军事合作关系；福音教诸侯要借此向皇帝和天主教诸侯示威，法国则要为其反西班牙战争寻找盟友。
然而，福音教联盟内部矛盾重重，远非一个统一稳固的联盟。加盟城市主张采取较为温和的政策，安哈尔特—贝恩堡侯爵克里斯蒂安一世却坚持强硬立场；他自1610年起成为普法尔茨选侯邦的首相，并且以此身份决定着该邦的对外政策。而在1614年，两个盟员的教派转换进一步削弱了联盟的力量。勃兰登堡选侯约翰·西吉斯蒙德从路德教改宗加尔文教，而路德教徒与加尔文教徒的关系并不融洽。普法尔茨—诺伊堡亲王沃尔夫冈·威廉则回归天主教并与西班牙结盟，更从联盟成员转变为联盟的敌人。
为了应对福音教联盟，在巴伐利亚公爵马克西米连一世的筹划下，信奉天主教的帝国诸侯和城市于1609年7月10日成立了“天主教同盟”（Katholische Liga），并且部分地与兰茨贝格同盟重合。几乎所有较大的天主教帝国等级，如美因兹大主教、科伦大主教和特里尔大主教这三大教会选侯，维尔茨堡、康斯坦茨、奥格斯堡、帕骚和雷根斯堡主教等教会诸侯以及肯普滕和埃尔旺根（Ellwangen）的帝国修道院院长，都加入了这个同盟。只有个别天主教诸侯游离在外。最强大的天主教等级奥地利大公国虽然没有加盟，但与同盟相互支持。
天主教同盟也自称是防御性的，是为了捍卫禁止复仇条例和巩固天主教权益而成立的，有效期初定为九年。天主教同盟得到皇帝、教皇、西班牙和波兰的支持，它也由于其精力充沛、深谋远虑的领袖巴伐利亚公爵马克西米连一世而有希望成为一个比较有战斗力的集团。然而，天主教同盟也因为马克西米连与美因兹大主教不和而深受连累。1610年，天主教同盟发生分裂；帝国南部的成员继续接受巴伐利亚公爵的领导，而莱茵地区的成员则团结在美因兹大主教的周围。
福音教联盟和天主教同盟都有自己的财政机构和军事组织，都单独或集体同外国勾结，或者依靠这一大国或那一大国保持中立，这就大大加剧了帝国乃至欧洲政治—宗教局势的紧张状态。但在这两个集团之外，还有一些属于温和派的帝国等级，他们极力在前两个派别之间进行调停；最主要的信奉福音教的帝国等级萨克森选侯邦和最强大的信奉天主教的帝国等级奥地利大公国没有参加结盟。萨克森选侯克里斯蒂安二世和后来的约翰·格奥尔格一世（Johann Georg I.，1585—1656）虽然信奉福音教，却不容忍加尔文教，不愿意参加带有加尔文教色彩的福音教联盟相反，他们对皇帝表示忠诚，甚至还由于在政治上同情奥地利而间接地支持天主教同盟。
1610年，围绕着于利希—克累弗—贝尔格公国的继承权，福音教和天主教诸侯集团开始了新一轮争夺。在于利希—克累弗—贝尔格公爵去世后，多位享有继承权的贵族提出了接管该公国的要求，其中包括勃兰登堡选侯西吉斯蒙德和普法尔茨—诺伊堡亲王沃尔夫冈·威廉。福音教联盟支持西吉斯蒙德，天主教同盟则支持已经回归天主教的沃尔夫冈·威廉。法国国王亨利四世的干预使得争斗超出了帝国范围；亨利四世支持福音教联盟，并且反过来要求福音教联盟诸侯帮助他对西班牙作战。于利希—克累弗—贝尔格公国遗产继承战争有可能升级为一场大规模的欧洲战争，只是因为亨利四世遇刺身亡，欧洲战争才暂时得以避免。
总之，在教派与邦国紧密结合的情况下，宗教运动继续为诸侯之间的争斗和冲突提供诱因。而按照教派归属构建的诸侯同盟不仅严重威胁着神圣罗马帝国的国内和平，而且还因其与外国的横向联系，使得帝国政治随时都面临着外国干涉的危险。