绝大多数邦国的行政管理机构都是从宫廷参事院分化出来的。宫廷参事院定期开会，在首相或其他官员的主持下讨论几乎所有的邦国行政事务和司法事务，本着广泛干预公共生活和私人生活的精神处理公共安全事务。宫廷参事院最初也负责审核账目，制定财务制度，确定货币价值，后来建立了专门的财务部门，如宫廷司库，再后来又有负责政治事务的枢密院、负责教会事务的教会参事院和负责军事事务的战争参事院等处理专门事务的顾问委员会设立。宫廷参事院的行政管理任务被转让给处理专门事务的顾问委员会；宫廷参事院本身则像帝国宫廷参事院或巴伐利亚宫廷参事院那样，转变为一个纯法院机构。但也有其他的组建特别的邦国高等法院的途径，如以帝国最高法院为榜样，设立宫廷法院。

参事院的设立大都出自诸侯的倡议。诸侯本人往往担任参事院主席，某些事务，如司法和财政，也仅由诸侯的个别顾问而不是由参事院全体会议共同处理。但随着工作范围的扩大，诸侯很难会会必到。这样就有必要委托某个顾问担任独立参事院院长，或者称作最高宫廷大臣或首相了。与此同时，参事院也逐渐从单纯的咨询机构发展成为决策机构。一方面，奥地利1498年的宫廷条例就规定说，宫廷参事院只在具有重大政治意义的事务上或者在参事院成员意见不一时，需要请求诸侯作出决定。另一方面，诸侯对外交和财政等事务特别关注，并且必须亲自过问和作出决定。邦国政府决不是一个仅仅由参事院组成的政府，而是诸侯个人统治的政府，只是程度不同而已。部分诸侯因为大权在握，形同无冕之王，即邦国君主。

但在一些邦国，邦国等级也发挥着较大作用，尤其是在新任诸侯年幼，或者昏聩无能、管理不善时，设立“可维持秩序的顾问委员会”就是必要的了。在这种情况下，邦国等级掌握了选拔官员的权力，并且也只从本邦人当中选拔官员；一些邦国等级成员本身就成为参事院成员，成为“邦国顾问”。这也意味着邦国等级的影响渗透到了邦国政府，对邦国君主的权力形成一种制约。

作为正在形成的诸侯国家最重要的权力工具，多数邦国的中央行政管理机构还实行一系列新的招募原则和工作方法。首先是行政管理的专业化。行政管理成为一种职业，并且经常是获得授权的管理人员的唯一职业。因此，他们可以专注于他们负责处理的事务。其次是行政管理人员基于相应教育而掌握的专业技能。法学专业人才构成诸侯行政管理当局中的核心部分，他们受过罗马法培训，能够使传统的统治结构理性化。他们大都出身于市民等级，期望通过大学法学培训提升自己的社会地位。但是诸侯更愿意让其贵族亲戚担任行政管理部门的高级职务。于是，越来越多的贵族开始送他们的儿子到大学读法律，以便与市民出身的法律专业人才进行竞争。

一些诸侯还颁布地方法规，在地方上实行划区而治，将多个村社划归一个行政、司法辖区，设立区长、办事员、文书、林务官、管窖人等地方官员。区长大都从贵族中产生，往往既是地方行政长官，也是法官，集行政、司法和警察权于一身。他们不再是采邑主，而是诸侯的、有特定任期的官员。后来还委派区文书协助他工作，区文书大都出身于市民家庭，受过较高级教育，负责日常管理工作和经济事务。但与中央政府相比，基层的行政管理机构建设进度比较缓慢，传统的个人联盟式司法、治安和财政管理体制很少受到触动。不过，各邦国的情况大不相同。在符滕姆贝格公国，公爵早在15世纪就在全公国内进行了统一区划，并由中央委派官员治理，就连邦国的城市也概莫能外。勃兰登堡选侯邦（Kurbrandenburg）在1500年前后将全邦领土划分为城市邦国区、庄园邦国区和诸侯邦国区三大类，只在诸侯邦国区才设有诸侯官员。

诸侯还利用多种多样的手段加强对城市的监控，不仅严格限制邦国城市的自治权，而且尽力使位于本邦内的帝国城市丧失直属帝国地位转而从属于邦国。他们经常派遣宫廷官员亲赴城市干预市政管理和司法审判，有时也干预市政会的选举，甚或直接任免市长和税务长官，制定商品价格，颁布消防条例，处理市政会与同业公会或普通市民之间的纠纷。例如美因兹大主教阿道夫二世（Adolf II.，大约1423—1475）就剥夺了美因兹市民从前任大主教西格弗里德三世（Siegfrieds III.，大约1194—1249）那里获得的所有自治特权，把大主教辖区由帝国城市变为邦国城市。勃兰登堡马克伯爵也迫使柏林（Berlin）、施滕达尔（Stendal）和萨尔茨韦德尔（Salzweder）等城市脱离汉萨同盟，并向它们征税。旧的市政会体制虽然没有被完全废除，但整个城市的行政管理日益屈从于诸侯的权威，原先的帝国市民转变为现今的邦国臣民。

然而，从总体上说，诸侯并不完全敌视城市，他们甚至积极创办城市，充分发掘城市税收潜力，增加邦国政府收入。例如萨克森公爵就在采矿业和冶炼业集中的地方建立了阿尔滕贝格（Altenberg）、施内贝格（Schneeberg）、安娜贝格（Annaberg）和布赫霍尔茨（Buchholz）等城市。

诸侯也进一步强化了自己对邦国内教会的管辖权。通过扩大传统的保护权，诸侯加强了对本邦教士的控制，甚至将本邦的修道院院长和大教堂教长改造为邦国行政管理机构的官员或大学教授。不仅如此，诸侯们还千方百计从教皇那里争得对本邦内主教人选的提名权，并且力图使得到任命的主教臣服于诸侯的世俗统治权。

以往，在许多司法纠纷中，教会法官（通常是主教的官员）或者独自作出判决，或者在与世俗法官进行竞争的情况下作出判决。而在选择仲裁者时，人们更倾向于教会法官，因为教会法官做出的判决不受邦国疆界的限制，比较容易得以执行，必要时还可以附加诸如开除教籍之类的教会惩罚。1446年，萨克森公爵威廉三世（Wilhelm III.，1425—1482）颁布法令，禁止教会法庭审理世俗案件，特别是禁止臣民向罗马教廷起诉，并规定世俗当局有权监督教士并巡视各修道院。诸侯的权力已经凌驾于教会法庭之上，世俗法官的地位越来越高。但要完全掌控主教辖区却并非易事。按照惯例，主教由大教堂教士会选举产生。现在，只有帝国东部和东南部的诸侯能够置教士会的选举权于不顾，直接任命主教。在其他地方，教士会依然把持着选举权不放，并且以此作为继续施展政治影响的重要手段。

对本邦神职人员课税逐渐成为常规，把教会的什一税纳入邦国国库也司空见惯。罗马教皇发放赎罪券必须征得诸侯的许可，而诸侯也只是在确定自己可从中获得丰厚回报时，才会表示准许。世俗官厅也经常将得自买卖赎罪券的收入用于筑桥铺路，尽管此项举措与拯救灵魂毫不相干。

但也不能否认诸侯的个人虔诚和对教会的奉献，例如通过维护本邦的圣地，或者通过举办宗教游行和祈祷弥撒。有的诸侯还意识到了教会改革的必要性。到了宗教改革时期，一些诸侯更是坚决支持福音教，积极推动教会改革事业。在16世纪20年代福音教邦国形成的邦国教会体质实际上只不过是此前早已出现的诸侯干预宗教事务这一发展趋势的加强而已。

为了扩大邦国的影响，提升文化教育水平，培养多方面有用人才，特别是培养本土法学家，一些诸侯还开始整顿学校制度并且大力发展大学教育事业。例如符滕姆贝格伯爵埃伯哈德（Eberhard，1445—1496）在1477年创办图宾根（Tübingen）大学，并获得了教皇西克斯图斯四世（Sixtus IV.，1414—1484）的特许。图宾根大学影响广泛，从帝国南部一直扩展到内奥地利和克罗地亚（Kroatien）。萨克森选侯智者弗里德里希也致力于发展本邦教育事业，并在1502年创办维登贝格大学，广泛聘任奥古斯丁隐修会（Ordo Eremitarum Sancti Augustini）教士担任教职。

诸侯必须借助他的“王室财产”，也就是说他的土地所有权和经济特权，维持经营。但当王室收入不能应付邦国人口增加、官僚队伍扩大以及军队和战争等不断增多的开支需要时，诸侯就必须另辟财源了。方法主要有以下三个。

其一是向地方领主借贷并授予他们地方政府的管辖权作为回报，例如1476年，普法尔茨选侯邦筹集到50万古尔登；1514年，巴伐利亚公国筹集到75万古尔登。勃兰登堡—安斯巴赫—库尔姆巴赫（Brandenburg -Ansbach-Kulmbach）马克伯爵领地筹集到的款项更是逐年递增：从1515年的25万古尔登跃至1542年的70万古尔登。黑森邦国伯爵则在16世纪上半叶筹集到了多达100万古尔登的钱款。这些钱款中很大一部分来自于地方贵族的借贷：在维登贝格占了80%，在勃兰登堡占了50%，在普法尔茨占了24%。作为回报，高级贵族把地产或职位抵押给地方贵族。例如维尔茨堡主教管区在1540年几乎把所有的城镇和城堡都抵押给了地方贵族；不久，在科伦大主教管区，为得到一笔60万古尔登的贷款，竟把绝大部分地方政府和地方法院的职位都抵押给了贵族。

其二是根据地方地理和资源优势，进行垄断性经营。例如莱茵河流域的诸侯在河岸码头设关卡收税；萨克森选侯通过开采铜矿和银矿增加收入；巴伐利亚和奥地利则依靠食盐专卖。

第三，增加税种，扩大征税范围。长远地看，上列收入来源均不能持久地资助国家任务，因此诸侯便开始实行常规性征税了。这样一来，原先的“领地国家”（Domnenstaat）便经过“财政国家”（Finanzstaat）最终发展成为“税收国家”（Steuerstaat）。税收国家就是一种几乎完全依靠征税来获得经费资助的国家。

但征税需要正当理由，也必须征得纳税人或者更确切地说纳税人的主人的同意，因此，征税经常是极其困难的。为了征税，诸侯经常召开邦国等级会议。诸侯召开等级会议的主要目的几乎总是批准新的税收，邦国等级会议因此也成了筹集经费的会议。邦国等级会议的形式与帝国等级会议大体相同，只是有的等级会议分为教士院、贵族院和城市院三个院，有的等级会议分为四个院，领主和骑士分开议事，而在蒂罗尔和福拉尔贝格，农民也构成一个独立等级。还有一些邦国不存在贵族等级，如在特里尔选侯邦（Kurtrier）和符滕姆贝格公国；或仅有第三等级的代表，如在巴登和肯普滕（Kempten）等地。

虽然大多数人不愿意掏腰包，但为了使国家的管理能够继续下去，他们必须承担必要的义务。批准税收的权力导致了等级税收机构的产生。邦国等级会议设立一个委员会专门管理头绪甚多的税务。这样一来，除了诸侯的税务管理机构之外又产生了另一个即等级的税务管理机构。邦国税务员的人数往往超过王室的财政官员。邦国等级通过建立自己的财政管理机构和清偿债务活动，为完成财政国家的一项重要任务发挥了积极作用。在帝国东部的勃兰登堡、萨克森、波希米亚诸选侯邦，以及在哈布斯堡世袭领地的东部诸邦，贵族在整个政治等级中占据主导地位。

从根本上说，诸侯邦国的国家建设是神圣罗马帝国迈进近代“机构化的领土国家”（Flchenstaat）的重要一步，这一进程早在中世纪晚期就已经开始，而在中世纪与近代之交的十余年间迅速发展。进入16世纪以后，不少邦国已经具备国家性质了。但并非所有诸侯邦国都发展成为现代国家，在帝国西南部，诸侯邦国领土狭小，势单力薄，邦国的国家化进程进展迟缓，有的甚至未完成这一进程，便不复存在了。